段祺瑞反對(duì)學(xué)生運(yùn)動(dòng)。在親自撰寫(xiě)的《內(nèi)感篇》一文中，他分析道，國(guó)內(nèi)的一般學(xué)人在游歷歐美后，都想把西方的政治思想和制度立刻移植過(guò)來(lái)，就好象是拿別人的裝飾物，來(lái)美化自家廳堂一樣。素不知上層建筑的東西絕非如此簡(jiǎn)單，畢竟西方人對(duì)他們的那一套早已習(xí)慣，而國(guó)人在此前的三千多年里，一直都有自己的歷史和文明，如果一定要強(qiáng)行移植，只會(huì)帶來(lái)東施效顰的結(jié)果。

段祺瑞認(rèn)為中國(guó)的“立國(guó)要素”，仍是傳統(tǒng)的孔孟之道，是“老吾老以及人之老，幼吾幼以及人之幼”。由此出發(fā)， 其治國(guó)之道可以用四個(gè)字來(lái)概括，即“綱紀(jì)為先”。可是當(dāng)時(shí)的社會(huì)風(fēng)潮卻與他的想法完全背道而弛，各地學(xué)生運(yùn)動(dòng)此起彼伏，對(duì)北京政府的“綱紀(jì)”形成了極大沖擊。段祺瑞慨嘆：“最奇特者，人之所無(wú)，而我更有澎湃之學(xué)潮，可謂新之又新。”

章士釗是段祺瑞晚年的重量級(jí)幕僚，其政治理念與段祺瑞也如出一轍。為此，在執(zhí)政府尚能維持局面時(shí)，段祺瑞便讓章士釗由司法總長(zhǎng)兼署教育總長(zhǎng)，想通過(guò)這位名士出身的政治家來(lái)整頓學(xué)風(fēng)。

章士釗兼署教育總長(zhǎng)后，下決心從三件事抓起，即宣布大學(xué)統(tǒng)一考試，教育部專設(shè)考試委員會(huì)，主抓學(xué)生的入學(xué)畢業(yè)考試；教育部設(shè)編譯館，督促獎(jiǎng)勵(lì)各大學(xué)教授著書(shū)、譯書(shū)；合并北京八所大學(xué)。

章士釗的這些措施后來(lái)被認(rèn)為皆切中時(shí)弊，但在當(dāng)時(shí)遭到了教育界及青年學(xué)生的強(qiáng)烈反對(duì)，根本無(wú)法得到有效的貫徹實(shí)施。因阻止學(xué)生參加5月7日的“國(guó)恥紀(jì)念日”，章士釗自己的住宅也被激憤的學(xué)生搗毀，各校學(xué)生更聚會(huì)請(qǐng)?jiān)福罅T免章士釗。

章士釗整頓學(xué)風(fēng)的舉措歸于失敗，他被迫呈請(qǐng)辭去本兼各職，經(jīng)段祺瑞挽勸，才重就司法總長(zhǎng)職。

此后，學(xué)生參加政治運(yùn)動(dòng)更為積極踴躍。段祺瑞索性將司法總長(zhǎng)委于他人，專調(diào)章士釗出任教育總長(zhǎng)，意圖整頓教育，抑制越演越烈的學(xué)潮。這時(shí)正好北京國(guó)立女子師范大學(xué)（女師大）的學(xué)生要求撤換楊蔭榆，章士釗便率先拿女師大作為典型開(kāi)刀。

女師大校長(zhǎng)楊蔭榆是中國(guó)第一位女大學(xué)校長(zhǎng)，她遵循西方教育理論，主張學(xué)生應(yīng)專心讀書(shū)，不要參加和過(guò)問(wèn)政治運(yùn)動(dòng)，在相應(yīng)的校規(guī)校紀(jì)上也很嚴(yán)格苛刻，由此激起了學(xué)生和教職工的嚴(yán)重抗議。

女師大學(xué)生自治會(huì)派代表前往教育部，要求教育部撤換校長(zhǎng)。章士釗對(duì)學(xué)生的這種激烈行為非常惱火，決心以強(qiáng)力壓制的辦法加以整頓。在他的公開(kāi)支持下，楊蔭榆宣布開(kāi)除劉和珍、許廣平等六名學(xué)生自治會(huì)成員。

女師大學(xué)生針?shù)h相對(duì)，決定驅(qū)逐楊蔭榆，發(fā)起“驅(qū)羊（楊）運(yùn)動(dòng)”，從而爆發(fā)了女師大風(fēng)潮。其間，魯迅、錢(qián)玄同等七名教育界名士聯(lián)合發(fā)表宣言，表示堅(jiān)決支持學(xué)生，魯迅還因此被章士釗開(kāi)除了在教育部的職務(wù)。

魯迅早就在風(fēng)壇聲名遠(yuǎn)播，其雜文之殺傷力更是無(wú)人能及。他不僅在文章中將章士釗罵得狗血淋頭，毫不客氣地稱章“是兇獸樣的羊，羊樣的兇獸”，而且還拿起法律武器，告倒了這位昔日上司。

最終扛不住的不是學(xué)潮中的師生，而仍是早已喪失實(shí)力的執(zhí)政府。除楊蔭榆被免去校長(zhǎng)職務(wù)外，章士釗也在其住宅再度被學(xué)生搗毀后，被迫辭去教育總長(zhǎng)一職。書(shū)生本色的章士釗在加入執(zhí)政府前頗負(fù)時(shí)譽(yù)，但掌握教育部卻讓他背負(fù)了太多罵名，結(jié)局可謂潦倒。