袁世凱死后，皖系以北洋正統自居，操縱政局，聲勢顯赫。但好景不長，1920年7月直皖戰爭，皖系一敗涂地，一蹶不振，盡管后來段祺瑞又曾出山擔任“執政”，不過是有職無權。在北洋三大派系中，皖系最先興盛，亦最早衰敗。作為段祺瑞的心腹謀士，皖系的核心人物，徐樹錚的所作所為與皖系的興衰有著直接的極大的關聯。從某種意義上說，皖系興則在徐，敗亦在徐。

徐段邂逅。徐樹錚字又錚，安徽蕭縣人。1901年赴濟南擬投袁世凱，投袁不成，卻意外碰到了段祺瑞，段“約與長談，深相契，遂延攬焉”，聘為書記官。1905年由段支持赴日本留學軍事，1910年學成歸國任江北軍事參議，實為江北提督段祺瑞的總參謀，武昌起義爆發后不久，段祺瑞署湖廣總督，統率第一軍，委徐樹錚為總參謀。

時南北且戰且和，相持不下，段奉袁世凱之命聯合北洋軍官50人通電擁護共和，電文云：“立定共和政體，以觀內閣及國務大臣等，暫時代表政府……再行召集國會，組織共和政府。”

這份轟動一時的電文便是徐樹錚草擬的，它對促使清帝退位，為段祺瑞撈取政治資本起了不可低估的作用。以后段為北京政府陸軍總長，徐則任陸軍次長;段為國務總理，徐則任國務秘書;段為參戰督辦，徐則任西北邊防軍(前身為參戰軍)司令，可見二人一榮俱榮，步步相攜，段視徐為肱股，徐奉段為至尊。

撲滅了“二次革命”后，袁世凱利令智昏，意欲帝制自為。段祺瑞從一開始就不附和，所以袁段的關系鬧得很僵。徐樹錚是段最親信的人，陸軍部事務基本上由其全權代理，故袁很討厭徐，幾次想把徐調離陸軍部，段都拒不照辦。1915年5月，段經與徐樹錚等心腹密商后，決定“藉病退養”，消極對抗。后形勢有變，護國軍興，袁很希望段能出山助一臂之力，段委他人與徐商量對策，徐建議段稱病不出。段果然一直歸隱不出，隨著袁世凱一命嗚呼，中國的政治格局發生了很大的變化，各大軍閥派系勢均力敵，爭權奪利，徐對段的影響，對皖系的作用也愈來愈大。二、奔走策劃不遺余力出于獨攬大權的政治需要，段祺瑞二任總理后拒絕恢復《臨時約法》。1917年7月，孫中山發動了“護法運動”，矛頭直指段祺瑞，段以此為由，推行其武力統一政策。

1917年11月，因對南方作戰陷入僵局，段祺瑞宣布辭去國務總理職務。11月18日，直系將領曹錕和長江三督聯名發電，主張停止內戰。可是不久曹錕便聲明，電文未經本人同意，故不能負責。曹錕在北洋派中實力最大，地盤又最接近北京，他的態度很有影響。徐樹錚見有隙可鉆，立刻跑到天津對曹大肆誘惑，表示曹如傾向主戰派，以后改選時一定捧他為副總統。曹果然于21日單獨宣布，主張以南軍退出長沙為南北議和的條件，初看起來是一折衷方案，實際上是另一種形式的主戰論。

段的野心、徐的跋扈，終于使直皖矛盾公開化，由于自感實力不足，于是段派徐到奉天勸調奉軍入關，以壯聲勢。徐樹錚十分清楚，要把“東北王”請進關內，不給一點好處是不行的。正巧陸軍部向日本政府購買的軍械有一批將在秦皇島上岸，徐便自作主張將這批軍械留下來，作為送給奉軍的見面禮。由于做得十分巧妙，不僅馮國璋抓不住把柄，連段祺瑞知道了也不能多說什么。

張作霖本來就很想干預中原政局，有了現成的禮物，自然愿意傾向皖系。1918年3月12日，奉軍設總司令部于軍糧城，張作霖自任總司會，委徐為副司令，“總司令一切職權，完全由副司令代行”。奉軍入關，對馮國璋構成極大的威脅，他只好親自請段祺瑞重新組閣。段內閣的復活表明皖系在同直系的爭斗中取得了極大的勝利，其中徐樹錚立了大功。

但是，奉軍入關并非真正要到前線同南方軍作戰，當徐樹錚不停地奔走于京、漢兩地，計劃將前線部隊全都換成奉軍共6個混成旅時，張作霖立刻感到不能容忍了，他以邊防吃緊為由，調回已經開到湘東的奉軍。

依靠他人軍隊絕非長久之計，關于這一點，段祺瑞早有意識。1917年底段被任命為參戰督辦，即著手編練參戰軍，1919年1月參戰軍正式成立，共編成三個師。很明顯，段以參戰為名，在建立自己的嫡系部隊。由于第一次世界大戰結束，參戰軍之名已不適宜，于是改稱邊防軍，徐樹錚則選擇了西北地區作為發展邊防軍的根據地。

1919年6月，北洋政府正式任命徐樹錚為西北籌邊使兼西北邊防軍司令。徐就職不久，外蒙少數民族分裂分子掀起“自治”風潮，北洋政府將庫倫都護使陳毅改授豫威將軍，由徐樹錚督辦外蒙善后事宜，皖系勢力逐步深入外蒙。重兵戍邊，措施得力，客觀上維護了祖國的統一，制止了民族分裂，在捍衛國家和民族主權及領土完整方面，徐是有一定貢獻的，由此，既加強了邊防軍的實戰能力，又提高了皖系及徐個人的政治聲望。

由于徐樹錚出謀劃策和積極奔走，皖系的權勢日益增大，達到了全盛時期。