相比于清朝皇帝后宮的妃嬪如云，同治帝的后宮并無幾人，也許這是因為他年紀尚小的原因。他的妻子只有一位，即孝哲毅皇后，阿魯特氏。

阿魯特氏，為蒙古正藍旗人，其父為清狀元戶部尚書崇綺。崇綺是清朝114名狀元中，唯一一位以滿蒙的族人身份，科舉漢文，進而奪得狀元之位，成為“惟一獲得狀元桂冠的蒙古狀元”。他工詩善畫，多才多藝，文化造詣極高。而阿魯特氏作為他的女兒，出生清流，受父親的教導和熏陶，文化修養也很高。史書記載：“孝哲皇后，幼時即淑靜端慧，崇公每自課之，讀書十行俱下。容德甚茂，一時滿洲、蒙古各族，皆知選婚時必正位中宮”于同治十一年，慈禧封她為皇后。

這位皇后比同治帝大2歲，生于咸豐四年。這位多才多藝的姑娘，雖然由慈禧太后親封為后，但實際上那只是慈禧太后迫于壓力所為。所以孝哲毅皇后，阿魯特氏，與自己婆婆慈禧太后的關系并不好。對于同治帝的死因，其中一種猜測便是，同治帝受太醫醫治漸好的時候，皇后前來探病。哭訴自己被婆婆苛責，同治皇帝勸她暫作忍耐，哪知被慈禧聽了個正著。于是慈禧大步進來，拉著皇后的頭發施暴，同治帝想要救助皇后，哪知跌落在床。等將太醫喚來的時候，已是藥石不進，最終身亡。雖然不知道此事的真假，但也可從中窺探出，慈禧太后與皇后的緊張關系。

阿魯特氏是“辛酉政變”中被賜死的鄭親王端華的外孫女，本就不被慈禧所喜。而她又生性耿直，不順從逢迎慈禧，使慈禧視若寇仇，時常刁難她。這位可憐的姑娘，忍受著婆婆的刁難，在丈夫死后不足白天，終于自殺于儲秀宮，死后與同治帝同葬于惠陵。

《清宮詞》里有一首詩，贊揚這位孝哲毅皇后，阿魯特氏。

蕙質蘭心秀并如，花鈿回憶定情初。

珣瑜顏色能傾國，負卻宮中左手書。

同治帝后妃列表

孝哲毅皇后，阿魯特氏，蒙古正藍旗人，其父為修撰、翰林院侍講、封三等承恩公、累官戶部尚書崇綺，祖父為副都統、前任大學士、軍機大臣賽尚阿，鄭親王端華的外孫女，家世極為顯赫。謚號：孝哲嘉順淑慎賢明恭端憲天彰圣毅皇后。

“淑慎皇貴妃，富察氏，穆宗立皇后，同日封慧妃。進皇貴妃。德宗即位，以兩太后命，封為敦宜皇貴妃。進敦宜榮慶皇貴妃。光緒三十年，薨。謚曰淑慎皇貴妃。”

“莊和皇貴妃，阿魯特氏，大學士賽尚阿女，孝哲毅皇后姑也。事穆宗，為珣嬪，進珣妃。光緒間，進珣貴妃。宣統皇帝尊為皇考珣皇貴妃。孝定景皇后崩未逾月，妃薨。謚曰莊和皇貴妃。”

“敬懿皇貴妃，赫舍里氏，事穆宗，自瑜嬪進瑜妃。光緒間，進瑜貴妃。宣統間，進尊封敬懿皇貴妃。”

“榮惠皇貴妃，西林覺羅氏，事穆宗，自瑨貴人進瑨嬪。光緒間，進瑨妃。宣統間，進尊封榮惠皇貴妃和榮惠皇太妃。”

看同治帝死后，皇位是由慈禧太后從宗親過繼過來，便可以知道同治皇帝并沒有留下后代。但實際上，同治帝也是有一個孩子的。雖然不知道是男是女，但未出世，便胎死腹中。同治帝死后，皇后有喜，但是那個時候，慈禧太后已經命人從宗親處過繼了一人，繼任皇位。而這個時候，皇后腹中的孩子，地位就顯得尤其尷尬了。如果是女兒還好，但萬一是個兒子，這輩分該怎么算。可悲可嘆，皇后腹中的孩兒發現的太晚，他出現的時機太晚，或者也可以說他的父親去世的太早。總之，最后他沒有得以見一見人世，就與自己的母親和父親一起，共赴黃泉。