明太祖朱元璋為了永保江山，在建國以后實行了分封制，把兒孫分封到各地做藩王，藩王勢力日益膨脹。朱元璋的盤算是只有自己的親人才會保衛自己的國家，但是他沒想到的是，他后臺是否能夠鎮的住這些藩王，果然太子朱標早死，皇太孫朱允炆繼位，年號建文，是為建文帝。建文帝與親信大臣齊泰、黃子澄等采取一系列削藩措施，建文帝采取了昏招，先削弱小的藩王，結果打草驚蛇，驚動了當時最為強大的燕王朱棣，導致朱棣有所提防。

果然就在建文帝以為準備停當了，便秘密下令擒拿朱棣，但是沒有成功，建文帝也有點發昏，當時燕王朱棣要進京奔喪，你抓住他就完了，非要命令他返回封地，結果后來想抓抓不住了，再加上削藩措施嚴重威脅藩王利益，坐鎮北平的朱棣在姚廣孝的慫恿下于1399年起兵反抗，隨后揮師南下，史稱“靖難之役”。

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建文帝無大將可用，只好起用幸存的老將耿炳文統兵北伐，又派李景隆繼續討伐，而建文帝也缺乏謀略，致使主力不斷被殲。朱棣以北平為基地，適時出擊，靈活運用策略，經幾次大戰消滅官軍主力，最后乘勝進軍，于1402年(建文四年)攻下帝都應天(今江蘇南京)。戰爭歷時四年(1399—1402年)。戰亂中建文帝下落不明， 同年，朱棣即位，就是明太宗，嘉靖時期改為明成祖。

朱棣的靖難之役之所以能夠成功，除了燕王軍隊作戰驍勇之外，建文帝也幫了不少忙，首先由于朱元璋把武將清理的太干凈了，導致建文帝無將可用，還有在關鍵時刻，除了天祝朱棣，建文帝也昏招頻出，每每在朱棣快要被抓住的時候，調走軍隊，導致朱棣勝利。此外，朱棣之所以能夠靖難比較順利，還是得到了當時的“坦克部隊”朵顏三衛。

明洪武二十年(1387)，明朝派遣馮勝、傅友德和藍玉等率領二十萬大軍繞道慶州包圍了納哈楚軍隊駐地。納哈楚被迫投降。上述蒙古諸部失去屏障，其駐地隨時可能遭到明朝的侵掠。二十一年(1388)，蒙古大汗脫古思帖木兒在捕魚兒海(今內蒙古貝爾湖)被明將藍玉的軍隊擊敗西走。這些重大的軍事失敗，使大興安嶺以東的蒙古諸部處于孤立無援的境地。他們只得歸附明廷。

洪武二十二年(1389)，明廷在這一地區設置了朵顏、泰寧和福余三衛。同時，明廷授封三衛首領以各級官職，進行籠絡和羈縻。封阿札施里為泰寧衛指揮，塔賓帖木兒為指揮同知;海撒男答奚為福余衛指揮同知;脫魯忽察爾為朵顏衛指揮同知。明廷要求他們“各領其所部，以安畜牧”(《明實錄·洪武二十二年五月癸巳》)，做明朝的“屬夷”。

蒙古人稱朵顏衛為兀良哈，泰寧衛為翁牛特，福余衛為烏齊葉特。這是因為朵顏、泰寧和福余三衛分別是以兀良哈部、翁牛特部和烏齊葉特三部為主組成。后來，明朝也把朵顏衛稱為兀良哈衛。當初，三衛當中以泰寧衛最強大，其次福余衛，朵顏衛在后。后來，朵顏衛實力迅速壯大，躍居三衛之首。因此，明朝往往把三衛籠而統之地稱作朵顏三衛或兀良哈三衛，把朵顏、泰寧和福余三衛的駐地統稱為“兀良哈地區”。

朱棣在發動“靖難之役”前，借助兀良哈三衛蒙古人的支持，挫敗了鎮守大寧衛(衛治在今赤峰市寧城縣)的寧王朱權。后來，他又向兀良哈三衛借用3000名精騎兵，作為其“靖難軍”的骨干。從史書上看，這個騎兵部隊每次戰斗總是打主攻，往往以少勝多，出其不意，以千人軍隊擊敗萬人軍隊，真正稱得上當時的坦克部隊。為朱棣的靖難之役立下了汗馬功勞。

但是事后論功行賞，朱棣并沒有完全兌現諾言，雖然封在大寧地區，但是朱棣后來卻不允許他們放牧，朵顏三衛做了堅持不懈的斗爭，雖然在朱棣時期被打敗損失嚴重，但是依然堅持戰斗，后來隨著明朝軍事實力下降，到15世紀中期，他們終于來到明朝長城邊外駐牧。此后，兀良哈三衛駐牧地分布情況是：“自大寧前抵喜峰口，近宣府，曰朵顏;自錦(州)、義(州)歷廣寧(衛)至遼河，曰泰寧;自黃泥洼逾沈陽、鐵嶺至開原，曰福余。”(《明史》卷328)。從此，西拉木倫河和遼河以南，東起開原，西近宣府的長城邊外，均屬兀良哈地區。