嘉靖三十九年（1560年）初，戚繼光被復職（此前在岑港之戰，給胡宗憲的嫡系當了替罪羊，被革職），就任臺州、金華、嚴州參將。此時，新組建的戚家軍僅成立半年。臺州原轄軍衛2衛6所，因軍中逃亡成風，此時的衛所軍數量，最少的只剩下可憐巴巴的20%。要兵無兵，要船無船。衛所軍成了這個敗家子樣，倭寇來了怎么打仗？戚繼光一方面毫不放松戚家軍的訓練；另一方面在胡宗憲支持下，大力整頓所轄衛所，訓練水師。用了一年光景，衛所軍中的兵員，恢復到八成以上，還新造了戰船40余艘，水師力量也得以重新增強（所以說明朝最怕的是沒幾個人干實事，認真干實事，怎會沒有成效）。這一年中，所幸的是沒有大的戰事，倭寇并未大規模入侵；不然戚繼光真要分身乏術了。不過侵略成性的倭寇哪里能學好，果然又來了，而且這次入侵的規模來了個更嚇人的。

嘉靖四十年（1561年）四月，倭寇兩萬人連艦數百，大舉入侵浙江沿海。本來想直搗臺州，因戚繼光親率水師在海上巡防，倭寇于是改變部署，十九日先派出一部人馬在奉化登陸，當夜竄入臺州治下的寧海劫掠。戚繼光親率軍隊馳援寧海。倭寇這一手很狡猾，你要是不管寧海，我就繼續在此殺人放火；可你要是領著臺州的軍隊來增援，則臺州的防守力量就會減弱，從而大舉進攻臺州。但是戚繼光還是來了，戚家軍于22日到達寧海，與 早就想見面較量的倭寇打了成軍后的第一仗。

經過嚴格訓練的戚家軍戰士開始列出了鴛鴦陣。在中國東南沿海橫行慣了的倭寇眼里，明朝的軍隊就是不堪一擊的菜鳥，只要自己亡命沖鋒砍殺，用不了多久他們就得調轉屁股玩命的逃跑，我們的武士道和戰刀最牛逼；看你們列的陣，都他媽稀稀疏疏的一點都不嚴整，這是從哪找來的一幫廢物，不是等著讓我們砍嗎？所以大舉向鴛鴦陣猛撲。結果剛交上手就發現，過去的那一套根本就不好使了。

人家對面的這支隊伍，不光是根本就沒有逃跑的意思；相反是在盾牌掩護下，殺聲震天，手里用著一堆沒見過的怪玩意向自己推過來。尤其是那個長長的帶尖頭的還渾身帶刺帶鉤的長玩意簡直是太缺德啦（就是狼筅），刀砍不斷它，還往往遮蔽自己的視線，看不全這玩意后邊的人，還沒等夠著對方的人呢，自己就被劃了個滿臉花；毀容的算輕的，大多是自己的人被這個缺德玩意鉤倒掃倒之后，長矛馬上就跟過來玩命往自己身上捅。打了半天。自己身邊的人是一個一個往下倒。這仗打得真是窩囊透啦！于是倭寇扔下一堆死尸，掉頭逃竄！此戰戚家軍首戰寧海，就擊敗了猖狂的倭寇，戰果是：倭寇，死傷200；戚家軍，陣亡數0。此時海上的倭寇，已經在臺州沿海多路登陸。戚繼光是名將，并未被首戰勝利沖昏頭腦；相反他憑著優秀的軍事素養，根據不斷接收到的情報，正確判斷出倭寇的圖謀：引誘明軍分散兵力，各個擊破。更大的仗還在后邊。因此戚繼光果斷的派出把總胡守仁、樓楠火速馳援戰略要地新河。此時，幾千倭寇已經直撲新河。

當時戚繼光的夫人王氏正在新河，城中因精壯大部出征，兵力已經空虛。王氏果斷的命令打開武庫，組織婦女身披盔甲上城御敵。26日早，倭寇突然在新河城下遭到胡、樓援軍的攻擊，被打了個措手不及，這里的倭寇同樣是首次遇見了一支敢玩命的敵手，被兩面夾擊，殺了個人仰馬翻；無奈占據鮑家大院，做困獸之斗因石門堅固，房屋高大，戚家軍改用火銃射擊，打死倭寇上百人；余下的殘敵乘夜間冒死逃出。還沒打夠呢，你說跑就跑啊！戚家軍奮起直追，次日，在溫嶺追上敵人，再次斬首80余級，倭寇殘部乘大霧逃脫。新河之戰戰果：倭寇，死傷280余人；戚家軍，陣亡3人。

