1902年，慈禧太后又下令放開滿漢通婚的禁令，隨后對漢人開放了原先只能由滿人擔任的職位如將軍和都統等。隨后，清廷又下令廢除旗人不事生產的特權，授予旗丁土地，責令耕種，讓普通旗人們自謀生計。不過，話說回來，雖然滿人入關后八旗在各地駐防，世代為兵，并享受國家供養和免稅等特權，但兩百多年下來，一般的旗人(大多數人連滿語都不會說，和漢人已無區別)早已窮困不堪，因為當時清政府給滿人的供給極為微薄，卻不能從事他業，能養家糊口已屬不易，甚至連普通漢人都不如。

清朝建立以后，其中央權力機構沿用的是明朝的內閣加六部制度。所謂六部，指的是中國傳統的吏部、戶部、禮部、兵部、刑部和工部。雍正即位以后，用軍機處架空了內閣，變成軍機處加六部的結構。進入近代社會后，清廷為了適應新形勢的需要，在傳統的六部之外特設立一個新部門，即“總理各國事務衙門”，也就是人們常說的總理衙門。總理衙門是專門和外國人打交道的外交機構，但后來其功能越來越廣泛，包括洋務運動的興辦實業、派遣留學生等，都在它的管轄范圍之內。庚子年后簽訂的《辛丑條約》更是大大提升了總理衙門的地位，清廷在外國人的要求之下，將總理衙門改名為外務部，并列于六部之首。在當時，估計就再沒有比和洋人打交道更重要的事情了。

新成立的外務部還有一大創新，那就是部中不分滿漢，領導職位只設立一尚書兩侍郎，打破了原先六部中設置滿漢尚書和侍郎各一名的制度。這一舉措，等于是打破清朝沿襲了近兩百多年的祖制，而外務部的變化，實際上也是后來的機構改革之先聲。為了適應新政的要求，慈禧太后順應大臣們的請求，開始在傳統六部外設立新的領導機構。1903年9月，為了振興商務、發展實業，清廷成立了一個新的商部，其職能不僅僅局限于商業，還包括實業(工業)和農業。后來，商部又將老的工部吸收合并，新成立的部門稱為農工商部，成為一個負責全國經濟發展的中央部門。與此相對應，地方上也紛紛成立了農工商局，作為地方上的經濟管理機構。

在一個長期奉行農本商末為基本國策的國度里，從事商業和實業的人即使富有四海，也一向被那些羞于談利的士人們所蔑視，但這次不一樣了，當時農工商部的地位僅次于外務部，足見朝廷的重視程度。清廷公開倡導并獎掖實業，這在中國歷史上是破天荒的第一次，就連那些朝廷大員們也不再羞于談及商業和利益，都與時俱進了。鑒于舊式軍隊毫無用處，清廷在商部成立后的次月又設立了一個新部門，這就是主管全國編練新軍的練兵處。后來在清廷的中央官制改革中，兵部更名為陸軍部(海軍部另設)，練兵處也被歸并其中。緊接著，清廷又成立了財政處，作為中央財政管理機構，在中央官制改革前，財政處主要負責清查各地財政收入;中央官制改革后，財政處與戶部合并，成立一個新的部門，即度支部(相當于現在的財政部)。

1905年10月，清廷又決定成立巡警部(后改名民政部，相當于現在的公安部)，以管理全國的警察并負責各地的治安，取代原先的地方保甲制度。同年12月，由于科舉制度被廢除，為了適應新教育體系的要求，清廷又成立了學部(相當于現在的教育部)，并將原先的國子監吸收合并。為了法制交通和通訊，后來清廷又設立了郵傳部。經過這些變化后，原先的六部制已經是支離破碎，這也為后來的中央官制改革提供了契機。1906年11月，清廷進行中央官制改革，除內閣和軍機處仍舊不變外，新設立或改名稱的有11個機構，即外務部、學部、民政部、度支部、陸軍部、法部、農工商部、郵傳部、海軍部、軍咨府、資政院、審計院，新政時期的機構調整規模可謂前所未有。至此，隋唐以來的傳統六部建置便不復存在，在這些機構里，清廷廢除原先的滿漢尚書雙人負責制，而實行單一的領導制，革除“數人共一職”的低效管理方法。此時的清政府可謂是半新半舊，看起來雖然還有些別扭，有點但終究邁出了走向近代社會的重要一步。

除了設立新機構外，慈禧太后又下決心將一些有名無實、不適應時代發展要求的舊衙門加以裁撤或者歸并。首先被裁撤的是《江楚會奏變法三折》中提到的漕運屯田衛所。屯田和衛所本是為漕運而設立，但當時漕運早已是有名無實，屯衛反成為一大弊政。同時被裁撤的還有河東河道總督，這個機構本是為治理黃河而設，但收效甚微，而每年靡費無數，其被裁撤后，由河南巡撫兼管相應事務。1902年3月，清廷又將一些閑衙分別裁并，如管理太子事務的詹事府(清朝最后三個皇帝都沒有子女，哪來的太子？！)，被裁并入翰林院;通政司直接被裁撤;太常寺、光祿寺和鴻臚寺被并入禮部，太仆寺被并入陸軍部。

