除了多位建文帝忠臣自己或全家自殺外，朱棣虐殺建文帝忠臣及其家屬共一萬多人。歷朝歷代異姓相伐相殺，從未有這樣慘屠對方官吏臣下的舉動。

朱棣入京后，立即揭榜(懸賞捉拿)黃子澄、齊秦、方孝孺、鐵鉉等建文帝臣子數十人，并清宮三日，誅殺宮人、女官以及內官無數，只留下一幫曾向他通過風報過信的沒老二太監。他又遷建文帝母親于懿文陵幽禁，殺掉建文帝三個兄弟。建文帝七歲太子朱文奎于亂中“不知所終”，肯定是被朱棣殺掉。另外的小兒子朱文圭當時才兩歲，還在懷抱之中，朱棣先把這個小孩幽閉于廣安宮，后來不知所終，想必也是被朱棣派人弄死以絕后患。也有記載說朱文圭一直幽禁在鳳陽，至明英宗時才放出，已經五十七歲，尚不能分辨馬牛，完全被禁錮成一個癡呆。

朱棣派人撲滅皇宮大火后，首先做的就是召文學博士方孝孺來起草自己的繼位詔書。朱棣的謀士姚廣孝曾在北平時對他講，方孝孺是天下“讀書種子”，絕不可殺。

方孝孺乃建文帝耿耿忠臣，身穿衰●白衣大哭于闕下。朱棣召其入殿，方孝孺也不施禮，依舊嚎哭不已。

朱棣勸說方孝孺：“我是效法周公輔佐成王啊。”

方孝孺止住哭聲，厲聲反問：“成王安在？”

“他自焚而死！”朱棣答道。

方孝孺又問：“何不立成王之子？”

朱棣回答：“國賴長君。”(意指他自己)

方孝孺咄咄逼人，“何不立成王之弟？”(意思是建文帝幾個弟弟都已成年)，朱棣不得已，親自下殿走到方孝孺面前，苦笑著說：“這些都是朕的家事啊，先生你不要為這些事費神。”

左右遞過紙筆，朱棣說：“詔天下，非先生不可。”

方孝孺奪過詔紙，在上亂批數字，擲筆于地，邊哭邊罵道：“死即死耳，詔不可草！”

朱棣怒急，大聲叫道：“怎能讓你痛快一死，即死，難道你不怕我誅你九族嗎？”

方孝孺大喝：“便誅十族又奈我何！”

此時，朱棣已皇位在座，頓呈殘暴本性。他命衛士用大刀把方孝孺嘴唇割開，一直劃裂到耳邊。然后，命人逮捕其九族親眷外加學生，湊成十族，共八百七十三人，依次碎剮殺戮于方孝孺面前。方孝孺忍淚不顧，最后被凌遲于聚寶門外，時年四十六。

孝孺臨刑前做絕命詩，曰：“天降亂離兮孰知其尤，奸臣得計兮謀國用猶。忠臣發憤兮血淚交流，以此殉君兮抑又何求。嗚呼哀哉，庶不我尤！”

建文帝兵部尚書鐵鉉被逮至京。朱棣坐于御座，鐵鉉背立殿庭，至死不轉身面對朱棣。朱棣派人割掉鐵鉉耳鼻，在熱鍋中燒熟，然后硬塞入這位忠臣口中，問：“此肉甘甜否？”鐵鉉厲聲回答：“忠臣孝子之肉，有何不甘！”于是朱棣下令寸磔鐵鉉，這位忠臣至死罵不絕口。怨恨之下，朱棣又把鐵鉉八十多歲的老父老母投放海南做苦役，虐殺其十來歲的兩個兒子，并硬逼鐵鉉妻子楊氏和兩個女兒入教坊司充當妓女，任由兵士蹂躪。

對建文帝刑部尚書暴昭，由于陛見抗罵，朱棣先去其齒，次斷手足，以刀慢割脖項而死。

對禮部尚書陳迪，由于責問不屈，朱棣命衛士綁送他及其六個兒子一起至刑場凌遲。朱棣又先派人割下陳迪兒子陳鳳山的鼻子和舌頭，塞進這位忠臣嘴里逼他下咽。陳迪雖為文士，至死不屈，怒罵而死。

