民諺有云“打虎親兄弟，上陣父子兵”，說的無非是血濃于水、內部團結才好一致對外的道理，可這樣盡人皆知的常理在努爾哈赤崛起的經歷中卻不能被印證。努爾哈赤本人并沒有想到，當自己收拾起父祖留下的13副盔甲、30余名男丁開始踏上征程的時候，第一個要面對的敵人居然是自己的本家親戚。而隨著汗(皇)權的一步步集中與加強，雖然努爾哈赤一貫不忍戕害同族，但他的雙手最終還是沾染了親弟弟的血。

努爾哈赤的曾祖父福滿共有六個兒子，據清代宗室族譜《玉牒》的記述，分別為長子德世庫、次子劉闡、三子索長阿、四子覺昌安、五子包郎阿和六子寶實。其中四子覺昌安為努爾哈赤的祖父，余者則是他的叔、伯祖父。六祖之中以三祖索長阿一支的實力最為雄厚，他繼福滿之后成為掌管家族部落事務的酋長。

六祖子孫的關系原本還算融洽，但當蘇子河畔的親戚們聽說年輕的努爾哈赤得到了家族舊有的建州左衛都督之職和30道敕書、30匹馬的時候，道義的天平被利益動搖了。或許是他們真的厭倦了女真人之間的殺伐征戰，擔心努爾哈赤的復仇之舉給家族帶來血光之災;或許是他們更習慣于如何在別人布置的棋局內攫取更多的個人利益，而無意、更不敢打破舊有的利益格局，總之當努爾哈赤起兵要向尼堪外蘭復仇時，本該是天生盟友的親戚們似乎忘記了覺昌安和塔克世的死，紛紛站到了仇人的一邊。

六祖子孫們先是聚集于堂子(滿洲人祭天的場所)，對天盟誓要殺掉努爾哈赤，并前去投靠得到明朝支持的仇家尼堪外蘭，繼而不遺余力地開始針對努爾哈赤的剿殺活動。他們挑唆努爾哈赤的盟友背棄盟約、暗地里為尼堪外蘭傳遞消息、幾次派刺客暗殺努爾哈赤、勾結海西女真哈達部襲劫努爾哈赤所屬的城寨，又將努爾哈赤最為信賴的親密戰友、親妹夫噶哈善哈斯虎設計殺害。值得慶幸的是，在這種艱險的處境中努爾哈赤并不是孤立無援的。他的弟弟穆爾哈齊、舒爾哈齊、雅爾哈齊、巴雅喇和族弟阿敦始終與他站在一起、并肩戰斗，并且在艱難的女真統一之路上逐漸成長為努爾哈赤的得力助手。

從萬歷十一年(1583)五月正式起兵，至萬歷十六年(1588)九月完成對建州五部女真(棟鄂部、蘇克蘇滸部、哲陳部、完顏部、渾河部)的統一，年輕的兄弟們憑借著自己的堅韌果敢與進取不息，共同揭起清帝國創業史的序幕。隨著部落內部小利益格局的變革與穩定，這些曾經發誓要殺掉努爾哈赤的親戚們才放棄了敵視的立場，曾經的剿殺聯盟也不歡而散。

努爾哈赤之母額穆齊共生有三個兒子—努爾哈赤、舒爾哈齊、雅爾哈齊，因雅爾哈齊早歿無嗣(一說歿于公元1589年)，在血緣上與努爾哈赤最為親近的便只剩下舒爾哈齊一人。明《建夷考》中說他們是“一兄一弟，皆以驍勇雄部落中”，可見舒爾哈齊也是躍馬彎弓、馳騁疆場的一名虎將。

實力強大起來的努爾哈赤修建了第一個“國都”費阿拉城，號淑勒貝勒(surebeile)，舒爾哈齊被稱為“弟貝勒”，于是建州女真部“兩頭政長”的格局正式形成，舒爾哈齊成為建州女真部的“二號人物”。《清史稿》中稱這一時期的兄弟二人每次出兵前都“登垅而謀，策定馳而下”，實在是一幅兄友弟恭、手足同心的和諧景象。

隨著女真各部的逐漸統一，明朝政府開始對遼東局勢感到不安。遼東總兵李成梁重操舊業，再次實行以往屢試不爽的分化瓦解政策，極力拉攏舒爾哈齊。他先是讓自己的兒子李如柏納舒爾哈齊的女兒為妾，又趁舒爾哈齊妻子病故之機，專程派人攜帶酒席、牛羊等“超標準”的祭品前往祭悼。萬歷三十六年(1608)，明朝政府賜給建州左衛努爾哈赤敕書357道，但同時又以建州右衛的名義賜給舒爾哈齊敕書140道，個中刻意扶植舒爾哈齊以削弱努爾哈赤的意圖昭然若揭。面對明朝的種種“恩寵”，舒爾哈齊卻覺得自己作為建州女真的“二都督”，有理由借明朝政府之力樹立領袖的地位。可是，兄與弟之間的差異和努爾哈赤作為舊有勢力突破者的特殊身份，決定了現實的殘酷。

隨著統一大業的順利推進，努爾哈赤的權力日益擴張。從“女真國建州衛管束夷人之主”，到“建州等處地方國王”，再到蒙古喀爾喀五部王公為他奉上“淑勒昆都侖汗”的尊號，兄弟之間地位的差別越來越明顯。本來還能覓得蹤影的“兩頭政長”體制逐漸被擱置在一旁，弟貝勒舒爾哈齊開始“耿耿不寐，如有隱憂”。

萬歷三十五年(1607)三月，居住在蜚悠城的女真部落主動要求脫離烏拉部的控制歸順建州，努爾哈赤派舒爾哈齊和自己的兒子褚英、代善等人率軍3000前往收編該部。返回途中，他們在烏碣巖(今朝鮮咸鏡北道鐘城以南)遭遇領兵阻截的烏拉部貝勒布占泰，舒爾哈齊因顧慮與布占泰之間的姻親關系而不肯參戰。

事后，努爾哈赤雖然沒有問責于舒爾哈齊，還賜予他一個“達爾汗巴圖魯”的稱號，但卻將舒爾哈齊的兩名屬將常書、納齊布以“不進戰”之罪論死。這種敲山震虎的舉動舒爾哈齊自然不會佯作不知，為了保全這兩個人，他不惜以死逼迫兄長讓步：“若殺此二將，則我亦屬當死之列矣！”盛怒之下的努爾哈赤雖然免除了二將的死罪，卻剝奪了舒爾哈齊的兵權，兄弟間的沖突爆發了。

為了避免建州女真的分裂，努爾哈赤曾經力勸弟弟不要移居黑扯木，但舒爾哈齊去意已決。萬歷三十七年(1609)三月，面對已然率部出走的親弟弟，努爾哈赤不得不忍痛“斷臂”——他沒收了舒爾哈齊的財產，并將曾與舒爾哈齊一起密謀出走的親侄子阿爾通阿、札薩克圖處死，面對兄長咄咄逼人的氣勢，萬念俱灰的舒爾哈齊不得不返回建州。按清代官方史書的說法，努爾哈赤見弟弟回心轉意，便將剝奪的財產“悉數歸還弟貝勒”，可是愧疚難當的舒爾哈齊還是在兩年后突然過世。