上世紀30年代的上海，黨的中央機關一直安置在租界中。國民黨不斷加強清洗和圍剿，中共在上海的機關屢遭摧殘和破壞。此時，秦曼云擔任共產國際代表聯絡處主任兼上海中央執行局總會計，可謂重任在身。

1934年6月26日晚，中共上海中央局書記李竹聲在與共產國際代表接頭后回到中央局的辦公處，被守候在門口的國民黨中統上海行動區的特務逮捕，同時被捕的還有辦公處工作人員秦曼云、仇愛貞，以及中央局秘書處負責人李德釗和交通員周惠年等，中共江蘇省機關隨即被破獲，書記趙立人和全總黨團書記袁孟超等也遭逮捕。秦曼云被捕后隨即成為叛徒(一說后經保釋出獄，從此與黨組織脫離關系。)李竹聲亦在被捕后叛變，供出了中共在上海和蘇區的許多機密，如中央紅軍的兵力和作戰計劃，以及上海中央局的電臺位置等，接著他又供出了中共另一重要領導人盛忠亮的住址，盛隨即在法租界被捕并叛變。這種中央領導相繼被捕和叛變的現象(如總書記向忠發、特科“打狗隊”隊長顧順章等)不時發生，說明當時中共黨組織成分嚴重不純，以及黨建問題的特別重要。

李竹聲、盛忠亮的相繼被捕和叛變，給中共中央造成重大損失，黨在上海的組織網絡幾乎癱瘓，中共與蘇聯的聯系也因此中斷。(此前中共在上海的機關與莫斯科之間有地下電臺聯絡，鄧穎超在奉命去江西前曾與秦曼云商定用專門編制的密碼進行通信。)此后，黃文杰出任上海中共中央局代理書記和書記，不幸又于1935年2月被捕，與黃文杰同時被捕的還有中央局組織部長何成湘、宣傳部長朱鏡我、文委書記陽翰笙等三十余人。至此，中共在上海的地下黨組織基本被摧毀，中央機關被迫撤至蘇區。

這里必須說說盛忠亮。此人后來易名盛岳，字伐樵，湖南人，1907年出生，北京國立法政大學學生，大革命中參加革命，不久成為中共黨員，曾任中共北京市委宣傳部秘書、全國學聯中共支部書記。1926年盛忠亮因受到北洋政府通緝，被中共北京市委選派赴莫斯科中山大學學習，后于1932年回國，任中共中央委員、中央宣傳部長、中共中央上海局書記。李竹聲被捕和叛變后，盛忠亮曾短暫接任中共中央局書記一職。(而當時他的愛人，正是秦曼云。)

據說盛忠亮被捕后曾在受審時一言不發，大有堅貞不屈的架勢。國民黨特務向“功勞卓著”的叛徒顧順章求教，顧獻上妙計—盛忠亮對女友秦曼云言聽計從，可從秦處下手。國民黨當局立即將秦曼云從南京解往上海，盛忠亮經過秦曼云的苦口勸說，隨即折節叛變。

繼續說服愛人叛變之后，秦曼云又奉命出庭作證，指證黃文杰等人，結果黃文杰等被租界當局引渡給國民黨上海市警察局關押，隨即又被押解至南京國民黨憲兵司令部看守所。不過，讓人欣慰的是，黃文杰、朱鏡我、杜國庠、田漢、陽翰笙等同志終止了這一時期“被捕就叛變”的現象。在獄中，他們的表現讓人敬佩。朱鏡我的同鄉陳空如(國民黨首都警察廳廳長)寫信要保釋朱鏡我，但條件是必須“辦手續”。但是，朱鏡我卻拒絕了他。國民黨教育部總務司司長雷震是朱鏡我的同窗，他也勸朱鏡我自首，可是，遭到了朱鏡我的駁斥。朱鏡我夫人的叔叔、時任國民黨浙江省第六區行政督察專員兼保安司令趙次勝，與蔣介石的關系十分密切。當時，他要出面保釋朱鏡我，但是朱鏡我同樣是不為所動。他也只能說朱是一個“很有骨氣的人”。

陶鑄的女兒陶斯亮在《我與干爸爸王鶴壽》一文中描寫了中國革命史上的一大奇觀，王鶴壽與秦曼云在晚年卻握手言和，那位回國的闊太太就是秦曼云。

大概是1981年，干爸讓我陪他去北京飯店探望一位美籍華人。這是一次讓我終身難忘的會見。房門打開后，我眼前出現的儼然是一位闊太太。雖然已70高齡，依然化著濃妝，上著鮮艷綢衫，下穿綠喇叭褲，尖尖的高跟鞋、佩帶著項鏈和耳環。

老太太面帶愧色，神情很不自然。她吞吐地向這位共產黨的中紀委副主任陳述了1927年被捕的經過，極力為自己的變節行為開脫;她從側面，卻又不無真誠地詢問了關向應同志死難的經過;她還表示，為了祖國的統一大業，愿意為共產黨盡力效勞。最后，她以同情的口吻問：“這幾年來，你受苦了吧？”干爸始終神態自若地靠在沙發上，搖著一柄紙折扇，聽到這話，坦然地一笑：“這是我們黨內自己的事情，算不了什么！”一句話，說得老太太頓時無言以對。秦曼云于2001年去世。