對建文帝右副御史練子寧，也因殿上怒罵，朱棣命人先割掉其舌，此后寸磔而死，其宗族被殺者一百五十一人。

對建文帝兵部尚書齊秦，也是因其不屈，送刑場凌遲;對太常卿黃子澄，也赤其三族，凌遲處死。

對建文帝監察御史高翔，因其喪服入見，朱棣命衛士殺之于殿上，沒產誅族，又掘發高氏宗族墓地，焚骨拋尸，交雜狗骨馬骨四散丟棄。

對建文帝監察御史王度，宗人府經歷宋征、監察御史丁志、監察御史巨敬，朱棣皆施以族誅之刑。

建文帝大理寺丞劉端棄官逃去，被抓入殿。朱棣問：“練子寧、方孝孺是什么樣的人？”

劉端笑答：“忠臣也！”

朱棣問：“汝逃，忠乎？”

劉端回答：“存身以圖報耳！”

朱棣狼性大發，命人用刀割去劉端耳鼻，獰笑著問滿頭血污的劉端：“作如此面目，還成人否？”

劉端罵道：“我猶有忠臣孝子面目，九泉之下也有面目去見皇祖！”

朱棣狂怒，親手用棍棒把劉端捶擊而死。

除了多位建文帝忠臣自己或全家自殺外，朱棣虐殺建文帝忠臣及其家屬共一萬多人。歷朝歷代異姓相伐相殺，從未有這樣慘屠對方官吏臣下的舉動。因此，清初史家谷應泰這樣嘆道：

“嗟乎！暴秦之法，罪止三族;強漢之律，不過五宗……世謂天道好還，而人命至重，遂可滅絕至此乎！”

話說回來，對建文忠臣殺則殺耳，殺之可成其千秋萬世之名。王朝皇族更迭，誅殺前臣也不算太過分的罪行。“古者但有刑誅，從無玷染。”而朱棣秉承朱元璋老混蛋血脈中淫暴兇殘的因子，把多位忠臣孝子的大好清白妻女送入教坊司(公家妓院)做性奴，每天受二十多精壯漢子輪奸，生下男丁當家奴，生下女孩長大后接著做妓女，死后便“著抬出城門喂狗吃了”……——“此忠臣義士尤所為直發沖冠，椎胸而雪涕者也！”(谷應泰語)

直到二十二年后，朱棣兒子明仁宗朱高熾繼位，才下詔稱：“建文諸臣家屬在教坊司、錦衣衛、浣衣局及習匠、功臣家為奴者，悉宥為民。”

建文帝忠臣惟一善終者，只有魏國公徐輝祖一人。朱棣召見，徐輝祖不出一語。由于他是功臣徐達之子，家有免死的誓書鐵券，其弟徐增壽又因想投降朱棣被建文帝殺掉，朱棣才免其一死，革其祿米，把他一直軟禁在家。

殘暴如此，坐穩龍椅后的朱棣很想又換張臉皮以“仁德”形象留諸后世。特別可笑的是，永樂二十二年的甲辰科舉考試，本來第一名狀元是孫日恭。考試官員最后把錄取名單呈給朱棣過目，這位流氓皇帝一反常態，細細研讀，竟咬文嚼字起來：“孫日恭第一名，不行！日恭兩字合起來就是‘暴’。(古文是豎版，所以兩個字看上去就是“暴”字)朕一向以仁心為本，平生最惡殘暴苛刑，隱暴于名的人斷斷不能為我大明狀元。”老混蛋批來批去，從三甲之中點了一個名叫邢寬的人為狀元。邢寬，乃“刑寬”的諧音，以此來顯示永樂皇帝治下輕刑薄賦、仁德四海的“太平景象”。動輒誅臣下“十族”、殺人過萬眼都不眨、處心積慮把忠臣妻女送入窯子每日定量供人輪奸的兇戾變態之人，臨老又忽然變成似乎連只螞蟻都不愿踩死，連一“暴”字都堵心礙眼的“仁德”之人，不得又讓人佩服職業統治者的演戲才能，已臻乎爐火純青之境。