撤銷帝制后，袁世凱分別任命段祺瑞、徐世昌為參謀總長、國務卿。兩人加上同樣對帝制持反對態度的副總統黎元洪，聯名致電負責南方護國軍的蔡鍔等人，聲明帝制取消，西南起兵的目的已經達到，希望他們停戰善后。

可是外界輿論并不肯就此放過袁世凱，無論西南獨立各省，還是尚未獨立的省份，都認為他的稱帝之舉有負民國，帝制取消后，連總統也不能當，應該馬上退位。后來南方護國軍甚至提出了更為苛刻，也更令袁世凱無法接受的條件，其中不僅要求將袁世凱逐出國外，還包括了“處決帝制禍首十三人”、“查抄袁氏及帝制禍首十三人的財產”以及“剝奪袁氏子孫三世的公民權”。

負責交涉的徐世昌雖然資格老，地位高，但他對北洋系和南方的反袁運動實際沒有多少影響力，蔡鍔等人提出的要求讓他左右為難，于是申請辭去國務卿。袁世凱知道他無能為力，也不再勉強，轉而決定讓段祺瑞代替徐世昌。

段祺瑞在北洋系中擁有很高威望，同時護國軍方面也把他視為一個當仁不讓的實力派，不敢予以輕視，蔡鍔回云南之前就曾拜訪段府，由他來與西南交涉是袁世凱不得不做出的選擇。

1916年3月23日，段祺瑞被任命為國務卿兼陸軍總長。按照段祺瑞的想法，他此時的地位和作用就好比是辛亥革命時的袁世凱內閣，一定要有實權，而不是一個橡皮圖章，否則只會一事無成。

袁世凱取消內閣，設置政事堂和國務卿，是把后者作為他的辦事機構以及辦事人員。段祺瑞當然不會滿意，他要求改政事堂為責任內閣制，改國務卿為總理。

袁世凱是個把權力看得很重的人。他生平最恨的就是責任內閣制，知道那樣一來，內閣將掌實權，總統就被架空了。當初宋教仁要搞責任內任制，他知道后每天覺都睡不好，飯也吃不香，直到宋教仁被暗殺才松了口氣。

換在其它時候，袁世凱是死也不肯交權的，只是時移勢易，一切都由不得他了。5月8日，袁世凱正式下令取消政事堂，恢復國務院和總理名稱。

段祺瑞組閣后，首先想到的就是起用徐樹錚擔任國務院秘書長?？紤]到袁世凱非常不喜歡徐樹錚，兩人還曾因此鬧過幾次不愉快，段祺瑞便請張國淦去向袁世凱進言。

袁世凱聽后果然很不高興，他恨恨地說：“真是笑談，段總理是軍人，徐某亦軍人，以軍人總理而用軍人秘書長，這里是東洋刀，那里也是東洋刀，太不像話！”

張國淦受段祺瑞之托，不能不婉言相勸，袁世凱這才讓了一步：“總理若以徐某之才可用，不妨令其為陸軍次長?！?/p>

徐樹錚是段祺瑞的“靈魂”，碰誰都可以，就是不能碰他。張國淦向段祺瑞復命，話還沒有說完，段祺瑞便猛地將桌子一拍：“就是不肯答應罷！”

隨后，他又把銜在嘴里的煙斗使勁甩在桌上，怒氣沖沖地說：“到了今天，還是如此！”對袁世凱的不滿之情溢于言表。

胳膊扭不過大腿，最后徐樹錚只當了國務院的幫辦秘書。除此之外，為進一步加強內閣的權力，段祺瑞要求撤銷大元帥統率辦事處等三大機構，袁世凱非但不肯撤，還讓梁士詒等人暗里地予以掣肘，段祺瑞得知后自然更為生氣，但一時也無可奈何。