崇德八年八月，皇太極駕崩，其十四弟睿親王多爾袞和皇長子肅親王豪格勢均力敵，“諸王兄弟相爭為亂，窺伺神器”。

32歲的孝莊與皇太極孝端皇后多方斡旋，使多爾袞得攝政王稱號和實權后，改為支持其子福臨繼位，改年號為“順治”，與其姑母、孝端文皇后兩宮并尊，稱圣母皇太后。

多爾袞位高權重，依然覬覦皇位，不斷迫使幼主加封自己為叔父攝政王、皇叔父攝政王，甚至皇父攝政王，追封自己的生母為皇后，這是皇帝才干的事情。孝莊全力輔佐順治，又對多爾袞施展謀略、軟硬兼施，紓解其野心欲望，鞏固了順治的帝位。

30多歲的寡婦帶著10多歲的兒子，面對諸多對皇位虎視眈眈的血性男人，自然是不容易。她既要得體地對多爾袞委曲求全，也要通過繼續和親的方式，向娘家蒙古科爾沁部博爾濟吉特家尋求支持。然而，她忍辱吞聲、苦心扶持的小皇帝順治卻不領情。

順治很不喜歡兩名來自母親娘家的皇后，獨寵自己中意的董鄂妃逾常。順治十三年(1656年)八月，董鄂妃被冊為賢妃，僅三月有余，順治又以“敏慧端良、未有出董鄂氏之上者”為理由，晉封她為皇貴妃，還舉行了十分隆重的冊妃典禮，并按照冊封皇后的大禮，頒恩詔大赦天下。第二年，董鄂妃生下皇四子，順治頒詔天下“此乃朕第一子”，大有冊封太子之意。然而這個孩子“百日而殤”，順治追封為和碩榮親王，為他修建了高規模園寢。順治十七年八月，董鄂妃病逝，順治“輟朝五日”，追謚孝獻皇后。歷史學家蕭一山稱他“痛愛妃之死而欲逃禪”。

而順治對母親為其選的皇后，都是冷漠寡情。第一個是孝莊的親侄女，是多爾袞為他聘娶的，但喜好奢侈，嬌生慣養，頂撞過順治，自然為他不喜歡，立后兩年被廢。第二個是孝莊從娘家找來的堂孫女做兒媳婦，但兒子正寵董鄂妃，對這個母親指定的皇后，動不動就責斥。好在這位皇后能委屈圓通，又有太后呵護，才沒有被廢掉。

母子矛盾重重，勢同水火。順治十八年世祖駕崩，8歲的皇三子玄燁即位為康熙帝，尊為孝莊為太皇太后，稱昭圣太皇太后。孝莊再次輔佐，授以治國安邦方略，一邊與索尼、鰲拜四大顧命大臣斗智斗法，一邊支持康熙平定“三藩”、收復臺灣、驅逐沙俄、親征準噶爾。康熙前期許多重大決策、重大事件，都是同孝莊的籌謀擘畫密不可分。

不論后世之人如何拿所謂委身洪承疇、下嫁多爾袞的事情給孝莊潑臟水，但她對清朝的興盛厥功甚偉。她生活儉樸，不事奢華，戡亂“三藩”時，把宮廷節省下的銀兩捐出犒賞出征士兵。每逢荒年歉歲，她總是把宮中積蓄拿出來賑濟，全力配合、支持孫子的事業。

她的表率行為，更使皇帝增加十二分敬意。康熙二十一年(1682)春，皇帝出巡盛京，沿途幾乎每天派人馳書問候起居，報告自己行蹤，并把自己在河里捕抓的鰱魚、鯽魚脂封，派人送京給老祖母嘗鮮;二十二年(1683)秋，康熙陪祖母巡幸五臺山，一到上坡地方，皇帝每每下轎，親自為祖母扶輦保護。

康熙二十六年(1687)十二月，孝莊病危，康熙晝夜不離左右，親奉湯藥，并親率王公大臣步行到天壇，“請滅算以益太后”：“若大算或窮，愿減臣齡，冀增太皇太后數年之壽。”

孝莊雖沒有像慈禧那樣進行垂簾聽政，但在順治一朝、康熙前期，她都是兩任皇帝最好的政治導師。

清史專家楊珍說：“孝莊是公認的明清之際杰出的女政治家，在清朝入關特別困難的情況下，維持了清皇室的團結，而且保護培養了順治、康熙歷史名君，對扭轉當時中國的分裂局面使中國歸于統一具有重要作用，更重要的是她沒有像慈禧那樣垂簾聽政，始終處于幕后，這在中國古代史上是非常罕見的。”

作為當事人之一的康熙，對祖母的評價更有說服力：“憶自弱齡，早失怙恃，趨承祖母膝下三十余年，鞠養教誨，以致有成。設無祖母太皇太后，斷不能有今日成立。”此話款款深情，見諸《清圣祖圣訓》卷一《圣孝》。

趙爾巽修《清史稿》評價孝莊：“世祖、圣祖皆以沖齡踐祚，孝莊皇后，當時無建垂簾之議者。殷憂啟圣，遂定中原，克底于升平。”

孝莊臨終前，囑咐康熙：“太宗奉安久，不可為我輕動，況我心戀你父子，當于孝陵近安厝。”孝莊的遺愿，靈樞不要運往盛京與皇太極合葬，而是安在清孝陵附近，那里有其23歲因患痘早逝的兒子順治的陵寢。那是她心中的痛。她要葬在北京城，繼續守護孫兒的江山。同時，孝莊也清楚皇太極最愛的是姐姐海蘭珠，尊重的是姑姑哲哲，就連林丹汗的那兩個寡婦在皇太極心里的位置要比自己高，未必心里不無傷感。

此言道了真情，但被南明抗清將領張煌言大做文章，說孝莊作為寡嫂嫁給小叔子，而無顏見自己的丈夫皇太極。