1863年，曾國荃率湘軍攻陷雨花臺，水師也進泊護城河，天京(今南京)被合圍。緊接著，1864年6月，洪秀全因病逝世。

洪秀全逝世后，李秀成輔佐幼天王洪天貴福，帶領三四千名戰士又堅守了天京一個半月。湘軍在靠近太平門的城墻根下開始偷偷地挖掘地道，埋設炸藥。7月19日，湘軍引爆了炸藥，將城墻轟倒20余丈，由缺口處蜂擁而入。盡管太平軍連續組織了幾次反擊，但均未成功。

湘軍沖入天京后，隨即展開了一場瘋狂的燒殺、掠、淫的大競賽。“見人即殺，見屋即燒，子女玉帛，掃數悉入于湘軍”;致令“秦淮長河，尸首如麻”。

燒：湘軍一進城就到處放火。沖到哪里火就燒到哪里。及至當時傍晚時分，全城已經變成一片火海，“煙起數十道，屯結空中不散，如火山，紫絳色。”湘軍除用火作為進攻的武器外，還用火作為滅跡的手段。每次當他們搶掠完一處王府或民宅后，便隨即付之一炬。這場大火自天京陷落之日起，此落彼起地一連燒了七、八天，直到27日下了一場大雨才被澆滅。大火過后，南京城內十之八九的房屋被燒掉，各種著名的建筑物和文物古跡幾乎毀壞殆盡。所以現存的不少古建筑物，都是后來修建的。

殺：這是湘軍入城后的“主要任務”。他們首先要殺害的是在城內仍繼續進行堅決抵抗的太平軍戰士，其次是老百姓。但被殺害的太平軍戰士畢竟有限，因為破城時，天京城內能作戰的太平軍只有三四千人，他們一部分在巷戰中英勇犧牲，一部分在混亂中沖出天京，另一部分千余人在李秀成帶領下為保護幼天王突圍了，所以被殺的絕大部分都是平民百姓。其實，攻陷天京的當天晚上，湘軍就基本上控制了整個城市。雖然有幾個王府仍在進行抵抗，并一直繼續了四五天，但總的說來戰爭狀態已經結束了。可是，這場大屠殺卻一直持續了10余天。

殺人的動機各不相同，但主要是為了達到搶劫財物和奸淫婦女的目的。關于這場屠殺，趙烈文(曾國藩的心腹幕僚)當時在他的日記中曾有過記載。他說，城破5日之后，仍然是“尸骸塞路，臭不可聞”;又說“計破城后，精壯長毛除抗拒時被斬殺外，其余死者寥寥。大半為兵勇扛抬什物出城，或引各勇挖窖，得后即行縱敵。城上四面縊不老廣賊匪不知若干。其老弱本地人民不能挑擔又無窖可挖者，盡情殺死。沿街死者十之九皆老者，其幼孩未滿二三歲者亦斫戮以為戲，匍匐道上。婦女四十歲以下者一人俱無，老者無不傷，或十余刀，數十九，哀號之聲達于四遠。其亂如此，可為發指。”

那么，湘軍入城后，到底殺了多少人呢？據英人吟唎在《太平天國革命親歷記》中說：大約有3萬多人，且都是無辜的男、女、兒童。曾國荃自己稱為邀功請賞而虛報數字，但城破后被殺的人當數以萬計。

搶：對于天京的財物，湘軍是垂涎已久的。他們圍困天京以來，寧可忍受缺糧乏餉的煎熬冒著酷署苦戰，一個重要的原因，就是盼望破城之后好大發一筆橫財，因而一進城就開始了肆無忌憚的搶劫。他們先挖王府，再挖地窖，接著就挨家逐戶地搜搶居民財物，直到掘墳盜墓，甚至連不少建筑物上的木料也被拆下來，從高墻上吊出，裝船運回湘南。為了搶掠財物，他們殘殺了大批的居民。在搶劫的過程中，士兵之間也不斷發生爭斗。城破10余日內，街上經常出現湘軍士兵成群結隊火并的情景。不僅攻城部隊橫行無忌，四出搶劫，連留在城外看守營寨的老弱兵勇也空營而出，入城參加搶劫。甚至負責警衛曾國荃司令部的兵勇和各棚長夫廝役等非作戰人員也都進城搜刮財貨，肩挑手提，成群結隊，一日往返數次。有些文員幕客，因為是文人，沒有參加搶掠，但看到士兵們個個腰纏手提，又很眼紅;于是紛紛用低價爭購士兵搶來的贓物。“各員自文案以至外差諸人，則人置一簏，有得輒開簏藏納，客至則側身障之，丑態可掬。”

淫：湘軍在燒、殺、搶的同時，還肆意糟蹋婦女。他們隨意闖入民宅奸淫婦女，光天化日之下，公然在大街上拽曳青年女子，“哀號之聲不忍聞”。凡40歲以下的婦女，幾乎全被他們奸淫或擄掠回湘南販賣。一時長江上下，到處是湘軍滿載贓物和婦女的船只，在震天動地的哭罵聲中押向湖南。許多老年人為救護自己的女兒或兒媳，許多幼兒因哭喊著和媽媽難舍難分而遭殺。天京浩劫的制造者和罪魁禍首是曾國藩和其胞弟曾國荃及其親信將領。他們在整個過程中，不僅不對部下的胡作非為稍加制止，而且不少人還都親自參與。曾國荃“也子此中獲資數千萬”，“除報效若干外，其余皆輦于家。”

經過這樣的浩劫，天京幾乎變成一片廢墟。滿目殘墻斷壁，遍地破磚爛瓦。連曾國藩自己也不得不承認說，自五季之后生靈涂炭殆無逾于今日。李鴻章署理兩江總督后，面對這幅殘破景像也感到“善后無著手”，說“一座空城，四周荒田”，“無屋、無人、無錢是管，葛居此亦當束手”，似居百年之后度舊。其殘破可想而知。