朱慈煥是明思宗崇禎皇帝的第五個兒子，生于崇禎六年，也就是公元1633年，生母是貴妃田氏。崇禎皇帝一生一共有七個兒子，次子和七子早夭，成功活到成年的有長子朱慈烺、三子朱慈炯、四子朱慈炤、五子朱慈煥。朱慈煥明明是第五個兒子，卻被人稱為朱三太子，是因為朱慈煥與四子朱慈炤同歲，因而人們習慣把他稱作“朱三太子”。

朱慈煥長大成人之后，被崇禎皇帝封為永王。若是沒有意外，他大概會平安富庶的度過自己的一生，可惜的是命運總是愛作弄人，崇禎十七年，李自成攻破北京，崇禎在眉山自縊，大明帝國崩潰。作為一個亡國皇朝的后代，朱慈煥不可避免的過上了顛沛流離的生活。

北京城破的時候，朱慈煥只有十二歲，在一片混亂中，他倉皇的跟隨自己的兩個哥哥奔逃，后來在大順軍中與兩個哥哥失散之后，與一位姓毛的將領逃到了河南，種了一年地。隨后因為清朝清繳流賊，實際上就是絞殺明朝舊人，毛姓將軍獨自逃走，十三歲的朱慈煥于是只能自己一個人四處流浪。

朱慈煥后來來到了奉養，被一位姓王的前明老給事中收養，改姓“王”名士元，就這樣一直在王家待到了他十九歲。朱慈煥十九歲這一年，王家突遭變故，朱慈煥再次開始了自己的流浪生活。

朱慈煥離開王家后，還做了一段時間的和尚，后來在浙江結識了一位姓胡的明官員后裔。兩人一番交談下來，胡某欽佩他的才學，勸他還俗，并將女兒嫁給她。于是朱慈煥娶了胡某的女兒，開始以王士元的名字在余姚教書為生。

康熙四十四年的時候，朝廷再一次嚴厲打擊明朝余孽，寧波、鎮海都“一步一步挨查”，聞得事發，妻女六人，均上吊自盡，三子一孫，被捕收，朱慈煥躲避流亡。到了四十七年的時候，官府將在康熙四十五年起事的浙江和尚張念一逮捕。此后從張念一的口中得知了朱慈煥的下落，同年拘捕了朱慈煥。

康熙四十七年朱慈煥被捉拿的時候，已經是七十五歲的高齡了。并且還有了一妻一妾，生了六個兒子三個女兒，并且有了一個孫子，組成了一個三世同堂的大家庭。他渴望平靜的生活，所以一直隱瞞自己的真實身份，可惜的是最終還是被朝廷捉拿。

朱慈煥被捉住后，朝廷審問他并問道：“朝廷待汝不薄，何為謀反呢？”朱慈煥答道：“數十年來，改易姓名，只是為了避禍。清廷有三大恩于前朝，吾感戴不忘，何嘗謀反？”官府又問：“什么三大恩？”朱慈煥回答：“今上誅流賊，與我家報仇，一也。凡我先朝子孫，從不殺害，二也。朱家祖宗墳墓，今上躬行祭奠，三也。”接著又說道：“吾今年七十五歲，血氣已衰，鬢發皆白，乃不作反于三藩叛亂之時，而反于清寧無事之日乎？且所謂謀反者，必占據城池，積草屯糧，招買軍馬，打造軍器，吾曾有一此乎？”

朱慈煥也許的確沒有謀反的心思，他一生都在躲避官府的追捕，并且期間還改名換姓，過上了平凡人的生活，組成了自己的家庭。若是他真有謀反之心，早在那些明朝殘余勢力冒頭的時候，就與他們聯系，暗中活動了。正如他說的那樣，要是真有謀反的心思，如何不再吳三桂興起三藩之亂的時候跳出來，反而到了年老氣衰的時候出來冒頭呢？

盡管朱慈煥本人并沒有反清復明的心思，但是架不住眾人借用其名號行事。當時大部分人都借著朱三太子的名號起勢，以便讓自己的活動看起來名正言順，上呈天理下遂民意。因此對清朝廷來說，不管朱慈煥有沒有反清復明的心思，都對清朝的統治造成了極大的阻礙，因此是必須除去的。康熙就說：“朱某雖無謀反之事，未嘗無謀反之心。”后來朱慈煥便被凌遲處死，享年七十六歲，子孫后代均被殺害。