朱棣即位后，重建奉天殿(舊殿被朱允炆所焚)，刻玉璽，封王妃徐氏為皇后，對靖難功臣進(jìn)行了封賞，凡建文年間貶斥的官員，一律恢復(fù)職務(wù)(如靖難初期因離間被貶的江陰侯吳高被再次起用，守大同);建文年間的各項(xiàng)改革一律取消;建文年間制定的各項(xiàng)法律規(guī)定，凡與太祖相悖的，一律廢除，但一些有利于民生的規(guī)定也被廢除，如建文二年下令減輕洪武年間浙西一帶的極重的田賦，至此又變重。

永樂初，朱棣為了安撫諸位藩王，穩(wěn)定國內(nèi)局勢，同時(shí)表示自己和建文帝的不同，曾先后復(fù)周、齊、代、岷諸親王舊封;建文帝的弟弟吳王朱允熥、衡王朱允熞、徐王朱允熙尚未就藩，明成祖皆降為郡王，同年又將已就藩的朱允熥、朱允熞召到燕京，以不能匡正建文帝為由廢為庶人，軟禁于鳳陽，僅留朱允熙奉祀懿文太子，而朱允熙不久也于永樂四年死于火災(zāi)，但當(dāng)其皇位較鞏固時(shí)，又繼續(xù)實(shí)行削藩，周、齊、代、岷諸王再次遭到削奪;遷寧王于南昌;徙谷王于長沙，旋廢為庶人;削遼王護(hù)衛(wèi)。

朱棣繼續(xù)實(shí)行朱元璋的徙富民政策，以加強(qiáng)對豪強(qiáng)地主的控制，朱棣時(shí)期，完善了文官制度，在朝廷中逐漸形成了后來內(nèi)閣制度的雛形，永樂初開始設(shè)置內(nèi)閣，選資歷較淺的官僚入閣參與機(jī)務(wù)，解決了廢罷中書省后行政機(jī)構(gòu)的空缺。

朱棣重視監(jiān)察機(jī)構(gòu)的作用，設(shè)立分遣御史巡按天下的制度，鼓勵官吏互相訐告，他善利用宦官出使、專征、監(jiān)軍、分鎮(zhèn)、刺臣民隱事，同時(shí)，提出“為治之道在寬猛適中”的原則，他利用科舉制及編修書籍等籠絡(luò)地主、士人，宣揚(yáng)儒家思想以改變明初過事佛、道教之風(fēng)，選擇官吏力求因才而用，為當(dāng)時(shí)政治、經(jīng)濟(jì)、軍事、文化等方面的發(fā)展奠定了思想和組織基礎(chǔ)。

在全國局勢穩(wěn)定之后，朱棣為了加強(qiáng)對大臣的監(jiān)控，恢復(fù)洪武時(shí)廢罷的錦衣衛(wèi)，同時(shí)，明成祖又設(shè)置鎮(zhèn)守內(nèi)臣和東廠衙門，廠衛(wèi)合勢，發(fā)展和強(qiáng)化了專制統(tǒng)治。朱棣十分重視經(jīng)營北方，加之自己興起于北平地區(qū)，永樂七年(1409年)，明成祖開始了營建北京天壽山長陵，以示立足北方的決心，與此同時(shí)，爭取與蒙古族建立友好關(guān)系，韃靼、瓦剌各部先后接受明政府封號。