由于日軍已經(jīng)占領(lǐng)了制高點(diǎn)雨花臺(tái)可以俯射南京城內(nèi)的國軍，國軍處于極為不利的態(tài)勢。日軍與國軍第74軍展開反復(fù)爭奪，直到到下午5點(diǎn)，水西門內(nèi)外的民房都被日軍的炮火打爛。到處起火，陣地岌岌可危。12點(diǎn)20分日軍第6師團(tuán)47聯(lián)隊(duì)的第1大隊(duì)第3中隊(duì)長三明保真大尉帶領(lǐng)部隊(duì)沖進(jìn)了中華門。安東軍曹把一面日章旗掛在了中華門上。隨后太平門也被日軍突破了，守軍第83軍第153師師長姚中英陣亡。

下午4點(diǎn)，唐生智口頭向大家宣布撤退，但是唐生智卻沒有任何具體詳細(xì)的撤退計(jì)劃，其基本精神就是各自自己找出路。只規(guī)定了他自己帶來司令部人員從下關(guān)撤退。當(dāng)憲兵司令部副司令蕭山令將軍指揮憲兵教導(dǎo)團(tuán)趕到江邊卻發(fā)現(xiàn)自己的船一艘也沒有。日軍艦艇倒是來了。最后蕭山令將軍和幾百名憲兵在日軍兩面夾擊的炮火下全部陣亡，只12人在紫金山被俘。而在前邊打頭陣突圍的第112師副師長李蘭池也在戰(zhàn)斗中中彈陣亡。日軍繼續(xù)前進(jìn)，街頭巷戰(zhàn)仍在繼續(xù)，比如日軍的1只獨(dú)立機(jī)關(guān)槍隊(duì)遇到一所被國軍占據(jù)為火力點(diǎn)的房子。日軍步兵大隊(duì)所屬的70mm步兵炮第一發(fā)炮彈打到了房子的后面，第2發(fā)穿進(jìn)了房頂在房屋里爆炸，第3發(fā)炮彈在窗戶里爆炸，房子里的國軍沖出房子，正被堵在房門前的日軍機(jī)槍侯著，跑出來的國軍都被打倒在地。僅僅3發(fā)炮彈，國軍的火力點(diǎn)就被消滅了。

本來南京國軍司令唐生智在戰(zhàn)前為了表示破釜沉舟的決心，并沒有控制船只。但是唐生智突然在12月12日下令陣前撤退，從后面的結(jié)果來看，其所制訂的撤退計(jì)劃毫無可行性可言，并且根本就沒有安排撤退船只，并且在撤退安排上帶有很大的隨機(jī)性，甚至也沒有人通知擔(dān)任督戰(zhàn)任務(wù)的第36師。結(jié)果第36師為了阻止國軍各部隊(duì)撤退，雙方還發(fā)生了交火。馬嘶人喊，人員嘈雜，傷兵勉強(qiáng)拄著棍子也跟在后面。碼頭上的人如同熱鍋上的螞蟻，就是沒有船。幸虧第74軍司令俞濟(jì)時(shí)有路子找了1艘小火輪1次可以裝300多人，經(jīng)過12日1夜的忙活拉走 了第74軍的5000多人(后又有2000人歸隊(duì))，第88師第264旅的輜重營在下關(guān)控制著一批木船把第88師搶運(yùn)出去2000多人，教導(dǎo)總隊(duì)突圍 4000人，第36師突圍3000-4000人。南京大屠殺60年祭專輯給出的國軍突圍撤退的數(shù)字是32144人。

需要指出的是部分國軍將領(lǐng)的提前逃跑更加重了撤退的混亂。如第71軍軍長王敬久、該軍第87師師長沈發(fā)藻等根本未回指揮所;教導(dǎo)總隊(duì)隊(duì)長桂永清回到富貴山地下室指揮所后告知幕僚撤退任務(wù)，即留參謀長邱清泉處理文件等，自己單獨(dú)先去下關(guān)等等諸如此類的人還有很多。方圓幾十里的南京城已經(jīng)被五路日軍圍個(gè)水泄不通，溝溝坎坎到處埋伏著日軍機(jī)槍的交叉火力網(wǎng)，別說是一支大部隊(duì)，就是一只兔子也難以逃脫日軍的火力封鎖線。只有南京城北面沒有日軍，可是卻有一條洶涌的長江斷絕了歸路。沒有橋梁、沒有船只，只有滾滾的江水奔騰而去，無數(shù)散兵，難民一片混亂，大家的心理已經(jīng)完全崩潰，驚嚎不絕，紛紛趴著木頭盆，門窗，木棍子等等一切的東西想要飄過滾滾長江。

很快，日軍第16師團(tuán)的先頭部隊(duì)第30旅團(tuán)第33聯(lián)隊(duì)沖到下關(guān)，和江面上的日本海軍第3艦隊(duì)第11戰(zhàn)隊(duì)的5艘炮艦，4艘驅(qū)逐艦，4艘海巡艇一起兩面射擊，射殺擁擠在下關(guān)和江面上的軍民。日軍在下關(guān)等地俘虜了很多國軍，按日軍記載這些俘虜“有十二三歲的小兵，也有四十歲左右的老兵，服裝形形色色，不禁讓人懷疑，這些人是軍人嗎？”。里面那些青壯年士兵有的是南京城里賣茶碗的小販被抓壯丁，有的是流浪漢被抓壯丁。第2天，12月14日，日軍首先屠殺了4200名無法行動(dòng)的國軍傷兵，隨后是屠殺俘虜和以抓逃兵為由到處抓捕男性，南京大屠殺開始了。