盡管從指導思想到具體實踐均與中共不同，但是抗戰時期國民黨同樣開展了敵后游擊戰，山東國民黨敵后游擊戰可以視為縮影。

1937年10月，山東六區專員范筑先在中共幫助下率先舉起抗日大旗，將所屬各縣保安隊和游雜武裝整編為35個支隊，號稱10萬余人，在魯西北對日軍游擊作戰。11月，國民黨山東省政府委員秦啟榮在魯北惠民縣組織“魯北邊區游擊司令部”，所部活動于惠民、沂水、萊蕪一帶。1938年1月青島淪陷后，市長沈鴻烈率領海軍陸戰隊及地方團隊轉移諸城、沂水一帶。5月，徐州會戰后，沈鴻烈被任命為山東省政府主席兼保安司令，領導山東游擊區抗戰。

1938年11月南岳軍事會議后，國民黨開始真正重視游擊戰，設立魯蘇敵后游擊戰區，轄山東及蘇北，司令為于學忠。1939年3月，于學忠率5l軍從安徽阜陽出發，4月初進入山東境內，駐江蘇北部的57軍也于4月中旬到達魯南地區。

魯蘇戰區下轄51軍(軍長牟中珩，負責魯南北部作戰)、57軍(軍長繆徵流，負責魯南南部作戰)、89軍(軍長李守維，負責蘇北作戰)、新編第4師(師長吳化文，機動作戰)以及海軍陸戰隊，共7個師約10萬人。戰區另下轄蘇魯皖游擊軍(共7個縱隊)、山東保安部隊(1個保安師和35個保安旅)、江蘇保安部隊(9個保安旅和1個稅警總隊)共約15萬人的地方武裝配合正規軍作戰。此外，同時期設立的冀察敵后游擊戰區所轄69軍(軍長石友三)、97軍(軍長朱懷冰)、新編第5軍(軍長孫殿英)、河北民軍及其他游擊部隊活動范圍涉及魯西北地區。

于學忠部雖屢遭日偽進攻，但經過反“掃蕩”，總算立下足來。1940—1942年，在地方游擊部隊的配合下，于學忠部多次與日軍展開戰斗，例如1940年4月，57軍111師333旅萬毅部在莒縣南黃山前村，激戰一天，擊潰日軍，殲敵200余人。又如1942年8月魯蘇戰區總部和113師等部被包圍于安丘唐王山、虎眉山和擂鼓山地區，激戰數小時，傷亡官兵300余人，斃傷日偽軍400余人，成功突圍。

盡管魯蘇戰區官兵在與日偽作戰中取得了一定的成績，但是經過數次大規模連續進攻，損失慘重，疲憊不堪，處境日益艱難，逐漸陷入被動，地方武裝甚至是正規部隊也紛紛垮臺或投敵。1943年1月，新編第4師吳化文部和山東省保安第1師于懷安部共2萬余人投降日軍后，形勢更加嚴峻，已經無力與日偽軍進行大規模作戰，于是蔣介石電令于學忠率部撤離山東。6月下旬，魯蘇戰區部隊分批出發，七八月間陸續到達阜陽。

至此，除零星部隊外，魯蘇兩省國民黨軍主力全部退出山東，國民黨軍委會于1944年5月下令撤銷魯蘇戰區。