新河之戰時，戚繼光從其他幾路倭寇的動向上判斷，倭寇主力并未全部出現，而他們的的真正目標將是臺州府。遂親率主力回援臺州。但進軍途中出現了一個問題：軍糧不夠了！馳援寧海，只帶了三天糧食；到了27日是第5天；而距臺州，尚有70里。戚繼光親自激勵士氣，動員戰斗，全軍空腹跑步行軍；于正午趕到臺州東南的花街，與倭寇遭遇。此時戚家軍已是相當疲勞，還餓著肚子，但戚繼光激勵將士“滅賊而后會食”，全軍遂列陣向倭寇猛攻。這里的倭寇，也是從未見過士氣如此高昂、作戰兇狠的明軍（其實還不是正規軍），兵器怪異，陣型奇特，被打了個七零八落。過去，狡詐兇殘的倭寇慣用自己的一套怪招：接戰時先上一批披頭散發、武藝高強的武士，額頭戴面鏡子擾亂明軍視線，跳躍舞蹈，揮舞倭刀，從心理上恐嚇明軍；或是以婦女置前，手舞足蹈表演，分散明軍注意力；背后有頭目用折扇指揮，隨扇子的開合跳躍揮舞兵器，喊聲震天，趁明軍不知所以、疑惑重重之機，突然向前揮舞扇子，倭寇于是向前猛撲，明軍衛所軍本就戰斗力腐朽，作戰精神頹廢；如此經常一觸即潰。可是這次，算他們倒霉，對手是戚繼光和一群兇悍敢戰的義烏兵，這一套怪招不好使了。戚家軍隨著號令勇往直前，你愛怎么得瑟怎么得瑟，我上來就殺，殺！殺！殺！倭寇見狀，我真是敢玩命的碰見不要命的了，跑吧！倭寇分兩路逃跑。戚繼光命令官兵分兩路，繼續窮追猛打，兩路殘敵終被全殲。

戰斗勝利結束之時，午飯剛剛做好。戚家軍在戚繼光率領下，餓著肚子長途奔襲幾十里，并立即投入戰斗，還打了個多少年罕見的殲滅戰，這一仗打的真是揚眉吐氣！戚家軍威武！花街之戰戰果：倭寇：被斬首380余級；另有被趕到海中溺死者無算，雖未留下人頭，但也是見了閻王，傷亡在千人左右，這一路倭寇幾乎是全軍覆沒；兩名倭寇頭目被擒。戚家軍：陣亡3人。解救出被擄百姓5000余；繳獲各類兵器650件。還有其他路的倭寇呢，仗還沒打完呢。之后，又爆發了上峰嶺之戰。另一路登陸的2000余倭寇，見臺州府不可輕取，便退兵以另尋進攻目標。戚繼光據情報判斷，倭寇將進犯仙居、處州；如此上峰嶺是必經之路；遂大膽決定在上峰嶺設伏。此時因不少兵力用于要地駐防，戚繼光僅有兵力1300人，如此是以寡擊眾。戚繼光就是戚繼光，我現在練出的兵軍隊，與龍山之戰那樣的廢材油頭軍隊根本不同，我就是敢打！戰前，這位名將和監軍趙大河做戰前動員，頒布了三條嚴格的紀律：

1，不以個人繳納首級計功，而以戰勝計功。明軍計功的唯一標準，是繳納首級；因此以往的明軍，戰斗中經常是打死一個敵人就爭搶人頭，甚至鬧內訌，仗還沒打完自己陣型、隊形先亂套，而敵人卻乘機反撲，往往導致明軍先勝后敗。戚繼光嚴令戰士上了戰場必須一往無前，誰也不許去割首級，由后方的收容隊負責收取首級。總數有了以后，根據戰斗分工任務、實戰表現分配到基層各隊；隊再分配給個人。例如擔負沖鋒、阻擊任務的隊伍，很難獲取首級，但是人家賣命打仗最苦犧牲最多了，按照以個人繳納首級的辦法明顯不科學不公平，因此戰后統一往下分功給予獎勵。（幾十年后在朝鮮，楊鎬和麻貴以4萬明軍進攻清正義雄2萬日軍，結果卻反勝為敗，首要原因就是楊鎬命令明軍停止繼續進攻，而去爭奪首級）

