一個堂堂的大唐王朝的皇帝竟被部下幽禁了三年，說起來這樣的千古奇聞真是不可思議，但這樣的咄咄怪事偏偏在煌煌大唐末期發生了。這到底是怎么一回事呢？自楊復恭出逃后，李順節也失去了利用價值，被唐昭宗納入了要鏟除的名單中，昭宗命令兩軍中尉鏟除李順節。兩軍中尉以唐昭宗的名義，詔李順節入宮，李順節帶領三百士兵來到宮門，侍衛攔住隨行軍士，只讓李順節一人進宮。李順節一進宮，即被埋伏的士兵所殺。經過一系列斗爭，唐昭宗狠狠打擊了宦官多年以來的驕橫跋扈，使宦官勢力多年來第一次遭受重創。但是在打擊宦官勢力的過程中，另一個令唐昭宗頭痛的難題又出現了，這就是越來越龐大的藩鎮勢力。

為了解決藩鎮尾大不掉的問題，唐昭宗決意討伐不服中央管轄的藩鎮，但卻事與愿違。藩鎮出現在唐朝中期，設立藩鎮主要是為了保衛王朝邊疆的安全。但在平定安史之亂后，安、史的原黨羽紛紛向朝廷投降，而朝廷也無力徹底消滅這些勢力，便以賞功為名，授以節度使稱號。除著名的“河北三鎮”之外，當時唐王朝內地的許多節度使也各占一方，對抗朝廷，成為割據勢力。他們在轄區內任意擴充軍隊、委派官吏、征收賦稅。節度使的職位常常父死子繼，或由其部將承襲。這些割據勢力利用手中的兵權財權，威脅朝廷，甚至起兵反叛。

唐昭宗時藩鎮勢力已成尾大不掉之勢。面對這種情況，唐昭宗認為，皇室式微的主要原因是沒有一支足夠震懾諸侯的武裝力量，所以藩鎮才各自擁兵，目無天子。因此昭宗即位不久，便招兵買馬，擴充禁軍，得十萬之眾，“欲以武功勝天下。”禁軍初建后，昭宗便開始了對藩鎮的斗爭。當時，不服中央的西川節度使陳敬瑄在與進攻彭州的王建相持不下時，卻中斷了對朝廷的貢賦。王建以此為借口，請求朝廷出兵討伐陳敬瑄。曾經風光一時，如今是打擊對象的宦官田令孜正避難西川。于是，唐昭宗首先下令討伐西川，既想通過此舉打擊藩鎮的氣焰，樹立天子的威嚴;也想通過討伐田令孜進一步打擊宦官勢力。文德元年(公元888年)十二月二十四日，唐昭宗任命韋昭度為行營招討使，率兵出征，令山南西道節度使楊守亮、東川節度使顧彥朗助討，同時新設永平軍，任命王建為節度使，充任行營諸軍都指揮使。

二十五日，唐昭宗下詔，虢奪陳敬瑄官爵，討伐西川之役就這樣拉開了序幕。楊守亮、顧彥朗各有一方領地，抽不出很多兵力;而領兵的韋昭度是個文人，不習武備，加上禁軍雖然人數不少，卻是新建的，缺乏訓練，純屬烏合之眾;所以王建成了討伐陳敬瑄的主力軍。然而，王建卻另有打算，在得到朝廷的封地和承認后，他并不急著與陳敬瑄速戰速決，而是一邊擴充兵力，一邊收攏人心。當時綿竹地方的土豪各自擁兵自保，多者萬人，少者千人，王建通過游說，將這些人收攏在自己的麾下。在這些土豪的幫助下，王建的兵勢與聲勢大為增長。經過幾年的征戰，除了成都以外，整個西川都已基本掌握在王建的手中了。這時，唐昭宗因為和李克用的戰斗失利，被迫召回征西川的軍隊。可王建卻沒隨韋昭度回長安，而是留在西川，同時切斷了和唐王朝的聯系，將四川變成了一個獨立王國(后來王建便成為前蜀的開國皇帝)。

在討伐西川的同時，實力最強的河東節度使李克用被朱全忠、李匡威與赫連鐸的聯軍打敗，這對唐昭宗來說應該是一個天大的喜訊。因為當時對朝廷威脅最大的幾股勢力中，李克用的沙陀軍最強大，是屈指可數的幾個強藩之一。唐昭宗要削弱強藩，首先打擊的對象就是李克用。但當時中央禁軍無論人數與訓練，根本無法與李克用相提并論，所以只能借助其他藩鎮的力量來打擊李克用。同時朱全忠(朱溫)三人上書表示，李克用不除，終是國患，要求繼續攻打李克用。唐昭宗接到奏章后，感到事情非常重大，難以決斷，便召開御前會議，令三省及御史臺四品以上官員討論此事，沒想到除了幾個大臣同意以外，絕大部分大臣都反對攻打李克用。但最終，唐昭宗還是決定下詔討伐李克用。于是，任命宰相張浚為行營都招討，又任命幾個節度使為招討使，組成了一個松散的討伐聯盟，擇日向李克用所在的領地出發。

討伐李克用的失敗使藩鎮對朝廷更加藐視，最明顯的就是鳳翔隴右節度使李茂貞。此時的李茂貞已經加封為隴西郡王，勢力的發展使他有了當皇帝的意思。他在對皇帝的言語中常有不恭之詞。景福二年(公元893年)七月，李茂貞在一封給皇帝的信中嘲笑朝廷，信的結尾說：“未審乘輿播越，自此何之！”唐昭宗勃然暴怒，與宰相杜讓能商議懲罰李茂貞之事，杜讓能卻進諫道：“陛下初登大寶，國難未平，茂貞近在國門，不宜與他構怨，萬一不克，后悔難追。”

唐昭宗不聽，并大罵杜讓能：“王室日卑，號令不出國門，這正是志士憤恨的時候，朕不能坐視受人欺凌，卿但為朕調兵輸餉，朕自委諸王用兵，成敗與卿無干。”戰爭倒是打響了，但朝廷的軍隊還是以失敗告終，李茂貞進軍長安問罪。忠心的宰相杜讓能勇敢地站出來，用生命為唐昭宗化解了一難。

乾寧二年(公元895年)，李茂貞指使宦官又殺死了另一個宰相后，再次移師長安，唐昭宗被迫逃往河東李克用處，尋求庇護。走到半路，被李茂貞的盟友華州刺史韓建追上，韓建恐嚇唐昭宗說：“車駕渡河，無復還期。”并于乾寧三年七月十七日，挾持唐昭宗抵達華州，堂堂一國之君就這樣被部下在華州幽禁了將近三年。在這樣的咄咄怪事發生期間，皇室宗親覃王李嗣周等十一位親王被殺。