明孝陵地宮以前沒有被打開過，囿于經濟實力和妥善保護墓葬品的科技水平，我們在短期之內也不能將地宮打開來確認朱元璋遺體就在地宮之中。但是，我們也不能同意朱元璋不葬在明孝陵的說法。

在中國傳統社會中，以天人感應的思想為基礎，中星象占卜、風水堪輿等諸多神秘思想頗為流行，成為王侯將相和平民百姓的普遍信仰。朱元璋出身平民，也深受這種神秘思想影響。明人朱國禎《涌幢小品》說“國朝最重天文”，朱元璋曾說：“朕自起兵以來，與善推步者仰觀天象二十有三年矣。”他對星象推步甚為遵信，至正二十一年(1361)八月，朱元璋向陳友諒主動出擊。劉基對將士說：“昨觀天象，金星在前，火星在后，此師勝之兆。”朱元璋也說：“吾亦夜觀天象，正如爾言。”遂師發龍灣。

明洪武十六年(1383)二月，月犯畢宿，占書中以此天象為“有邊兵之急”的征兆，次日，太祖即遣使諭遼東都指揮，當嚴加號令，多方警備，且運米四十萬石渡海，又發步騎數十萬屯駐北平、真定等處，并示知凡此“皆為天象之故”。直到晚年，他還經常將星象所主吉兇弛諭邊防大將和藩國諸王。

星象占卜與風水堪輿等同屬一個信仰系統，為給明孝陵選擇一塊“風水寶地”，朱元璋還與劉基、徐達、湯和親至鐘山查看，“定寢穴，各志其處藏袖中。三人合，穴遂定”。之所以將陵址選在鐘山，劉基認為是因為其地為古今“三大行龍”的“南龍”。

確定明孝陵的“龍脈”地位，是確認明王朝的正統地位的一個重要因素，正如修建南京城也是為了“加強這種神秘性與維護政府所在的威嚴而設計的”。朱元璋這條真龍當然要把自己葬在“龍脈”所在，在傳統思想中，這不但關系到他個人，還關系到他的子孫后代和大明王朝的命運。朱允炆也不會不考慮這一層，冒天下之大不韙，把祖父葬到別處去。

作為王權的象征，明王朝也不允許對明孝陵有任何損壞或不敬。據《明史·禮志》，洪武二十六年朱元璋就下令：“車馬過陵，及守陵官民入陵者，百步外下馬，違者以大不敬論。”孝陵防守、巡視、監督皆有定制。《明孝陵志·守繕》載：“孝陵防守，外則孝陵衛，內則神宮監。治民之吏，有令史、典史、所司吏。

孝陵衛軍，為親軍衛指揮使司，聽南京中軍都督府節制。有士卒五千六百名。其后稍有增損，要以專護陵寢為事。……衛、監守護以外，南京守備官當不時巡視。錦衣衛每季亦委百戶等巡禁樵采。南京太常寺每月督令鋪排、廚役打掃。陵禁甚嚴，擅入陵門者仗。謀毀山陵者為大逆，盜大祀神御物者為大不敬。二者皆在十惡之科。”當時就是想進入明孝陵區域也絕非易事，遑論破壞了。朱元璋也不必擔心陵宮會被盜掘。

當然，雖有嚴刑峻法，盜伐毀壞等事仍有發生。隆慶三年，就有南京神宮監太監王采以盜伐孝陵樹木論斬。但有明一代，保護措施時有加強，崇禎十四年(1641)就在明孝陵立《禁約碑》再申禁諭，其中有對墻垣內樹木“敢有擅自砍伐者，正犯處死”，對有關山岡“不許騎脊穿窯，鑿山鍛煉，違者處斬”。此碑現在矗立于明孝陵下馬坊的東側。

總之，通過以上的分析和對上舉幾種關于朱元璋葬處說法的考察，我們認為朱元璋并非葬在別處，應是葬在明孝陵的。