哲赫忍耶創始人馬明心是回族人，他出生在甘肅隴南市，1781年農歷3月27日在蘭州城頭被清廷人殺害，去世時63歲。馬明心，字復性，早年喪父，跟著叔父一起生活，在6歲時進入清真寺學習阿拉伯文，9歲時跟叔父于1728年沿著青海、新疆、中亞絲綢古道徒步前去麥加朝覲，途中突然遭遇風暴，導致叔侄失散，經過幾次輾轉，馬明心最后流落在中亞布哈拉，居住在“伊斯哈格”道堂做事，在導師阿卜杜勤.哈里格.阿齊茲.米斯加吉的教育下，學習蘇菲教義，履行道乘功修煉數年。在其期間先后去麥加朝覲11次，向一些著名學者請教，受益頗深。

1744年馬明心經過中亞、新疆返回河洲，途徑經過青海循化時，被當地宗教人士挽留講授《古蘭經》，之后馬明心就在河湟地區開始傳授哲赫忍耶學理，并接收門徒，講經宣教。馬明心吸收了嘎底林耶的修道，使修煉更為嚴密，在宗教禮儀方面，馬明心主張簡化宗教禮儀，宗教施舍要用在救濟窮人身上，不能用不正常手段獲得錢財，反對修建跟裝修清真寺，一切以簡化為主。馬明心的主張得到了穆斯林的支持，信眾日益增加，威脅到華寺門宦的地位，引起了發華跟哲之間的矛盾。1762年華寺門宦第二代掌教人向政府指控馬明心，馬明心被迫離開，遷居在定西官川，來求道阿訇就有數百人，經過這些學生的多次傳播，追隨者日益增加形成了一個較大的宗教，被稱為官川門宦，而馬明心被稱為官川阿齊茲，簡稱尊貴者。

馬明心后代馬元章，字光烈，號禎祥，原名馬云鵬，是伊斯蘭教蘇菲主義哲赫林耶學派的第七任教主，經名為利牙頓丁，道號為素迪根拉.穆罕默德.努爾。公元1853年10月8日出生在云南。馬元章是馬明心的第四代人，馬明心的長子馬順清是馬元章的祖父。馬順清有五子，其中第三子馬圣麟，馬圣麟的長子馬元章，次子馬元坤(少亡)，三子馬云超，其中馬元章從小天資聰穎，《古蘭經》在18歲時就倒背如流，并且精通中國文史，使當時一些阿訇、長者驚訝，堪稱奇才。馬元章在哲赫林耶派經歷的反清失敗遭遇中得到了深刻的教訓，馬元章盡量與官方調整好關系，以便取得立足之地。庚子年間，董福祥得罪了洋人，避居固原時，目睹了哲赫林耶派的興起，感到不快，計劃如何挑起事端，馬元章一方面勸教民不要跟政府作對，另一方面直言董福祥不要輕舉妄動，馬元章向政府擔保回族人民沒事，從而改變了局面，穩定了人心。

在第一次世界大戰時，土耳其參加了同盟國。而馬元章以教主的身份致電袁世凱，雖然他與土耳其同信伊斯蘭教，但是他會誠摯擁護中國政府的對外立場。馬元章的行為讓哲赫林耶派跟官方的關系得到了很大的改善。經過20年的苦心經營，恢復、鞏固與發展哲赫林耶派，使哲赫林耶派成為繼馬明心跟馬化龍的第三次盛世時期。馬明心積累了很多的財富，擁有道堂7處。強調道堂財產屬于宗教財產，只能使用在宗教事業上，任何人不準作為自己的私有財產揮霍。1920年農歷十一月初七日，在甘肅海源發生了大地震，馬元章在西吉遇難不幸去世。