此案一出，官場風(fēng)波頓起，眾臣幾乎群表反對。反對主要來自兩方面。

一方是以軍機(jī)大臣鐵良、榮慶等為主的滿族親貴。取消軍機(jī)處，盡管他們可能另外任職，但權(quán)力畢竟要大大削弱。如果成立責(zé)任內(nèi)閣，規(guī)定官員不得兼職，如榮慶便只能專任學(xué)部尚書，擬定身兼戶部尚書與練兵處會辦等要職的鐵良出任內(nèi)閣副總理后也要辭去兼職，其財政權(quán)和兵權(quán)將同時失去。而且，袁還設(shè)想，待上議院成立后，王公、貝勒、貝子等不實際干政，讓他們充當(dāng)議員。這使得這些公、子們憤怒異常。鐵良堅稱：“立憲非中央集權(quán)不可，實行中央集權(quán)非剝奪督撫兵權(quán)財權(quán)、收攬于中央政府則又不可”，其攻擊矛頭直接對準(zhǔn)袁世凱、張之洞等地方督撫大員。滿漢矛盾，隱然可現(xiàn)。

袁世凱則堅持己見，爭辯道：“別無良策，仍不外趕緊認(rèn)真預(yù)備立憲一法，若仍悠忽因循，則國勢日傾，主權(quán)日削……”甚至贊同立憲的載澤也擔(dān)心奕、尤其是袁世凱的權(quán)力因此過大，他在一道奏折中也指責(zé)他們是：“假立憲以粉飾虛文，借改官制以驅(qū)除異己。”雙方一直激烈爭辯。在一次會議上，醇親王載灃竟拔出手槍直抵袁世凱胸前大聲說：“爾如此跋扈，我為主子除爾奸臣！”經(jīng)奕調(diào)解，方才作罷。由于傳說內(nèi)務(wù)府也要裁撤，所有太監(jiān)都要裁去，有次袁世凱下朝時百余名太監(jiān)將他團(tuán)團(tuán)圍住大聲謾罵，有的甚至揮拳要打，幾成圍毆之勢。袁世凱招架不住，急忙大呼奕過來為其解圍。經(jīng)奕百般勸解，并保證絕不裁撤太監(jiān)，這些太監(jiān)才忿忿而去。為避免更大的動蕩，清廷不得不宣布了官制改革中的“五不議”：第一，軍機(jī)處之事不議;第二，內(nèi)務(wù)府事不議;第三，八旗事不議;第四，翰林院事不議;第五，太監(jiān)事不議。

另一個主要的反對力量來自以瞿鴻、岑春煊、王文韶、趙炳麟等為要角的漢族大臣、御史。他們有的一直與袁爭權(quán)，有的對袁結(jié)黨營私憤怒已久，因此紛紛上折慈禧，堅決反對。有的從中國傳統(tǒng)觀念出發(fā)，認(rèn)為改官制是“用夷變夏，亂國法而害人心”;認(rèn)為這樣內(nèi)閣權(quán)重，如果“用人偶失，必出權(quán)臣”，有人甚至明確指出袁的“責(zé)任內(nèi)閣”實際為少數(shù)一二總理大臣專權(quán)，也就是袁世凱專權(quán)。

有的相反，從西方憲政制度對此進(jìn)行批判，認(rèn)為這次改制完全虛假，指出外國君主立憲國的責(zé)任內(nèi)閣之所以不能專權(quán)是因為有議院監(jiān)督、限制，中國議院一時恐難成立，所謂“責(zé)任內(nèi)閣”既不對皇上負(fù)責(zé)又無議院負(fù)責(zé)，只是統(tǒng)攬了過去皇帝的權(quán)力。

御使趙炳麟指出：“立憲精神全在議院，今不籌召集議院，徒將君主大權(quán)移諸內(nèi)閣，此何心哉！”他指出，袁之所以在沒有成立議院時先成立“責(zé)任內(nèi)閣”，使皇帝居于無權(quán)地位，主要考慮是即便慈禧去世，光緒復(fù)出，也將無法報戊戌之仇。趙的批判從“制度”和制度背后的“用心”兩點出發(fā)，直擊要害，因此傳播甚廣。據(jù)說，光緒就曾當(dāng)面對袁冷冷說道：“你的心事我全知道。”袁則不敢答話。

這樣，從王公親貴、大小太監(jiān)到大臣御史，盡管觀點不同，但幾乎全都反對袁世凱的改官制，不是到慈禧處哭訴哄鬧就是不斷上折，天天雞飛狗跳。向來濫施淫威、殺伐決斷的慈禧此時居然也寢食難安，向人訴苦道：“我如此為難，真不如跳湖而死。”

軍機(jī)大臣、政務(wù)處大臣瞿鴻甚得慈禧信任，也是慈禧指定參與改官制的大臣之一。他與袁世凱、奕矛盾極深，在討論官制方案時勉強(qiáng)同意，但又另上一道《復(fù)核官制說帖》反對軍機(jī)處與內(nèi)閣合并。他利用慈禧單獨召見的機(jī)會，說責(zé)任內(nèi)閣對太后不利，將大權(quán)旁落，而這一點最為太后擔(dān)心、忌諱。慈禧太后最終“采鴻之議，仍用軍機(jī)處制。”慈禧在11月6日頒布了以瞿鴻為主導(dǎo)的新官制。

袁世凱過高估計了慈禧對自己的信任，在雙方斗爭激烈之際，他在慈禧召見時竟面奏要求朝廷令守舊大臣退休，招致慈禧怒斥，并將參劾他與奕的大量彈章交二人同看。此時，袁才知道自己已成眾矢之的，局勢非常險惡。

朝廷在11月6日頒布了以瞿鴻為主導(dǎo)的新官制，使袁感到大勢已去，慌忙在11月18日上奏請求將自己除直隸總督以外的八項兼職全部開去，還主動提出，他掌握的北洋六鎮(zhèn)除第二、四鎮(zhèn)因“直隸幅員遼闊，控制彈壓須賴重兵”仍須由自己掌握，其余四鎮(zhèn)均交歸陸軍部。朝廷有旨照準(zhǔn)所請，袁以檢閱新軍南北秋操為名請調(diào)出京，以避鋒芒。