萬歷朝鮮之役對當時東亞的政治軍事格局有著影響。由于此役，朝鮮從亡國到復國，付出了數十萬軍民傷亡的沉重代價。由于此役，日本元氣大傷，豐臣秀吉集團的勢力徹底垮臺，日本從此進入德川幕府時代。因此，從長遠來看，萬歷朝鮮之役實際上起到了重新整合東亞各國政治軍事力量的作用。

明朝

這場戰爭前后打打停停7年(大多時間在和談)。明朝方面雖勝，但卻帶來了嚴重的后果：戰爭消耗了明朝大量的人力、物力、財力，加重了人民的負擔;戰爭削弱了明朝的軍事實力，為一些少數民族首領發展勢力提供了可乘之機，如潘州的楊應龍趁機發動叛亂、建州的女真迅速崛起，等等。已陷入全面政治經濟危機之中的明王朝，在戰后不到50年終告滅亡。根據1569年兵部侍郎譚綸的記載，明朝全國軍隊定額為313萬8300人，而實際上僅有84萬5000人。推測北邊服役的軍士為50萬人，馬匹10萬匹，這些數據是根據黃仁宇所著《16世紀明代中國之財政與稅收》中引述大明會典與皇明經世文篇所推估的。就支出的經費方面，對于明朝也是一個巨大的負擔，明朝稅收有一個特性是稅率極低，據統計稅率在5.5%~12%之間，所以一般正常情況下，政府稅收是無法支應突發狀況，而援助朝鮮的支出在實質上是由太倉庫支應的，太倉庫在1592年時有700萬兩，每年流入是約當209萬2000兩，以軍費而言，一年支出平均是240萬兩左右，也就是援助朝鮮的支出造成了太倉庫的赤字，再考慮到萬歷三大征發生的年代幾乎都接近，這也就是為何在萬歷過世后，根本上太倉庫是已經完全匱乏的原因，也造成財政的紊亂。此戰遼東軍傷亡慘重，精銳損失殆盡。據戶科都給事中李應策統計，遼東原有兵額95000，至萬歷二十八年(1600)只有40000，也就是說減少了60%;遼河東西25個衛所中，每衛當時僅有1600個士兵，壬辰戰爭后，遼東兵力之不足、防御之單薄可見一斑。這恰恰成為一些有野心的少數民族首領提供了擴展勢力的良機，播州之役的楊應龍叛亂、努爾哈赤建立后金便是明證。

朝鮮

朝鮮在戰爭里被日軍侵略，使得人民流離失所，在戰爭期間，大量人口死亡或被日本軍隊擄掠，。在戰后百業蕭條，農產量更大減，使得朝鮮社會處于崩潰邊緣，因本場戰爭之故，朝鮮與日本從此不共戴天。在戰爭之后，朝鮮斷絕了與日本的邦交，直到1604年時朝鮮高僧惟政訪日，此為與日本和解的破冰之旅。至1609年，朝日簽訂《己酉約條》，宣告正式結束戰爭狀態。經此戰爭后，朝鮮受此戰爭影響多方重視火器的發展與訓練，所以在炮手的訓練上甚為卓著，可以參考李光濤先生的《記明季朝鮮之(丁卯虜禍)與(丙子虜禍)》一書，里面提到為了對明戰爭，清朝的藩屬國朝鮮所派出的炮手在松山之役重創了明軍。

日本

日本的豐臣家侵朝失敗，使其損兵折將，期間更造成豐臣家內部出現文治派與武功派的內部斗爭。此事遭到五大老之一德川家康的利用，于1600年展開關原之戰，反德川聯合軍與豐臣文治派的聯軍(史稱西軍)同德川軍與豐臣武功派的聯軍(史稱東軍)間的戰爭，豐臣秀吉之子豐臣秀賴雖然尚年幼，其母淀夫人實際掌權，在東、西兩軍中保持中立。但此戰之以德川家康的大獲全勝而結束，故使豐臣家的威信大不如前。1603年，德川家康任征夷大將軍，開創江戶幕府。1615年大坂夏之陣德川家康徹底殲滅豐臣家。

萬歷朝鮮之役是明朝戰史上較為精彩、較為曲折的戰例之一，史稱“其軍威之盛，戰勝之速，委前史所未有”。這是一場公平的較量，在戰場上，明軍和日軍均有過良好表現，當然，雙方也都在不同時期犯過錯誤，遭受過敗績。而在停戰議和期間，中日雙方政治和外交手段的角逐，一波三折。同時，戰爭期間也有極富戲劇化的人物和荒謬的事件參差其中，頗具野史和演義色彩。戰與和期間無休止的紛爭，使整個戰爭的進程詭譎多變。當后人透視這場戰爭的全過程時，必會被其跌宕起伏、風云變幻的場面和情節所吸引。