馮玉祥于下令逮捕原財政總長王克敏和總統府收支處長李彥青等貪官污吏。王聞訊逃入租界，李拒絕交出贓款，遂被槍決，對此人們拍手稱快。隨后，馮又將大貪污犯曹錕之弟曹銳押解到案，令曹銳交出贓款，曹銳畏罪吞服鴉片自殺。馮玉祥又接受張紹曾的建議，成立以黃郛為首的攝政內閣。總統和總理的職權，由黃郛一人兼任，黃還兼任交通、教育兩部總長，王正廷兼任外交、敗政兩部總長，王永江為內務總長，李書城為陸軍總長，張耀曾為司法總長，杜錫圭為海軍總長，王乃斌為農商總長。黃郛、王正廷都是馮軍回師舉行政變的內幕人物，因此，這個內閣是以馮系為核心。

王承斌到公府勸曹錕辭職，曹即向國會提出辭職咨文，并令內閣攝行總統職權。曹錕看到前來逼他下的人，就是1923年劫車奪印捧他上臺的王承斌，不由得百感交集，十分難受。吳佩孚接到馮玉祥通電，雖然大吃一驚，但又疑心是張作霖捏造出來的假電報。他查明屬實后，又懷疑胡景翼未必加入馮軍，即命胡為第三軍總司令以代馮，叫張敬堯去胡部傳達命令。胡把這個倒霉使者扣留起來。

一切真相大白，吳佩孚才心慌意亂地把前方作戰的任務交給張福來主持，自己率領精兵七八千人回救北京。吳急電南方直系將領率兵北援，不料京漢、津浦兩線受阻，無法應援。

馮玉祥、胡景翼的軍隊已開到廊坊，準備進攻天津。張紹曾為避免戰禍，出面調停，勸吳佩孚接受“和平救國大綱”。吳的態度仍然十分倔強，不肯罷休。雙方軍隊在楊村一帶開戰。此時陰雨連綿，楊村一帶除鐵路兩旁及永定河堤等高地外，盡是一片汪洋，作戰十分艱難。開戰后，雙方相持一天，不分勝負。馮派劉郁芬、蔣鴻遇兩旅，迂回到吳軍后方，從吳軍背后進攻，又派李鳴鐘由豐臺抽調部隊，協助正面進攻。張之江、石友三、谷良友部，協助李云龍旅，一致向吳軍擺出攻勢。此戰生俘了吳部的旅長潘鴻鈞以下數千人并乘勝進擊。

馮軍占領了津浦鐵路沿線的天津附近的北倉，隨后占領天津。國民軍攻占天津后，吳佩孚仍作困獸之斗，把司令部移駐軍糧城。胡景翼軍如果向前推進，和奉軍兩頭一擠，吳佩孚即無處可逃。但馮玉祥、胡景翼接受了張紹曾的勸告，給吳佩孚放一條生路。

吳軍殘部在軍糧城兩頭被包圍。吳看到只有從海上逃跑一條路，大哭一場，在英國軍艦掩護下，由大沽乘海軍運輸艦南逃。經上海轉武漢，后又回到洛陽重整旗鼓。但吳從此元氣大傷，未能再抖起昔日的“威風”。

馮玉祥一貫痛恨封建帝制，北京政變后，決心以全力，行其素志，把溥儀逐出宮去。攝政內閣作出修正優待清室條件，永遠廢除皇帝專號，將故宮一律開放，備充國立圖書館、博物館之用。馮玉祥當天就令北京警備總司令鹿鐘麟和警察總監張璧執行，將宮內太監470余人、宮女百余人分別給資遣散，又用汽車5輛，送溥儀及清室“后妃”移居什剎海“醇王府”。

溥儀偕同鄭孝胥、陳寶琛兩人，由“醇王府”逃往日本公使館，不久，又從日本公使館逃往天津日租界。馮玉祥電請段祺瑞出山，稱：國民軍大元帥一席，非公莫屬，萬懇俯念國難方殷，國民屬望，即日就職。

段祺瑞入京，就任中華民國臨時執政。黃郛的攝政內閣遂告結束。段任臨時執政后，一批批安福系余孽聯袂入京，政局急轉直下。奉系軍閥張作霖背棄與馮玉祥達成的“奉軍不得入關”的協議，將大批奉軍開入關內，以圖乘機擴大地盤，覬覦北京。段祺瑞和張作霖互相勾結，聯合排擠馮玉祥。馮玉祥認識到擁段出山是個錯誤，稱為“失之毫厘，謬以千里！”斷送了北京政變的全功，十分懊悔，表現為萬分消極。馮玉祥感到糊糊涂涂混下去，豈不是為強盜馬賊當伙計？國民軍第二軍將領岳維峻、鄧寶珊向馮玉祥獻上一計：趁張作霖、張學良父子倆只帶少數衛隊在北京之機，舉行暴動，把他們父子倆捉住槍斃，以快人心，而戡禍亂！

