1640年，意大利人耶穌會教士利類思入川至成都傳教，并在達官顯貴中挑選三十人付洗，稱為天主教在四川的首批教徒。1642年，葡萄牙人安文思也從杭州入川，協助他傳教。

張獻忠在成都建立政權后，他的禮部尚書吳繼善向張獻忠推薦這兩位教士，稱其“才德兼優”，可備顧問。張獻忠在同這兩位洋人交談時，聽到了許多聞所未聞的洋知識，非常高興，待以上賓之禮，封他們為“天學國師”，由國庫按月發給銀兩。他們一直待在張獻忠身邊，親眼目睹了張獻忠的去世。后輾轉至京，口述其經歷曰《圣教入川記》，此書直到1917年才由上海教會譯成中文，為張獻忠“血跡斑斑”的“屠殺”提供了極具權威的佐證。

開始，這兩位傳教士對張獻忠不乏贊辭，如“智識宏深，決斷過人”，“天姿英敏，知足多謀，其才足以治國”等等。但到后來，張獻忠嗜殺的本性則逐漸暴露出來。

書中記載說，張獻忠性情暴虐，每日均殺人一二百，為時一年又五個月，累計殺人十萬。又，張獻忠不喜僧人，屠殺僧人兩千多，成都城內僧人無一漏網。書中還說，“計其即位之初，在朝之官總計千人，離川時亦有七百，臨死時僅得二十五人。皆因張獻忠殘暴，殺人眾多，或令死于刀下，或令鞭死，或令將頭皮揭去，或令凌遲碎剮，種種非刑，一言難盡”。

1645年冬，張獻忠下令除大西政權官員家屬以外，成都“城內居民一律殺絕”。兩位洋教士親臨其境，目睹了這慘絕人寰的一幕。安文思司鐸這樣描述道：

1645年冬11月22日，獻忠先暗遣一人捏詞誑報，以惑眾心。謂某路敵軍大隊將至，須當操練兵馬，以作御敵。次日，大集人馬，若將赴戰場一般。獻忠暗將毒謀通知各營軍官，飭令剿洗全城，不留一人。詭言：“百姓等已暗通敵人，勾引大隊入川，以圖大舉，故當剿滅此城居民。爾等各宜秘密準備，不得遺漏軍情”云云。眾官聞之各自回營，預備明天大屠之事。剿后即當渡河以迎敵軍。

次日，大屠殺開始。這兩個西方傳教士，安司鐸被安排在東門的城樓上觀看，利司鐸被安排在城南的城樓上觀看。不久，張獻忠便分別在城東和城南的空地上，開始對近二十萬無辜的市民進行屠殺。安司鐸這樣回憶道：“見無辜百姓男女被殺，呼號之聲，慘絕心目，血流成渠，心如刀割，欲救不能。”

這時候，張獻忠騎馬由南門往東門，二位司鐸皆伏地哀求，情詞懇切，聲淚俱下，請求張獻忠不要再殺無辜了，但是，張獻忠不予理睬。安司鐸在回憶中說：

此時被拘百姓無數，集于南門沙壩橋邊，一見獻忠到來，眾皆跪伏于地，齊聲悲哭求赦，云：“大王萬歲！大王是我等之王，我等是你百姓，我等未犯國法，何故殺無辜百姓？何故畏懼百姓？我等無軍器，亦不是兵，亦不是敵，乃是守法良民，乞大王救命，赦我眾無辜小民”云云。獻賊之心，禽獸不如，聞如是之言，不獨無哀憐之意，反而厲聲痛罵百姓私通敵人。隨即縱馬入人群，任馬亂跳亂踢，并高聲狂吼：“該死該殺之反叛！”隨令軍士急速動刑。冤呼痛哉！無罪百姓齊遭慘殺，終則息靜無聲。真是尸積成山，血流成河，逐處皆尸，河為之塞，不能行船。

回憶錄繼續說：

錦繡蓉城頓成曠野，無人居住，一片荒涼景象，非筆舌所能形容……凡城鎮村莊房屋皆縱火焚毀，而倉廩山林也遭毀滅。四鄉無人跡，皆成曠野。東、西、南三方受害尤甚，唯北方獨存，蓋擬由此地出川也。

張獻忠離川往陜時，又令全城四面縱火，公所私第，樓臺亭閣，一派通紅，有似火海。大明歷代諸王所居之宮殿及民間房屋均遭焚毀，轉瞬間川中首府已成焦土，人畜化為灰燼。

獻忠出川，深慮各營中婦女眾多，有礙行進，敕令次日將婦女引至大營外一律殺之。獻忠除有正后四名外尚有嬪妃三百人，除留后妃二十人服役諸事外，余二百八十盡皆殺絕。至于各營婦女，齊集一處，號令一下，亂砍亂殺，叫冤哭喊之聲，震動天地，婦女尸身堆積如山，血流成河。……計是日所殺婦女之數……有四十萬人之多(？)。張獻忠殺婦女后，狂喜欲舞，并向百官稱賀，謂已脫婦女之扼，身無掛累，前行無阻，定得天下。

兩位洋教士還目睹了張獻忠之死，為張獻忠的結局提供了一份寶貴的資料：

西歷1647年1月3日，“有探兵入營告急，謂滿兵馬隊五人已到營外對面高山矣。獻忠聞警，不問詳細，隨即騎馬出營。未穿盔甲，亦未攜長槍，除短矛外別無他物，同小卒七八名，并太監一人，至一小崗上，正探看之際，突然一箭飛來，正中獻忠肩下，由左旁射入，直透其心，頓時倒地，鮮血長流。獻忠在血上亂滾，痛極而亡”。

有記載說：“清朝官員到成都來接管，城內竟然找不到作廨署的屋舍，四川省府不得不改設在保寧府(今閬中縣)，到順治十六年(1659)，即獻賊滅亡的十四年后，才將四川省府遷回成都。”