據(jù)現(xiàn)存史料記載，李蓮英1911年因病而終。關(guān)于他的死因，主要有三種說(shuō)法，不過(guò)，經(jīng)過(guò)仔細(xì)推敲，這些說(shuō)法都各有漏洞

一說(shuō)，李蓮英到東陵拜謁慈禧的陵寢，回來(lái)時(shí)在半路上被人殺死。李蓮英真是拜謁慈禧陵寢而死嗎？據(jù)史載，李蓮英死于宣統(tǒng)三年(1911年)二月初四。該日既不是慈禧殯天的祭日，也不是上墳祭祖的節(jié)日，李蓮英卻無(wú)緣無(wú)故地去東陵拜祭，就很難令人置信了。

二說(shuō)，去山東無(wú)棣縣看望侄孫女的李蓮英，行到山東、河北交界處，被強(qiáng)人所殺，兩個(gè)侍從無(wú)法運(yùn)回全尸，只好帶回一個(gè)人頭。李蓮英是看侄孫女途中被殺而死嗎？據(jù)李氏后裔李瑞榮說(shuō)：李蓮英的確有侄孫女。她就是“升泰(蓮英四弟)之子福春的女兒。此女名叫李麗英，她先嫁江西，后改嫁山東無(wú)棣縣謝家。”

但這位李的侄女久住天津，“七·七”事變后才回山東。也就是說(shuō)，李蓮英死時(shí)，麗英尚在天津，還未去山東。再說(shuō)李蓮英曾過(guò)繼一個(gè)女兒，嫁在滄州知府劉洪武家。在嚴(yán)寒的冬季，他不看近在咫尺的女兒，卻遠(yuǎn)道去看侄孫女，也未免蹊蹺。

三說(shuō)，小德張想敲竹杠。與江朝宗勾結(jié)定計(jì)，邀李蓮英到什剎海會(huì)賢堂赴宴。席散之后，李途經(jīng)后海時(shí)，遇土匪被殺，在后海只找到了他的人頭。李蓮英是因財(cái)多招禍，被小德張、江朝宗設(shè)計(jì)所殺嗎？

令人懷疑的是，殺人后，沒有奪取李蓮英財(cái)物的記載。近來(lái)又有人撰文說(shuō)，李蓮英死時(shí)，江朝宗尚在陜西漢中任鎮(zhèn)總兵，并未在京任職，故此說(shuō)也難以成立了。

那么，李蓮英究竟是怎么死的呢？據(jù)李蓮英過(guò)繼之孫李祥吳透露：李蓮英吸食鴉片由來(lái)已久，最后是得“煙后痢”而死的。“煙后痢”俗名“煙漏”，即抽大煙后得了痢疾。

“煙后痢”在當(dāng)時(shí)是一絕癥。告老出宮的李蓮英，由于精神空虛，無(wú)所事事，吸鴉片量驟增，以致面色灰暗，皺紋增多，眼窩深陷，骨瘦如柴，竟發(fā)展到無(wú)鴉片難以度日的境地。

宣統(tǒng)三年(1911年)正月二十九日，一個(gè)陰冷的夜晚，李蓮英突然感到腹如刀絞，大便帶血，從此難以進(jìn)食。二月初四，這個(gè)有52年宮廷生涯的李大總管在風(fēng)雪交加的夜晚，悄悄離開人間，終年64歲。

《李氏家譜》中對(duì)李的離世是這樣的記載：“……六十一歲傳奉龍裔上賓，百日孝滿出宮養(yǎng)老南花園，六十四歲卒于辛亥二月初四日亥時(shí)，距生于戊申十月十七日辰時(shí)。”

中國(guó)人歷來(lái)講究的是全尸，更何況是兩朝的權(quán)勢(shì)人物。然而令人不解的是，李蓮英為何身首異處，為何只有頭骨葬入陵寢？就此疑問，后人至今也沒能做出合理解釋