明末崇禎帝就曾說過：想給建文帝上墳，卻不知在何處。另一種說法是在南京攻破之時，建文帝曾想自殺，但在其親信說服下，削發為僧，從地道逃出了皇宮，隱姓埋名，浪跡江湖。明太祖朱元璋死后，燕王朱棣于建文元年以“清君側之惡”的名義舉兵反抗朝廷，至建文四年朱棣由燕王榮登皇位而結束，歷時4年。

就在朱棣攻入南京時，皇宮已是一片大火，建文帝下落不明。此后，有關惠帝已經出逃的傳聞頗多，明成祖對此總是不放心，這件事也幾乎成為他的一塊心病。數百年來，建文帝的下落也是一樁爭訟不決的歷史懸案。綜合各家說法，主要有“焚死”說和“逃亡”說兩種。

一種說法認為建文帝是自焚而死的。據永樂年間修撰的《明太祖實錄》中記載，燕王朱棣發動“靖難之役”，經過四年的征戰，燕王獲得全勝，建文四年，燕王統領大軍開進南京金川門。當燕王軍隊進入皇宮時，宮中已是一片火海，建文帝也沒了蹤影。與此同時，建文帝所使用的寶璽也毫無蹤影。正史記載建文帝死于宮中的大火中?！短趯嶄洝肪砭庞涊d：“上(即明成祖朱棣)望見宮中煙起，急遣中使往救，至已不及。中使出其尸于火中，還白上，上哭曰：‘果然，若是癡耶！吾來為扶翼不為善，不意不諒而遽至此乎！’……壬申，備禮葬建文君，遣官致祭，輟朝三日?！?/p>

仁宗朱高熾御制長陵后碑也說，建文帝歿后，成祖備以天子禮儀殮葬。成祖后來在給朝鮮國王的詔書中說：沒想到建文帝在奸臣的威逼下縱火自殺。但是，太監在火后余燼中多次查找，只找到馬皇后與太子朱文奎的遺骸，建文帝是活是亡無從得知。

燕王為讓天下知建文帝已自焚，曾作有祭文，但其墳墓在什么地方，無人可知。明末崇禎帝就曾說過：想給建文帝上墳，卻不知在何處。另一種說法是在南京攻破之時，建文帝曾想自殺，但在其親信說服下，削發為僧，從地道逃出了皇宮，隱姓埋名，浪跡江湖。明成祖死后，他又回到京城，死后葬于京郊西山。

朱棣登位后，感到生死未卜的建文帝對他有一種無形的壓力，因此多次派心腹大臣到處訪問。永樂年間鄭和下西洋的陪同官員中，有不少錦衣衛士，這顯然就是用于暗中查訪建文帝的。明成祖曾向天下寺院頒布《僧道度牒疏》，將所有僧人名冊重新整理，對僧人進行了一次全方位的調查。從永樂五年起，還派人以尋訪仙人張邋遢為名到處查找，涉及大江南北，前后共20余年。

民間傳言中，在許多地方都有建文帝的蹤跡與傳說。有的說建文帝先逃到云貴地區，后來又輾轉到了南洋一帶，直到現在，云南大理仍有人以惠帝(建文帝)為鼻祖。也有現代學者認為，當年建文帝潛逃后，曾藏于江蘇吳縣黿山普濟寺內，接著隱匿于穹窿山皇駕庵，于永樂二十一年在此病亡，埋于庵后小山坡上。至于建文帝的下落到底如何，以上兩種說法都無法給出令人滿意的答案。