于1645年5月20日的城防崩潰后，揚州城居民只有聽天由命了。盡管當時大雨傾盆，但是一些居民忙著燒香，準備著入侵者的到來，同時大量地隱藏他們的金銀財寶。他們只是做了這些謹慎的準備，但是全然無力抵抗那些已接管這座城市的滿族人、蒙古人和投降了的漢人。王秀楚寫道：“眾皆次第待命，予初念亦甘就縛”。

那些叛徒領著清兵在這座商業城市中從一個富戶進入另一個富戶。清兵們先是要銀子，后來就無所不要了。直到20日的白天，還沒有人身傷害。但是夜幕降臨之后，人們聽到了砸門聲、鞭子抽人聲和受傷人發出的嚎叫聲。那個夜晚火勢蔓延開來，但有些地方的火被雨澆滅了。到于1645年5月21日，一份告示保證說，如果藏起來的人能夠出來自首的話就會得到赦免，于是許多藏在自己家里的人走了出來。可他們走出來后卻被分成50或60人一堆，在三四個士兵的監督下，用繩子捆起來。然后就開始用長矛一陣猛刺，當場把他們殺死，即使仆倒在地者也不能幸免。諸婦女長索系頸，累累如貫珠，一步一跌，遍身泥土;滿地皆嬰兒，或襯馬蹄，或藉人足，肝腦涂地，泣聲盈野。 揚州變成了屠場，血腥惡臭彌漫，到處是肢體殘缺的尸首，一切社會準則都不復存在了。

揚州百姓，同仇敵愾御敵。據史可法紀念館館藏資料記載：在保衛揚州城的戰斗中，百姓踴躍參戰。有的奔上城頭搶修防御工事，有的協助兵士巡城，連婦女老小都出動，搜集磚石、石灰，趕制刀槍弓箭。退職武將樊大綱召集一批志士，加入守城隊伍。其母為了免除兒子的牽掛，竟一頭撞死在石碑上。城被攻破后，市民們或同清兵巷戰而死，或自殺身亡。二百多揚州少年自發組織起來，到處伏擊清軍，全部戰死：諸生高孝瓚，在衣襟上書：“首陽志，睢陽氣，不二其心，古今一致”，在學宮自縊;醫生陳天拔、畫家陸榆，船民劉某、徐某，均不屈死;婦女拒辱自殺者不計其數。

那些從城墻上跳下去企圖逃跑的人不是摔斷了大腿，就是落到了流氓無賴和散兵游勇手中，他們把這些人抓起來拷打，要他們交出財寶來。在城里，一些人藏到垃圾堆里，在身上涂滿爛泥和臟物，希望以此躲開人們的注意，但是清兵不時地用長矛猛刺垃圾堆，直到里面的人像動物一樣蠕動起來，鮮血從傷口流了出來。大火蔓延開來，那些因為藏在屋子里或地下室里仍然活著的人們，或者是被無情的大火所吞噬，或者是戰戰兢兢地跑到街上，被那些仍然在屠城的清兵殺死了。甚至那些被正規的清軍放過去的、赤身露體在街上游轉的、孤弱無助的市民，又被成群的散兵(“不知為清兵、為鎮兵、為亂民”)攔住，亂棒打死。

到5月25日，即濫殺和搶劫的第六天，這場大屠殺結束了。清軍接到豫王的命令，就此封刀。和尚們得到命令開始收集和焚燒尸體。到5月27日，開始賑濟口糧。又過了幾天，那場雨——它使大火沒有毀滅整個城市——終于停止了，太陽也出來了。當時的人們估計，有80萬人死于這場屠殺。