日本，古稱倭奴國，與我國是一衣帶水的鄰邦。早在兩千多年前就有往來。至宋代以前，皆通中國，朝貢不絕。而元代則始終未相通。明興元亡，倭寇不斷入侵我國沿海地區，由此倭患頻繁，危害不淺。洪武四年，明太祖以大國君王的風度，宣布日本等十五個鄰國為“不征國”，希望與這些國家友好相處。而日本則貢、寇相仍，時而遣使入貢，時而入境擾害。明太祖不得已被迫實行“禁海”。然而，倭患并沒有結束，甚至愈演愈烈，成為我國東南沿海地區的一大禍害。也是造成明代中日關系始終不穩定的主要障礙。迄嘉靖年間，由于倭患空前嚴重，于是在我國東南沿海地區爆發了一場聲勢浩大的抗倭戰爭。

倭寇對中國沿海的侵擾，到嘉靖時又猖獗起來。明朝中期以后，國勢日益衰落，尤其到嘉靖時，海防廢壞，倭寇“剽掠輒得志，益無所忌”，倭患日益嚴重。嘉靖二年(1523)四月，日本左京兆大夫內藝興遣僧宗設，右京兆大夫高貢遣僧瑞佐及宋素卿先后至寧波。宋素卿原是寧波人，后來投奔日本。他賄賂明市舶太監，得先查閱瑞佐貨物，市舶司設宴時也使瑞佐上坐。宗設不平，襲殺瑞佐，并俘獲了明軍的指揮官袁璉，都指揮劉錦亦戰死海上。嘉靖帝聞訊大怒，聽從了夏言的建議，認為“倭患起于市舶，遂置之”。于是，撤銷了市舶司，海禁更加嚴厲。在這種情況下，中國巨商和海盜便和倭寇相勾結，亦商亦盜，兼行劫掠。這也是嘉靖時期倭患嚴重的主要原因和突出特點。

嘉靖二十六年(1547)，明朝命巡撫贛南的右副都御史朱紈巡撫浙江，提督浙閩海防軍務。朱紈到任后雷厲風行，著力整頓了海防，“革渡船，嚴保甲，搜捕奸民”，處死李光頭等走私海商及海盜九十余人，震動一時。閩浙海商因而失去商利，遂群起攻擊朱紈，朱紈憤而自殺。明朝也罷設提督海防軍務的巡撫御史或巡視大臣。于是海防更加空虛，海盜與倭寇的活動也更加猖獗了。面對倭寇的侵擾，明朝不得不再設巡視大臣。嘉靖三十一年(1552)以僉都御史王忬提督軍務，巡視浙江及福、興、漳、泉四府。王忬到任后，在浙、閩沿海地區逮捕沿海各地作為內線的猾民，倭寇因而“不復知中國虛實與所從向往”，其在海中的船只，也得不到菽粟和火藥，往往自行遁走。王忬又巡視諸未筑墻的府、州、縣，建城三十余處。但不久他便被調任大同巡撫。

嘉靖三十三年(1554)五月，明朝任命南京兵部尚書張經，“不解部務，總督江南、江北、浙江、山東、福建、湖廣諸軍，便宜行事”。同年秋，又改為右都御史，兼兵部右侍郎，專總督軍務討賊，解兵部事。張經是福建侯官人，曾總督兩廣軍務，為當地少數民族擁戴。他受此重任，“亦慷慨自負。中外忻然，謂倭寇不足平”。當時倭寇二萬盤踞在華亭(松江)柘林川沙洼。張經選將練兵，籌劃搗毀倭寇的巢穴。次年陸續調集兩廣土司兵，分配給總兵官俞大猷、參將湯克寬和游擊鄒繼芳等，俟永順、保靖苗兵到達后，即展開決戰。可在此時，工部右侍郎趙文華又受命到浙江祭告海神，以鎮倭寇，兼督察沿海軍務，使問題變得復雜起來。

趙文華來到東南，即催促張經出兵，張經自以為地位比文華高，“心輕之”，不予理會。趙文華極不滿意，竟密疏誣告張經“糜餉殃民，畏賊失機，欲俟倭飽飏，剿余寇報功，宜亟治”。世宗得疏大怒，嘉靖三十四年(1555)五月，詔令逮治張經。然而就在此時，永順、保靖苗民已到，倭寇自柘林侵犯嘉興，張經派參將盧鏜從水陸兩路進攻，大敗倭寇于石塘灣。倭寇行至王江涇，張經又令永順、保靖土兵夾擊，斬首二千級，倭寇大敗。余寇奔竄柘林，縱火焚巢，駕舟二百余艘出海而逃。張經指揮作戰，取得王江涇大捷，一時稱為自有倭患以來“為戰功第一”。王江涇大捷后，世宗命將張經逮解進京，這年十月，將張經斬首。與此同時，世宗以趙文華督察軍務，賜鑄關防。趙文華自此“出總督上，益恣行無忌”。張經死后，浙江巡按御史胡宗憲得趙文華薦引，巡撫浙江，又晉為總督，以兵部侍郎兼僉都御史。嘉靖三十五年(1556)、三十六年，胡宗憲雖然誘殺了海盜徐海、汪直等人，沿海屢獲勝利，但“新倭復大至”，對閩、浙沿海地區侵擾如故。

嘉靖三十五年(1556)，戚繼光受命任參將，守臺州、金華、嚴州三郡，負責御倭事宜。戚繼光到浙江后，請求在義烏招募農民和礦夫，組織、訓練新軍，得到朝廷恩準。嘉靖三十八年秋，他親自來到義烏，招募了三千人，制定紀律，嚴格訓練。戚繼光還創造了“鴛鴦陣”的戰術，將盾牌、狼筅、長熗、叉、鈀、棍、刀等長短武器聯合使用，各盡所能，密切配合。經過兩個月的訓練，戚繼光招募的這支軍隊就成為戰斗力很強的精銳部隊，開赴抗倭戰場。由于這支隊伍英勇善戰，屢立戰功，被譽為“戚家軍”。嘉靖四十年(1561)，倭寇大掠浙東桃渚、圻頭。戚繼光率部急趨寧海，扼桃渚，在龍山大敗倭寇。倭寇逃遁，乘虛襲擊臺州，戚繼光回軍與戰，也大獲全勝。戚繼光先后九戰九捷，俘馘一千余。此后，總兵官盧鏜、參將牛天錫又在寧波、溫州一帶大敗倭寇，浙東的倭患遂告平息。

嘉靖四十一年(1562)福建成為倭患的中心，福建明軍連連告急。戚繼光被調入閩，在橫嶼、福清、興化等地又獲全勝，班師回浙。戚繼光還浙后，又有大批新倭來福建。福建倭患再起，明廷急調俞大猷往剿，任命俞大猷為鎮守福建總兵官，以戚繼光為副，領兵剿倭。次年四月，戚繼光至閩，與劉顯、俞大猷分三路進攻平海，戚繼光所率戚家軍首先登上敵壘，劉、俞部相繼突入，斬首二千二百，戚繼光以軍功升都督同知，世襲千戶，并代俞大猷為總兵官。次年春，戚繼光相繼敗倭于仙游城下、同安王倉坪等地，斬獲頗多，余倭掠漁舟出海去。福建倭患至此亦被平定。嘉靖四十三年(1564)廣東總兵俞大猷在提督兩廣兼理巡撫吳桂芳的支持下，與其他將領先后擊敗倭寇于海豐等地，廣東倭患也得到解除。東南沿海的抗倭斗爭，終于取得了最后的勝利。