咸豐十一年十月初九在太和殿舉行了載淳的登極大典，改號為同治，實際上是慈禧一人總攬大權(quán)，開始了她長達四十八年之久的統(tǒng)治。載淳于十一年九月十四日十七歲時舉行了大婚典禮。兩宮皇太后于第二年正月廿六日正式卷簾歸政了，但慈禧極不放心，還常常插手干預(yù)，使年輕自負(fù)的載淳皇帝不甘忍受，不到兩年就死了。

對于同治帝的死，盡管清代宮廷史料，特別是檔案內(nèi)均有較明確的記載，但由于上述的種種原因，在一些私人著述和筆記中，還是提出了各種不同的說法，并加了一些演義性的描繪，有的說他死于天花，有的說他死于梅毒，也有的說他死于疥瘡，眾說紛紜，莫衷一是。據(jù)《桃花圣解庵日記》同治十三年甲戌十二月五日記載：……嘻戲游宴，耽溺男寵，日就裸瘠，旋患癰，項腹各一，皆濃潰，日未昏，殆不知人。

同治帝《國史舊聞》)濮蘭德、巴克斯著慈德外記》載：“私家著述，皆謂太后縱帝游蕩，及至得疾，又不慎重愛護，以至深沈不起，……蓋帝常履飲于外，至翌晨召見軍機時猶未歸也，或醉中言語失次，雜以南城猥賤之事，……一八七三年(即同治十二年)外間皆竊竊私議恐帝壽之不久。至次年十二月，帝得痘癥，不能臨朝，兩宮皇太后代執(zhí)國政，月底帝遂降諭日：‘朕于本月有天花之喜，……’”。

《四朝佚聞》中載：“穆宗之崩，傳者不一，或云天花，或云內(nèi)毒，而醫(yī)藥不能盡合……”這些著述除了記載同治皇帝的病情死因之外，還特意說明了同治皇帝南郊微服履行之事，并且把這件事與同治皇帝母子矛盾及病和死聯(lián)系在一起。說明由于西太后專權(quán)，同治憂郁不快之情，但是，在慈禧監(jiān)視之下，僅有幾個太監(jiān)夜間常出沒于宮禁森嚴(yán)的大內(nèi)，至整夜不歸，竟達次晨來不及召見軍機大臣或醉語胡言的程度似難出現(xiàn)。其實。同治皇帝的病情和死因，可以從清代皇帝“脈案檔簿”中看得一清二楚，《萬歲爺進藥底簿》中詳細(xì)記錄了自同治十三年十月三十日未刻載淳得病至同年十二月初五日酉刻死去前后三十六天的脈案、病情和用藥情況，它完全證明了載淳最后死于天花。這是詳實可靠的。

1979年中國第一歷史檔案館、中醫(yī)研究院和北京醫(yī)院的有關(guān)專家教授，對同治皇帝的病情發(fā)展及用藥情況進行了專門的研討，大家的結(jié)論仍認(rèn)為同治皇帝死于天花是無疑的。