1645年，寧南侯左良玉稱奉太子密詔，入誅奸臣馬士英以清君側(cè)，起于武昌，進逼南京。時清軍迅速南下，連續(xù)破徐州，渡淮河，兵臨揚州城下。1645年四月二十五日，由于史可法毫無作為，而使得揚州輕松被八旗兵攻克，導(dǎo)致了揚州老百姓白白被屠戮而不是像江陰老百姓那樣在閻應(yīng)元的帶領(lǐng)下抵抗而死，死得其所也有價值。

消息傳到南京，弘光帝方寸大亂，顧不上通知其他人，就與馬士英和少數(shù)宦官倉皇出逃，一路輾轉(zhuǎn)來到蕪湖。蕪湖守將正是擁立有功的江北四鎮(zhèn)之一——黃得功，他尚對京城變故一無所知。當(dāng)知道天子是張惶失措，棄都而來時。內(nèi)心不勝感慨，但仍然決定以死報國，對這位朱由菘效忠到底。

五月十五日大臣趙之龍、王鋒、錢謙益等獻南京城投降。五月二十八日，在尾隨而來的清兵重兵壓迫下，黃得功部將田雄，馬得功策謀降清。在猝不及防的情況下黃得功被暗箭射中，隨即自刎而死。弘光帝則被田雄活捉，獻給清軍邀功，解至北京，弘光政權(quán)覆滅。據(jù)鄭達《野史無文》記載：當(dāng)時田雄背著朱由崧，馬得功在后面緊緊抱著朱由崧的雙腳，生怕這個活寶貝飛掉，朱由崧痛哭流涕的哀求兩人，卻毫無效果，于是恨得咬住田雄的脖子，血流滿衣。當(dāng)時朱由崧的痛悔憤恨之情，可見一斑。

但亡國之君，總是難逃一死。次年五月，這位南明天子，就在北京被加以謀為不軌的罪名凌遲處死，年僅四十歲。對比當(dāng)年北京城被李自成俘虜崇禎的皇子們后，沒有殺之而是帶在身邊。可見滿清貴胄自己鼓吹的是來替明皇復(fù)仇的借口是多么無恥，其心胸是多么狹隘，至少比起李自成來差遠了，而像朱由菘這樣的三國演義里面的阿斗，能掀起什么風(fēng)浪呢？

如滿清有那么一點點其御用文人吹噓的那么仁慈，只需要將朱由菘軟禁在北京即可。可見滿清是多么殘暴、心胸是多么狹隘和不自信——因為其心虛所以害怕朱由菘活著會有所謂的“反清的精神作用”，包括后來都所謂康熙盛世時期處死隱居已經(jīng)幾十年、已經(jīng)是古稀之年的朱三太子。可見，對比之下，李自成要仁慈的多，雖然明廷逼得李自成起來造反。

清廷在殺死朱由崧后還對朱由崧進行了抹黑，把他說成一個荒淫無道的廢物皇帝。朱由崧當(dāng)皇帝到底為人怎么樣，我們不大清楚。因為南明已經(jīng)是國力微弱，滅亡是肯定的。

朱由崧是個歷史人物，作為一個人物，他至少是個脾氣不錯的人。朱由崧被迎到南京后，第一件事就是拜謁孝陵，然后追謚朱標、朱允炆及靖難之役中的死難者，伸張正義。朱標即朱元璋長子懿文太子，朱允即朱標次子建文帝。

朱由崧對自己直系祖宗朱棣的政敵如此，對自己的反對者也很寬容。登上帝位，朱由崧靠的是四鎮(zhèn)及馬士英之力。當(dāng)初反對自己而力主立潞王的，是姜曰廣、呂大器、張慎言、錢謙益、史可法等一批東林黨人，這幾個人中現(xiàn)在找?guī)讉€殺殺，那也是早有前朝舊例的。但朱由崧對他們不僅未加譴責(zé)，反而提拔重用。他們能當(dāng)弘光朝大官，自己的機靈是假的，領(lǐng)導(dǎo)的厚道才是真的。