由于太祖在世時實行分封制，各地藩王都強權在握，擁兵自重，這讓建文帝深感不安，于是采取“削藩”的建議，以鞏固皇權。諸王中燕王朱棣勢力最大，他擔心自己被廢，于是以討伐齊泰、黃子澄為名，起兵謀反。就在朱棣攻入南京時，皇宮已是一片大火，從此明帝朱允炆下落不明。這就是歷史上有名的明朝“靖難之役”。

明朝開國皇帝朱元璋死后，由于皇太子朱標于洪武二十五年先他而死，于是由皇太孫朱允炆即位，這就是建文帝。

由于太祖在世時實行分封制，各地藩王都強權在握，擁兵自重，這讓建文帝深感不安，于是采取“削藩”的建議，以鞏固皇權。諸王中燕王朱棣勢力最大，他擔心自己被廢，于是以討伐齊泰、黃子澄為名，起兵謀反。就在朱棣攻入南京時，皇宮已是一片大火，從此明帝朱允炆下落不明。這就是歷史上有名的明朝“靖難之役”。

明朝“靖難之役”歷時三年，前期作戰南軍連連敗藉。但自濟南保衛戰后，南軍主力屯駐德州，相機出擊，以遏燕軍。德州處在運河線上，南北交通便利，燕軍自河北南下，始終處在德州的監控之下。燕軍南攻時，南軍或自德州橫出斷其歸路，或襲擾其補給線，或乘虛北攻。所以，雖以朱棣之善用兵，南軍再未出現過戰爭初期的那種大的挫敗，燕軍勢力基本上被阻在山東以北。朱棣未克山東，故雖屢戰屢勝，激戰兩年半，卻始終未能打開局面。等到他越過山東，直趨金陵，半年時間便奪取了政權。

不過，朱棣撇下山東，徑直南下，實屬鋌而走險。南北朝時，劉宋皇帝劉義隆進攻北朝的魏國，而北魏以它的國力和北魏太武帝拓跋燾之雄才大略，在擊破劉宋黃河一線之軍后，開始兵分五路，大舉向南反擊，長驅江淮，兵臨瓜步，飲馬長江，當時北魏太武帝達到了震懾南朝的目的，而未敢渡江以爭江南。反觀，朱棣的這種戰術也只能在那時特殊的形勢下才有可能成功。

自明初朱元璋殺功臣后，明廷已無堪與朱棣相匹敵的將才，所以朱棣南下才有恃無恐。其次，明朝“靖難之役”在那個時代的觀念中，純屬一家一姓內部之爭，所以明帝朱允炆雖一再下詔“勤王”，但真正勤王者少，而歸順燕軍者多。不然，朱棣孤軍南下，建文帝只需堅守金陵，坐待四方勤王之師會合，山東方面則截斷燕軍的補給線和退路，那樣的話，朱棣處境勢必極其危險。因此，換上另一人，換上另一種背景，則斷不敢冒險采取這種戰術，置山東于不顧。

戰爭雖結束，明朝“靖難之役”卻在發展。 燕王進京后，宮中起火，建文帝下落不明。有的說建文帝于宮中自焚而死，或云建文帝由地道出亡，落發為僧，云游天下，傳說他于正統朝入居宮中，壽年而終。建文帝的真正下落已不可確考，成為明史上明帝朱允炆下落之謎。

當上皇帝的朱棣，大肆殺戮曾為建文帝出謀劃策及不肯迎附的文臣武將。齊泰、黃子澄、景清等被整族整族地殺掉：“命赤其族，籍其鄉，轉相扳染，謂之瓜蔓抄，村里為墟。”有“讀書種子”之謂的方孝孺，因不肯為朱棣撰寫即位詔書，九族全誅，這還沒完，又將其朋友門生作為一族全部殺掉，十族共誅873人。這次清洗極為殘酷，共有數萬人慘死于朱棣的屠刀之下。

四年的明朝“靖難之役”，給明初剛剛有所恢復的社會經濟以較大的破壞，而直接遭到戰爭踐踏的地區，破壞可為嚴重，史書上稱“淮以北鞠為茂草”，當為真言。

數百年來，明帝朱允炆下落之謎成為一樁爭訟不決的歷史懸案。

據永樂年間修撰的《明太祖實錄》中記錄，明帝朱允炆死于宮中大火中。當時燕王軍隊兵臨城下，將宮城團團圍住，建文帝深知朱棣是個貪權尚武、殘暴無情的武夫，落到他手上就絕沒好下場，于是放火，然后自己縱身火海之中。當燕王軍隊開進皇宮時，宮中已是一片火海，從此明帝朱允炆下落不明。

為了不留下“殺侄奪位”的罵名，朱棣在發現燒焦的尸體時又假裝痛哭流涕，聲稱自己出兵是為了輔佐建文帝。但是，太監在火后余燼中多次查找，只找到馬皇后與太子朱文奎的遺骸，而明帝朱允炆下落無從得知。燕王為讓天下知建文帝已自焚，曾作有祭文，但其墳墓處于何處，也無人可知。

還有一種說法，認為明帝朱允炆“出逃為僧，流落民間”。在南京攻破之時，建文帝從地道逃出了皇宮，削發為僧，從此隱姓埋名浪跡江湖。在明成祖死后，他又回到京城，住進西內，死后葬于京郊西山。

朱棣登位后，一直不相信建文帝已經死了，曾多次派心腹大臣到處訪問，向天下寺院頒布《僧道度牒疏》，借機重新整理僧人的名冊，對當時所有的僧人進行了一次全方位的調查。從永樂五年起，還派人以尋訪仙人為名到處搜尋，涉及大江南北，前后共二十余年。

在民間流言中，在許多地方都有明帝朱允炆下落蹤跡與傳說。有的說明帝朱允炆逃到云貴地區，而且輾轉到了南洋地區，直到現在，云南大理仍有人以惠帝（即建文帝）為鼻祖。

小編之見：明朝“靖難之役”，以朱棣取代朱允炆的地位而告終。雖然明帝朱允炆落得慘淡收場，本應值得同情。但明帝朱允炆為什么會失敗呢？朱元璋大封藩王固然為藩王坐大埋下了伏筆。最基本的原因在于朱允炆本人缺乏一個軍事戰略家的基本素質。