由于中亞細亞的河中地區與中國新疆毗鄰相望，地理環境相似，經濟文化互補性較強，所以很早以前，烏孜別克人的祖先們就從中亞遷入中國新疆地區。

14世紀時，金帳汗國與大元中央政府有大規模的商業往來。到了明朝(與北元)時期，雙方的商業往來更趨繁榮，經常互派使者和官家商隊。16世紀至17世紀，從布哈拉、撒馬爾罕等地東來的中亞商人以中國新疆的葉爾羌為中轉地，經營絲綢、茶葉、瓷器、皮張、大黃和各種土特產，有的還途經阿克蘇、吐魯番至肅州(今甘肅酒泉)，將貨物轉銷中國內地。在這段時期，來自中亞的一些商人開始留居新疆一些城市。

18世紀初，從中亞陸續遷入新疆定居的烏孜別克人日益增多，其居住地也由南疆擴展到了北疆。18世紀50年代，清政府在平定準噶爾統一新疆后，與以烏孜別克人為主的浩罕汗國、希瓦汗國、布哈拉汗國建立了外交關系，并且一直友好往來了六七十年。這一時期，社會相對穩定，社會生產得到一定的恢復和發展，從而也就從客觀上為烏孜別克商人與中國新疆地區的貿易往來創造了有利條件。

在經商過程中，烏孜別克人足跡所到之處，形成了大小不同的居留地。他們長年累月往返于同一路線上，自然而然地形成了許多落腳點，有些商人還由于偶然原因不能夠返回遙遠的故鄉，便滯留該地，置產安家，娶當地女子為妻，成為當地的居民。當時，烏孜別克人較集中地居住在喀什、噶爾、葉爾羌、阿克蘇以及北疆的烏魯木齊、伊犁、塔城、奇臺、木壘、英吉沙等地。19世紀中葉，烏孜別克人遷居新疆的除商人外，還有農牧民、手工業者、知識分子、宗教職業者和一些貧民。

19世紀70年代后期，浩罕、希瓦、布哈拉等汗國先后并入俄國。烏孜別克商人的貿易活動也被納入沙皇俄國對中國新疆的貿易活動中。

商業貿易也發展成為除長途販運至新疆在“熱斯太”(烏孜別克語音，意為“商業繁榮區”或“集市”，是經常性的商業區)上銷售外，還開辦了許多“洋行”。當時在烏魯木齊、喀什、伊犁、塔城等地都有由烏孜別克商人開辦的“洋行”。這種新的大規模的貿易方式必須具有完備的設施，定點經營，設立貨場、客棧、貨運運輸及飼養業等，客觀上為烏孜別克商人在新疆的定居創造了條件。隨著這種貿易的進一步發展，中亞細亞的烏孜別克勞動者也就陸續來到新疆參加以貿易為中心的各種勞務活動，久而久之便在新疆定居下來。這一時期，一些具有民主主義思想的烏孜別克知識分子，因不滿沙皇俄國的黑暗統治，也輾轉移居新疆。這類人人數雖然不多，但因其本身具有的社會影響力，所以也可以視為中國烏孜別克族來源的一個途徑。

第一次世界大戰以及戰后很長一段時期內，由于戰爭導致的社會動亂及中亞地區連續發生的自然災害，致使一些居民逃避他鄉或者移居國外。

由于中國新疆地區已有烏孜別克人定居的歷史基礎，客觀上存在著血緣上和社會方面的廣泛聯系，中亞細亞的部分烏孜別克人投親靠友，來到新疆定居。以后，這種以血緣為紐帶的正常往來一直延續至今。

到了20世紀30年代，遷入新疆的烏孜別克族也由商人擴大到社會的各個階層。他們遷入新疆后，在當地民族的幫助下定居下來。其中，居住在城鎮的烏孜別克人主要從事商業、手工業或者從事教育、醫療、文藝等行業;而居住在農牧區的烏孜別克人則與維吾爾、哈薩克等兄弟民族一起，共同從事園藝業和農牧業生產。共同的生產生活實踐，加深了各民族間的交往和了解，也促進了各民族經濟文化的共同發展。