《文匯報(bào)》記者徐作生親自到江蘇吳縣去考察，發(fā)現(xiàn)了建文帝出亡時(shí)遺留下的一些遺跡、遺物，并結(jié)合文獻(xiàn)資料，認(rèn)為建文帝當(dāng)年逃到了離南京并不遠(yuǎn)的蘇州，溥洽和尚收留了他，藏于吳縣普濟(jì)寺內(nèi)，不多久姚廣孝歸隱禪寺，在姚廣孝的監(jiān)護(hù)下，建文帝隱藏于穹窿山皇駕庵。明成祖朱棣的密探找到建文之后，成祖不愿意背負(fù)‘殺侄’的惡名，沒有殺害建文，而是暗中將他繼續(xù)幽禁了起來，直到1423年病歿于此，葬于庵后山坡上。這也只是另一種推測(cè)。

近幾年有人自稱建文帝后人，拿出《讓氏家譜》，稱建文帝通過地道逃離南京，假扮僧道，云游各地，后隱居于武昌，死后就葬在武昌洪山。這一說法還有待于進(jìn)一步的驗(yàn)證。

明成祖朱棣為了粉飾奪取帝位的合法性，指使臣下銷毀建文時(shí)期的歷史檔案，并明令嚴(yán)禁討論此事。因此，對(duì)于《明太宗實(shí)錄》的記載，難以核實(shí)其正確性。后世關(guān)于建文帝的記載許多已是傳聞，所以清代學(xué)者萬(wàn)斯同就說：“明代野史之失實(shí)，無有如建文遜國(guó)一事。”即使到乾隆時(shí)，官方正式出版的《明史》，在寫了建文帝焚死之后，又加上可能“由地道出亡”的推測(cè)，對(duì)于建文帝的下落也是模棱兩可，留給后人的依然是一團(tuán)迷霧。

與此同時(shí)，燕王朱棣為了擺脫篡位的嫌疑，必須否定建文帝的合法性。朱棣即位以后，就宣布革除建文年號(hào)，建文朝只稱作“革除年間”。把建文四年改稱洪武三十五年，接下來為永樂元年(1403)，表示他不是繼承建文帝的帝位，而是直接繼承太祖高皇帝的帝位。在官方實(shí)錄的編纂上也如此，《明太祖實(shí)錄》接下來就是《明太宗實(shí)錄》，中間少了建文帝的實(shí)錄，建文一朝的歷史在明代官方歷史記載中隱去不談。并且在明永樂朝官方文獻(xiàn)中，建文帝這位寬厚仁慈的帝王，被描述成一個(gè)數(shù)典忘祖、荒淫昏聵的人，不但曾親手焚毀朱元璋及馬皇后的遺像，拆毀后宮，大興土木，還經(jīng)常服食春藥，藥發(fā)后身邊數(shù)名婦人都不足用，形像極為不堪。成祖朱棣如此歪曲事實(shí)，無非是為自己“靖難”奪位尋找合法理由而已。

朱棣之后，繼位的皇帝中沒有人正式承認(rèn)建文的四年帝位;此后的正德、萬(wàn)歷、崇禎年間，雖屢有大臣奏請(qǐng)追謚朱允炆廟號(hào)，但一直也沒有實(shí)現(xiàn)。直到清乾隆元年(1736)，才給了他一個(gè)謚號(hào)——恭閔惠皇帝，史稱惠帝。——滅十族的方孝孺魯迅先生在《為了忘卻的記念》中為了紀(jì)念柔石，曾將他與同鄉(xiāng)臺(tái)州的寧海方孝孺相提并論，說他有點(diǎn)臺(tái)州式的硬氣，還有點(diǎn)迂。時(shí)至今日，方孝孺仍是人們感嘆的話題。一個(gè)曾經(jīng)輔佐帝王，被世人稱為“殺此人則天下讀書種子絕”的一代才士，卻慘遭滅十族。究竟是什么原因，讓朱棣如此震怒以至于非要滅他十族呢？