康熙帝之前的皇太極和順治帝都不是通過立儲制度的形式當上皇帝，皇太極是經過八王共制的推選制度繼承皇位，他去世的時候也沒有留下遺言，其子順治也是經過一番明爭暗斗才繼承皇位。在他們繼位前后，必定經過一番激烈的龍爭虎斗，差點使統治集團四分五裂，雖然最終沒有發生決裂，但這樣顯然不利于大清王朝的統治。

順治帝所生的孩子當中，所寵愛的皇四子不足百日便夭折，臨終的時候，可供他選擇立為皇帝的只有皇二子福全和皇三子玄燁，也就是后來的康熙帝。玄燁之所以能當上皇帝則是因為孝莊太后的決策和德國傳教士湯若望的建議。康熙帝繼位后，試圖以公開立儲的形式解決皇位繼承問題，當時康熙帝很喜歡胤礽，因此立他為皇太子，希望以此鞏固國本。但是，讓康熙帝沒有預料到的是，有一年他率領眾多皇子去打獵的時候，竟發生“帳殿夜警”事件，他發現胤礽在賬外偷窺他，同時發現胤礽心胸狹窄，性格暴虐，結成太子黨，嚴重威脅了皇權，于是康熙帝廢掉了太子，最終也沒有實行立儲制度。

雍正帝繼位后，吸取了康熙年間皇子爭奪皇位的慘烈教訓，建立了一種新的立儲方式，即“秘密立儲”制度，所謂的秘密立儲制度，就是皇帝生前不公開立太子，而是秘密親書預立皇太子名字的文書，一式兩份，一份放在皇帝身邊，一份放在匣子里面，安置在乾清宮“正大光明”牌匾后面。當皇帝去世后，由儲位顧命大臣共同取下匣子，和皇帝隨身攜帶的另一份文書對照查看，核實后公布皇位繼承人的名字。如此一來，皇子們便不知道皇帝心目當中的中意人選是誰，每個人都有可能成為未來的皇帝，為了討得皇帝的歡心，皇子們必定會全力以赴表現自己，也不會特意針對某位皇子形成黨派之爭。在雍正去世后，王公大臣們把兩份密旨開啟核實，弘歷繼位，也就是后來的乾隆帝，他成為清朝第一位以秘密立儲方式登上皇位的皇帝。乾隆帝一開始也是依照雍正定的先例，親筆書寫皇太子的名字于紙上，然后放入匣子當中，然后放在“正大光明”牌匾后面，但是一開始乾隆對這種制度不太贊同，甚至說過皇子年齡漸長以后，如果確實有當皇帝之才，他會昭告天下，然而乾隆這一制度最終也沒有實現。

在乾隆所生的眾多孩子當中，首次被秘密立為皇太子的是永璉，當時永璉才7歲，他不僅是嫡子，而且十分聰穎，深受乾隆的喜愛，但是永璉很早就夭折，乾隆悲痛不已。在永璉去世當天，乾隆將密匣取出，宣布已將永璉立為皇儲。在隨后的幾年里，乾隆再也沒有再立太子。

乾隆九年，皇七子永琮出世，這讓乾隆欣喜若狂，心中擬定他為皇太子，但是現實又一次殘酷擺在乾隆面前，永琮出痘，不幸早亡，乾隆深受打擊，不料永琮的母親富察氏也因悲傷過度病逝。乾隆與富察氏很是恩愛，皇后的死對他打擊很大，脾氣也變得極為暴躁，在為皇后治喪期間，他抓住喪儀中辦得不妥當的細節，大發雷霆，先后有一百名官員被降職，甚至被處死。皇長子永璜、皇三子永璋因為表現出足夠的哀痛，乾隆對他們斥責不已，毫不留情將他們排除在皇位繼承權之外。與此同時，乾隆帝還向大臣們宣布從此不再立太子，如果大臣要求立太子，就是離間皇帝父子之間的關系，必將就地正法。乾隆帝的態度如此堅決，讓大臣們膽戰心驚，從此沒有一個人敢在乾隆面前提起立皇太子的事情。此后，乾隆帝將秘密立儲制度定為皇室的歷代家法。

經過二十多年后，乾隆經過多方考察，決心再次秘密立儲。這一次被選中的便是后來的嘉慶帝。乾隆在位整整60年，他開始考慮退位的問題，乾隆帝開啟密匣，宣布嘉慶帝繼位。嘉慶帝繼位后，也效法乾隆、康熙等人，采取秘密立儲的方式，把位子傳給道光帝。

清朝時期由于采取秘密立儲制度，皇子之間的斗爭不再血雨腥風，也防止了大臣們圍繞皇子形成不同派系，為爭奪皇位開展互相傾軋，而是轉向較為溫和的爭奪。

在道光帝時期，奕詝和奕都是道光帝中意人選，論位序，奕詝是皇四子，奕是皇六子，論出身，奕詝是皇后所出，奕是貴妃所出，雖然奕詝具有很大的優勢，但是論才華和能力，奕卻優勝于奕詝。道光帝在這兩個皇子當中一直猶豫不決，最終還是立年紀稍長，溫和善良的奕詝為皇太子。雖然道光帝立奕詝為皇太子，但是他也不愿奕受到虧待，就將他立為親王。

道光帝是清代時期最后一個秘密立儲的皇帝，咸豐帝也成為最后一個以密匣立儲的形式登基上位的皇帝，咸豐帝只有一個兒子，同治帝和光緒帝沒有兒子，自然不用秘密立儲。1912年，宣統帝溥儀退位，統治了中國兩百多年的清朝宣告滅忙，秘密立儲制度也就失去了意義，再也不復存在了。