慈寧宮經(jīng)歷了明清兩朝四百余年，最初了明朝皇貴妃的所居。1563年，即明嘉靖十五年，在仁壽宮原址上興建慈寧宮。清朝順治帝入關(guān)后，沿用了明制，1653年慈寧宮修葺后，迎來(lái)了它的第一位主人：孝莊文皇后。此后作為太后所居正宮和太妃的隨居住所。

孝莊太后，博爾濟(jì)吉特氏，名布木布泰，皇太極之妃，孝端文皇后侄女，順治帝生母，康熙帝祖母。一生培育、輔佐順治、康熙兩代君主。福臨帝即位后，孝莊成為清代第一位太后。順治帝駕崩后，她輔佐康熙帝，成為太皇太后，成為中國(guó)歷史上有名的皇太后和太皇太后，是清初杰出的女政治家。

孝莊太后在慈寧宮居住了四十四年。順治帝為祝母后生日，寫下三十首詩(shī)獻(xiàn)給孝莊太后。

康熙帝繼位后，孝莊太皇太后在慈寧宮頤養(yǎng)天年，而康熙帝一如既往地奉養(yǎng)太皇太后。康熙二十六年，太皇太后病危，康熙帝晝夜不離地侍奉在祖母身旁，隔帷席地而坐。據(jù)說(shuō)，康熙帝還在慈寧宮舉行了祭祀儀式，祈求上天讓自己減壽，以換得祖母的康復(fù)。孝莊太皇太后去世后，康熙皇帝悲痛欲絕，于慈寧宮內(nèi)停放太后的棺槨，并想將慈寧宮改為孝莊太后停靈的享殿，但因清宮無(wú)此規(guī)制而作罷。

從此以后的慈寧宮，便沒(méi)有太后敢住了。成了太后們不敢住的太后宮。究其原因，因?yàn)樾⑶f太后是清代最有威望的太后，直至去世都在此居住。而此后的太后、太妃們，包括慈禧皇太后，也都覺(jué)得自己的身份有點(diǎn)“壓”不住這座令人敬畏的太后宮。

據(jù)說(shuō)，自孝莊太皇太后駕崩后，慈寧宮空置了四十余年，期間流傳了許多鬼神傳說(shuō)。到乾隆朝，崇慶皇太后不愿再住慈寧宮，就有了1769年，慈寧宮重建。關(guān)于慈寧宮鬼神的傳說(shuō)，孝莊駕崩后，有的住過(guò)慈寧宮的太后太妃說(shuō)，“每天晚上都能聽(tīng)見(jiàn)奏樂(lè)的聲音，有的說(shuō)在墻上能看到宮女太監(jiān)們排隊(duì)走過(guò)的影子，還有的說(shuō)有一口井，白天往下看井底是石頭、雜草，但晚上再往下看，井底就會(huì)有水，水上倒映的卻不是自己的臉……，以致后來(lái)的太后、太妃們都不愿意在此居住，怕的是說(shuō)自己的身份”壓“不住孝莊太后居住又安奉過(guò)孝莊棺槨的宮殿，而請(qǐng)尋別居。

至于慈禧太后因何未住慈寧宮。原因有二。一是在兩宮太后時(shí)，慈寧宮是東太后慈安住所，慈禧是西太后只能居長(zhǎng)春宮……慈安死了，慈禧獨(dú)攬朝政，按規(guī)制可住慈寧宮。但據(jù)野史說(shuō)，因慈安是慈禧害死的，故慈禧不住慈寧宮，以示對(duì)尊重。

無(wú)論真假，自孝莊以后，的確慈寧宮再也沒(méi)有過(guò)一位長(zhǎng)居的太后和太妃，而慈寧宮后來(lái)成了大宴，受冊(cè)、受寶等重要典禮的處所了。