永歷十五年(1661年)，鄭成功原部將黃梧降清后，向清廷密陳“滅賊五策”，其中第三、四策直接針對鄭芝龍和鄭家祖墳：“三，其父鄭芝龍羈縻在京，成功賂商賈，南北興販，時通消息。宜速究此輩，嚴加懲治，貨物入官，則交通可絕矣。四，成功墳墓現在各處，叛臣賊子誅及九族，況其祖乎？悉一概遷毀，暴露殄滅，俾命其脈斷，則種類不待誅而自滅也。”這是十分陰險毒辣的計謀。

自鄭成功海上起兵抗清以來，清廷就一再利用鄭芝龍逼迫鄭成功就撫，鄭成功不為所動，拒不投降，清廷遂加緊迫害鄭芝龍，1655年，清廷削鄭芝龍爵;1657年，鄭芝龍被流放寧古塔。鄭成功東征臺灣后，清廷見招降鄭成功的希望更加渺茫，遂采納黃梧的所謂“滅賊五策”，將鄭芝龍一家十一口殺害，并派清兵到南安挖掘鄭成功的祖墳，以在心理和氣勢上打擊鄭成功。

當鄭成功聽到父親被殺，“頓足擗踴，望北而哭曰：‘若聽兒言，何至殺身。’”鄭芝龍當初的投降戰略，不僅招致自己的殺身之禍，而且禍延子孫，成為重創鄭成功脆弱心理的重磅炸彈;當鄭成功聽聞祖墳被毀的消息時，更是痛哭流涕，“向西切齒而罵曰：‘生者有怨，死者何仇！敢如此結不共戴，倘一日治兵而西，吾不寸磔汝尸，枉作人間大丈夫！’”可見，這些慘無人道的卑劣手段對鄭成功傷害之大、刺激之深！

而在內憂外患中，在愁云慘霧里，成為壓垮鄭成功這匹駱駝最后一根稻草的，則是發生在廈門鄭府的一宗家丑。

鄭成功征臺時，留下長子鄭經監守廈門。鄭經娶隆武時期兵部尚書唐顯悅的孫女為妻，唐氏端莊賢淑，但與鄭經感情不睦。鄭經與五弟的乳母陳氏私通，生一男孩，并以侍妾生子上報鄭成功。鄭成功年未四十，新得男孫，十分高興，大加賞賜。唐顯悅為替孫女出氣，遂寫了一封信給鄭成功，備述詳細，并在信中責罵道：“三父六母，乳母亦居其一。令郎狎而生子，不聞飭責，反而簣賞。此治家不正，安治國乎？”鄭成功一生深受儒家思想影響，持家治國，向以嚴厲著稱，看了這封信，頓時怒不可遏，立即派人去殺鄭經、陳氏母子，以及鄭經母董氏，懲罰其治家不嚴。

鄭泰、洪旭等人接令后大為震驚。商量之后，只殺陳氏母子復命，并為鄭經和董氏夫人求情。鄭成功不允，再次命令要殺鄭經和董氏。其時，金廈一帶傳言紛紛，鄭泰等人則帶頭抗命，眾將形成公然抗命的局面。臺灣正缺糧、缺餉，廈門“不發一船至臺灣”，鄭成功萬分焦急。

遭此家變，父子故將呈分崩離析之勢。鄭成功憂心如焚又萬分痛心：“我欲成大事，乃不能治家，遑問天下。”在無可奈何的困境中，憤怒與憂慮將他擊倒，風寒和郁結更使他一病千古。

一代名將走到了生命的盡頭，而一個強盛的海權時代也因為鄭氏海商集團的衰落而消失在滾滾的波濤之中。

由此可見，鄭成功遽而離世，其子鄭經難辭其咎。而且其后的變亂也因此而起。成功故將黃昭、蕭拱宸以鄭經“不堪為人上”，擁立鄭成功幼弟鄭襲“繼統”，聯絡成功族兄鄭泰為奧援，約定“金廈他自為之”，使臺灣呈現“擁襲拒經”的態勢。

鄭經留守廈門，先遭追殺，又遇父喪。當此亂云飛渡之際，因得到兵官洪旭、前提督黃廷、五軍戎政王秀奇等人的擁護，化危為機，在廈門嗣繼藩位，授陳永華為“諮議參軍”，謀劃和實施掌握金廈政局和平息臺灣危機。