到董卓完全架空漢獻帝劉協，執掌官員廢立的時候，孔融的不著調、不靠譜就更加突出。其實他完全可以像當時一些官員那樣，你指鹿我不一定說是馬，只要保持沉默就得了。“敵人過于強大”，我可以保存實力嘛。

會董卓廢立，融每因對答，輒有匡正之言。以忤卓旨，轉為議郎。(《后漢書·孔融傳》)

因為每次與董卓對話，孔融都流露出叫董卓滾蛋，讓獻帝自己來主政的意思，并時常頂撞、不順從董卓的講話精神，于是又“被”遷調到了“議郎”毫無實權的參謀位置上。在這個位置上，孔融仍然繼續跟董卓作對。其實，按現在的價值觀念來說，獻帝也好，董卓也好，不管誰來做國家領導人，都是封建統治，民主、民生、民權都不可能得到，更何況讓董卓來管理國家總比獻帝有能力吧。

跟董卓過不去的結果是從“中央警備團團長”，變成了一個不管事的“參謀”，再從一個“參謀”變成了抗敵一線青州北海郡的縣市級干部。

在北海的六年，可以說是孔融一生中家庭生活最幸福的時光。在工作上，他平定了賊寇，扶持學校，表彰好人好事，改善了百姓生活等等，并且還舉薦了一批青年學子，讓他們去做官。孔融一生樂于推薦學子。他曾經惺惺惜惺惺而舉薦的學子禰衡，由于比他的性格還狂傲，最終也成了孔融死罪的理由之一，這是后話。工作上的成就感，地方百姓的擁戴，加之遠離了朝廷那撥惡心的人，他的心情格外晴朗，由此一家人樂樂融融，煞是幸福。

然而，孔融的耿直與才華讓他既得以沉浸于幸福又暗陷不幸的詛咒。這六年之中，如果孔融多搜刮些民脂民膏，多積攢點財富，在“政治中心”設個觀察時局、跑官要官的“駐京辦”，逢年過節或制造借口，不失時機地向得勢者送上點“心意”，為今后的日子做一點打算，也許接下來他一家的悲劇也不會發生。

左丞祖者，稱有意謀，勸融有所結納。融知紹、操終圖漢室，不欲與同，故怒而殺之。(《后漢書·孔融傳》)

在曹操、袁紹的勢力開始鼎盛的時候，他的一個副手勸他去拉點關系，而孔融卻一怒之下把他殺掉。

公元196年，是孔融終身難以忘懷的一年。

這一年，流落在外的漢獻帝回到了洛陽。皇宮已經全被燒毀，一粒糧食也沒剩下，朝中官員餓得采摘桑葉充饑，有的餓得靠著城墻就死了過去，有的則被士兵殺死。

這一年，曹操帶兵進入洛陽，把獻帝和朝廷遷到了許昌，曹操做了一人之下萬人之上的“超級司空”，真正實現了挾天子以令諸侯。

這一年，與孔融互稱“孔子顏回”關系的禰衡被江夏太守黃祖斬首。

也是這一年，從春天起，敵人的部隊把孔融的城池圍得水泄不通，一直持續到夏天，戰斗異常慘烈。

戰士所余裁數百人，流矢雨集，戈矛內接。融隱幾讀書，談笑自若。(《后漢書·孔融傳》)

一向虛妄狂放的孔融卻并不肯正視現實，生怕有損自己處變不驚的大名士形象，更不會到一線去督陣。當兵員只剩下幾百人，攻城的箭鏃像下雨一樣密集而降，守軍與敵軍短兵相接，血肉搏殺的時候，孔融仍故作鎮定，憑案讀書，若無其事地談笑風生。

終于，在一個漆黑的夜晚，隨著城中的一陣喧鬧，敵軍攻進了城內。此時此刻，這個一生不肯正視現實的狂狷書生，才在幾名親兵的掩護下，狠心地丟下了妻子兒女，在茫茫夜色中逃出絕地。可憐他的妻子和兩個兒子，只得用自己的生命為這個不爭氣的丈夫和父親殉難了，她們母子三人被敵兵俘虜，全部被殺。

你孔融忠于漢室沒罪，但你不顧妻子兒女的身家性命，大敵當前，還做“名士沉穩秀”，白白斷送自己三位親人的性命，能算個東西？

這個時候不知道孔融是否會心痛難過，是否會反省自己過去的一切。

事實證明，這個以智商聞名天下的傻蛋還是沒有醒悟，在往后的日子，繼續荒誕地做他的狂妄大夢。

只身逃過一劫的孔融，匡扶漢室，維護正統的心結不改，加之自以為是的膨脹、狂狷和耿介，就注定了他此后依然災難重重。或許這些災難原本就是伴隨他的出生、所受的教育以及骨子里的性格基因而來的，這甚至是不可逃避的。但作為一個男人，至少應該有一點家庭責任感吧，你要殺生成仁，舍生取義沒人可以阻攔，但明明知道自己這樣堅持下去兇多吉少，就不要把別人的生命綁在自己頑固而愚蠢的戰車上！

遺憾的是，落花流水的孔融回到許昌又娶了一位媳婦。這個女人在此后的日子里，先后為他生了兩個孩子。