隨后，清廷對各級衙門進行整頓，裁汰書吏和差役，簡化各級衙門的公文形式和辦事程序，改陋規為公費等。由于制度的缺陷，書吏和差役在清朝的待遇極薄，如果按名義上的待遇的話，這些人根本就不可能養家糊口。也許是出于這個原因，書吏和差役往往在衙門里“舞文弄法，朋比為奸”，而那些科舉出身的官長大都不懂實務，“奉吏為師”，往往被這些人搬弄，在地方上為害甚大。新政時期，朝廷嚴令各級官長親理政務，裁撤那些擾民害民的書吏和差役，以期提高辦事的效率。在清末新政全面鋪開的同時，對不合時代的舊法制進行改革也成為一項緊迫的任務。大清帝國當時實行的是三權合一的傳統專制體制，加上外國人借口中國的法律嚴酷而在租界內行使領事裁判權，拒不遵守中國法律。為了廢除洋人的治外法權，1902年5月，清廷任命沈家本和伍廷芳為修訂法律大臣，命他們“按照交涉情形，參酌各國法律，悉心考訂，妥為擬議，務期中外通行，有裨治理”。由此，沈家本和伍廷芳經過兩年的籌備，成立了修訂法律館，開始了對中國歷史有重大影響的修律活動。

沈家本和伍廷芳在修訂法律的時候，第一件事便是將中國傳統的“刑法為主、諸法合體”的結構打破(如當時的基本法《大清律例》)，先區分出實體法和程序法(訴訟法)，然后在實體法中再細分出刑法、民法、商法等專門的法律部門。換句話說，也就是使中國“諸法合體”的傳統法律向“諸法分立”的體系轉變，為中國法律的現代化奠定了堅實的基礎。但是，在法制改革的進程當中遇到了很大的阻力，特別在推行司法行政機構改革的時候。原來，中國傳統的地方官是行政權和司法權不分的，而新的法制改革則是要推行西方法律體系中的司法獨立原則，另設獨立的審判體系，這讓地方督撫覺得自己的權力被部分剝奪。就連主張行政的張之洞都對此不理解，說“督撫但司檢察，不司審判”后，“則以后州縣不親獄訟，疆臣不問刑名”，那些地方官的權力(及由此帶來的油水)豈不是少了老大一塊？

阻力雖大，但法制改革依舊要向前推進。在中央司法機構改革中，刑部改名為法部，大理寺改為大理院。改革后的大理院相當于最高法院，“與(法部)行政官相對峙而不為其節制”。隨后，在地方司法機構改革中，也在各省各級普遍設立高等審判廳、地方審判廳和初級審判庭以行使審判權，而以原先的按察司改為提法司，負責司法行政和監督，以實現地方上的司法獨立。在法制提倡文明的同時，社會生活領域也出現了很多變革。其中，引進西方的警察制度頗為成功。清朝原本實行傳統的保甲制度，另外，綠營和地方團練也承擔部分的社會治安職責。但總的來說，都不夠專業，效率也不高。1902年，袁世凱在直隸試辦警察制度初有成效，于是朝廷命各地以直隸為模板，加以推廣。

當時的一些生活陋習也受到新政的調整，其中包括纏足和吸食鴉片。纏足是中國歷史上最為丑陋和殘忍的制度，居然沿襲千年，也是令人匪夷所思。對此，很多西方傳教士和維新派人士都對此極為反對，但一直到1902年，慈禧太后首次以朝廷名義發出上諭，勸戒纏足。由于清廷的公開提倡，晚清社會的“不纏足”運動蓬勃發展，這才使得那些飽受纏足戕害的女性同胞得以解放。鴉片戰爭以后，在西方列強的武力威脅下，鴉片貿易得以合法化，這不但卷走了中國巨額的財富(鴉片貿易是十九世紀最大的單宗貿易)，而且讓中國人的身心受到嚴重的摧殘。1906年，清廷在發布禁煙上諭的同時，派出使臣與英國交涉禁止輸入鴉片事宜。1909年，上海召開了萬國禁煙會，中國的禁煙運動得到了國際輿論的普遍同情，在這種情況下，英國答應逐步消減鴉片輸入中國，直到1917年徹底禁絕。

1902年，慈禧太后又下令放開滿漢通婚的禁令，隨后對漢人開放了原先只能由滿人擔任的職位如將軍和都統等。隨后，清廷又下令廢除旗人不事生產的特權，授予旗丁土地，責令耕種，讓普通旗人們自謀生計。不過，話說回來，雖然滿人入關后八旗在各地駐防，世代為兵，并享受國家供養和免稅等特權，但兩百多年下來，一般的旗人(大多數人連滿語都不會說，和漢人已無區別)早已窮困不堪，因為當時清政府給滿人的供給極為微薄，卻不能從事他業，能養家糊口已屬不易，甚至連普通漢人都不如。慈禧太后此舉，表面上是要取消滿人的特權、調和滿漢矛盾，其實也有甩掉包袱之嫌。