古格王朝不同于西藏其他任何時代的任何王國，在這里不是政教合一的體制，他們采用的竟然是政教分離的形式，在考古學家眼中，這是十分奇怪的。在古格，國王是一切權力的中心，皇權是至高無尚的，神圣至高的國王在這里維持了700多年，但是這里畢竟與佛教的圣地印度有著過于親密的接觸。長期以來，這里的人民始終對佛教有著虔誠的信仰。在這種情況下，古格內部產生了深刻的矛盾，古格王和他的弟弟(當時的古格佛教領袖)明爭暗斗，都想要增強自己的實力。后來，葡萄牙傳教士的到來，使這種矛盾達到頂峰。

17世紀，西班牙的傳教士來到了印度的果阿，又從果阿來到位于西藏阿里的古格王國。他們首先說服了王后改信天主教，接著又說服國王改變信仰，古格王為了加強統治，決意利用外來宗教打擊佛教的勢力。1633年，古格的僧侶們發動了叛亂，古格王的弟弟勾結了與古格同宗的拉達克王室，利用拉達克的軍隊攻打古格都城，企圖推翻古格王朝，于是一場殘酷的攻堅戰就在這里打響了。而建在一座山上的古格王宮是西藏防守能力最強的建筑。戰斗持續了很長時間之后，拉達克開始驅趕古格的老百姓在古格的半山腰修建一座石樓，他們的想法是等這座建筑和山頂一樣高的時候，就可以最終拿下古格了。

現在我們在古格的半山腰可以看到這座石樓的遺址，但這座石樓并沒有修完，僅僅修筑了十幾米高，古格王朝就在此時滅亡了，難道是拉達克人找到了新的攻占古格的方法了嗎？傳說告訴我們不是這樣的。

在拉達克軍隊的驅使下，古格的百姓不得不日以繼夜地修筑石樓，他們一邊勞作一邊在王宮下面非常凄苦地唱歌，凄涼的歌聲傳到了國王耳中，仁慈的國王為自己的百姓遭受的苦難感到異常難過，于是他便作出了最后的決定。

一種傳說稱古格國王最后從懸崖上跳了下去，國王一死，古格自然也就城破了。還有一種傳說稱仁慈的古格國王為了挽救他的百姓，最后帶領古格人向拉達克軍隊投降了。從歷史記載來看，似乎后一種情況更可靠。楊公素在《中國反對外國侵略干涉西藏地方斗爭史》及伍昆明《早期傳教士進藏活動史》的記載都是：古格的最后一個國王及全家被拉達克人拉回拉達克都城列城關進了監獄。

但令國王沒有想到的是，他的投降并沒有為古格人民換來真正的安居樂業。國王投降后，古格老百姓的結局卻異常凄慘，無頭藏尸洞就是證明。那么是這場戰爭之后，拉達克人的搶掠和屠殺最終導致了古格的滅亡嗎？據有關資料記載，拉達克人在古格燒殺搶掠的時候，一支駐守在西藏的厄魯特蒙古人出兵把他們逐出了西藏，顯然古格并沒有因為這場戰爭損失殆盡。從藏尸洞里的尸體數量也可以看出，古格人不可能被屠殺殆盡。據記載，當時的古格大概有十萬多人，但藏尸洞中卻遠沒有十萬之多。然而現在我們又找不到古格人的后裔，在現今的古格遺址上，我們只能看到有十幾戶人家守著這空空蕩蕩的廢墟。那么當日十萬之眾的古格人如何消失得無影無蹤了呢？

從記載和考察的結果看，戰爭造成的屠殺和掠奪并不足以毀滅古格文明。可事實上，古格王國又確實是在這場戰爭之后就迅速滅亡了。那么古格王朝的滅亡是另有原因嗎？有關學者提出了自己的意見，他們認為，古格的最終滅亡是綜合因素的結果。

當然，這場戰爭的打擊應該是促成它迅速滅亡的主要原因。但它周圍的自然環境也是造成古格滅亡的主要原因之一，有學者甚至指出，就算沒有與拉達克人之間的這場戰爭，按照當時的環境破壞情況來看古格也不可能維持多久。的確，綜觀札達縣的地理環境，現在的象泉河已不是當年的象泉河，古格遺址周圍的沙漠化程度十分嚴重，當年能養活十萬之眾的綠洲，今天已所剩無幾了。這種地貌形態的變化，或許正是古格消失的真正原因。

但是問題還是那十萬人究竟到哪里去了，他們不可能守在這片寸草不生的土地上等死，為了繼續生存下去，他們很可能遷徙到別的地方去了。如果是遷徙了的話，那就一定會有古格人的后裔。另外對于古格的滅亡，歷史上還有很多猜測，諸如天災、瘟疫等，但這些都不足以使得繁榮富強的文明突然間完全徹底地消失，而且沒有留下任何有說服力的證據。

現在的古格王朝遺址上只剩下一座高原上的空城，這里雖然還有十幾戶人家，但他們卻都不是真正的古格人，對于古格的離奇消失，我們只能等待進一步的科學發現來揭示這個謎。古老的古格，像是一座巨大的迷宮，將西藏西部眾多的秘密深鎖其中。