馮認為這樣做會激起奉軍異動，釀成混戰之局，日本會趁機進占東三省，不同意此計。

皖系盧永祥企圖恢復江蘇地盤，慫恿奉軍南下，而吳佩孚又企圖北上實行報復。馮面臨著奉、直、皖幾方面的軍事壓力，決定辭職下野回避矛盾。

1925年元月

段祺瑞一方面借助張作霖的軍事力量扼制馮玉祥，另一方面又感到如果沒有馮的軍事力量，自己就會受奉張擺布。因此，他對馮的辭職堅決挽留，并對馮部略施撫慰手腕，于1925年元月任命馮玉祥為西北邊防督辦。

段祺瑞一方面拉攏馮，不讓馮下野，另一方面慫恿奉系的李景林以督辦直隸軍務的名義，迫使國民軍第三軍孫岳部讓出保定、大名等地，將馮與孫岳的聯系切斷。又命令國民軍第二軍胡景翼率師南下攻擊吳佩孚;同時密令劉鎮華的鎮嵩軍憨玉琨入豫，以牽制國民軍第二第三軍。 胡景翼部隊打敗吳佩孚部隊后，又在孫岳的幫助下，打敗了憨部。馮玉祥保薦孫岳督陜，胡景翼部收編了吳佩孚部的王為蔚、陳交釗、田維勤等。

馮玉祥赴張家口就任西北邊防督辦職。馮本來就任陸軍檢閱使并兼有西北邊防督辦名義，無形中失去了檢閱使名義。

馮玉祥經過國民黨人徐謙的介紹，認識了共產黨人李大釗。以李大釗為首的中共北方區委。在北京政變后，便定了爭取國民軍，打擊段祺瑞、張作霖的革命策略。

李大釗、徐謙介紹馮玉祥與蘇聯駐華大使加拉罕會晤。

李大釗設法使馮玉祥振作起來，勸他不要消極。蘇聯方面也認為，只有馮玉祥振作起來，國民軍才有可能形成中國北方一支反帝反軍閥的力量，國民軍也感到必須有老馮出山支撐著局面，才能爭取到有利的軍事、政治形勢。

通過李大釗、徐謙和加拉罕的協商，由馮軍和胡景翼軍、孫岳軍各選派25名青年軍官到蘇聯軍多學院學習。馮又從學兵團挑選15名優秀連排長，進入蘇聯基輔軍官學校學習。之后，馮玉祥又派參謀長熊斌率團級軍官魯崇義等，赴蘇參觀。

1925-3月

馮玉祥又根據李大釗的建議，向蘇聯政府請求派遣專家和援助武器。1925年3月，蘇聯派來了兩個軍事顧問組，共約三四十位顧問，各類專門人才具備，到國民軍擔任教官。馮玉祥在蘇聯專家的幫助下，在豐鎮廳建立了騎兵學校、在平地泉建立了炮兵學校，隨后在張家口成立了高級軍官學校，又在張家口建立了機槍學校、反間諜工作學校，小型通迅學校、小型工兵學校。蘇聯顧問還幫助國民軍建立了軍械工廠，裝備了修理廠，建造了彈藥生產設備，培養了一定數量的技師，提供圖紙，并具體指導建造了第一批裝甲列車。在一年多的時間內，蘇聯援助國民軍大批軍火和裝備，其中有步槍、子彈、馬刀、大炮、山炮、手榴彈、機槍、迫擊炮、火焰噴射器、以及飛機等。

馮玉祥還采納了李大釗的建議，建立軍隊中的政治工作，設立俱樂部作為政治工作的基地。馮玉祥委托李大釗、徐謙負責領導國民軍的政治工作。12名國民黨員和蘇聯顧問在俱樂部內講課。

馮玉祥在擁護段祺瑞出山的同時，電請孫中山北上主持國事，又派馬伯援持親筆信南下，迎接孫中山。孫中山是反直三角同盟中的一員，段祺瑞、張作霖也先后邀請他北上討論時局問題。孫中山接受了共產黨關于乘機宣傳革命的建議，決定北上。