2，禁止在戰場上搶奪戰利品。以防倭寇在戰場拋灑金銀財物，待明軍爭搶時突然反擊；所有戰利品，由收容隊專門收集，戰后對軍中有功者獎勵。

3，不準殺脅從。倭寇隊伍中，有不少是被脅迫過去的明朝百姓，不問青紅皂白殺這類人，是逼著他們反抗，反倒壯大倭寇力量。

五月初四，戚家軍趕至上峰嶺設伏，人手一支松樹枝，遠望像松樹林。初五，倭寇出現了，見松林而不見有人，誤以為安全，遂列縱隊進發。戚繼光了解倭寇行軍，歷來是精兵放在首尾兩頭，中間為弱兵，所以耐心等倭寇隊伍經過一半后，下令攻擊。戚家軍官兵拋掉樹枝，向伏擊圈內的倭寇發動猛攻。倭寇措手不及，隊伍被分割，并逐個被吃掉，有的開始四散逃命。戚繼光令部下在山頭立起白旗，并大喊，有脅從者至白旗下，不問罪！當即有數百人跑到白旗下，扔掉武器投降。向回逃跑的倭寇，退路也被戚繼軍一部封死，走投無路之下，只得逃上上界嶺。戚繼軍窮追猛打，倭寇有不少人被殺下懸崖。殘存倭寇逃入白洋鎮，占據朱家大院頑抗。戚繼軍追趕不舍，包圍大院，采用火攻、火器攻擊，徹底殲滅了殘敵。這一仗，戚家軍以少勝多，又打了個殲滅戰。此戰戰果：倭寇，5名頭目被俘；被斬首344級；另有燒死的無法砍頭。戚家軍，陣亡3人；繳獲兵器1490件，解救出被擄百姓千余人。

自此來犯的倭寇，僅余從寧海之戰逃走的一部。他們帶著大量被擄掠的明朝百姓跑到溫嶺東南登陸，結寨屯兵筑壘。被擄去的中國百姓，男人一律剃光頭發，打赤腳，當苦力，大半被折磨致死；女人更是慘遭凌虐。五月二十日，戚繼光指揮水陸軍并進，在凌晨突然發動進攻，殺聲震天。倭寇亂作一團，倉促抵抗了一陣，就紛紛向海上逃跑，以圖上船；不想戚繼光已命水師封鎖海面，焚燒倭寇船只。倭寇有不少人被逼的干脆跳海游泳，結果遇到了大風大浪，跳海的全部葬身魚腹。在海灘上的頑敵被逐漸擠壓，終至被殲。有300余名倭寇乘船10艘正在外面劫掠，聞聽老巢被端掉，想乘船逃亡。結果戚繼光訓練出的水師又將其截殺，對中國百姓多年血債累累的敵酋健如郎、五郎如郎被俘；其余全部被殲。

此戰戰果：倭寇被殺、溺死海上者無算；其建立的陸上小根據地被端掉。戚家軍解救被擄百姓達12000余人；繳獲兵器3240余件、倭船11艘。以上諸戰斗，合為一個戰役，史稱“臺州大捷”。戚家軍自組建以來，剛上戰場，而且面對的是倭寇大規模的多路入侵，就在浙江打了一系列殲滅戰，倭寇在中國東南揮舞屠刀，曾經猖獗無比；這次戚家軍橫空出世，生生給不可一世的倭寇來了個“斷刀”；令倭寇“只檣不返，而賊部中梟雄悉絕”；倭寇被戚繼光打怕了，稱戚繼光為“虎”，見戚家軍膽寒，患上了“恐戚癥”。而戚家軍的傷亡率卻遠低于敵人。連胡宗憲都高興的說，這仗打得真是“痛快”！

在幾年前戚繼光大力建議練新兵、對倭寇打殲滅戰之時，還有人無恥的笑話他，甚至更有甚者說“從未聞倭可殺者。”現在戚繼光用事實，給了那幫尸位素餐者一個響亮的大嘴巴。臺州大捷后，總督胡宗憲向朝廷奏疏：“嘉靖四十年四五月，倭賊分犯臺州水陸諸處，臺金嚴參將戚某，共擒斬倭首一千四百二十六夷，焚溺死者四千有余；身經百戰，勇冠三軍。持秉廉公而士心咸服，令行禁止而軍容整齊。執銳披堅，見賊則輕身先進；絕甘痛苦，遇士則推腹不疑，隨旌旗之所指，即捷報之連聞。臺民共倚為長城，東浙實資其保障。功當首論，破格優錄，以風諸將也。”戚繼光遂被破格提拔為都指揮，時年僅34歲。