“島原之亂”的直接導火線有兩件事：一件是島原農民與三右衛門因沒交足“年貢”，其懷孕的兒媳被抓去赤身裸體關進水牢，在水牢里生下孩子，大人孩子全死了。另一件是島原農民角藏、三吉二人渡海去拜訪天草的四郎時貞，被授予修道士資格，回島原后，復宗者越來越多，驚恐的領主松倉家派代官偷偷將二人及其家屬18人全部殺死。這樣的暴政，逼得教徒們團結一心，開始了堅決的反抗。天草、島原兩地互為策應，相互支援，教徒軍一下子就猛增為3萬多人。并打了幾次漂亮仗，搞得官軍頭領戰死的戰死，剖腹的剖腹，幕府在無計可施的情況下，才決心派大將率大軍前來剿滅。

松平信綱汲取了板倉重昌戰死的教訓，用的是長期圍城待城內彈盡糧絕時再一舉攻破的辦法。大約從1月4日圍困到2月27日。期間，松平信綱嘗試了從海上炮擊、挖坑道等辦法，均告失敗;又把四郎時貞的母親、姐姐等抓來當人質，往城里射瓦解軍心的信箭等，也沒有奏效。27日這天，教徒軍見官軍沒有動靜，以為平安無事，便三五成群地出來撈海草當食物，官軍突然出現，進城后放起火來，義軍都退到本丸(最里面的城堡);28日晨幕府軍開始總攻。教徒軍打開城門，殺了出來，其中有不少手持竹矛的婦女兒童，出城者被悉數殺死。留在本丸的傷兵和婦女兒童大多自決了，不少縱身跳進火海。他們嘴里念著神的教誨，慷慨赴死。攻進城里的官兵對著起義的老弱殘兵，砍腦袋、削鼻子，唯恐自己殺人太少。戰斗極端慘烈，3萬多教徒幾乎無一生還。

幕府兵們都爭先恐后地要取得四郎時貞的頭。凡是砍了十幾歲男孩頭的都希望那是四郎時貞。四郎時貞的母親被逼確認四郎時貞正身。但母親喊道：“他是天上派來的使者，你們殺不死他的，現在他已經升天了！”。不過，又一個官兵拿來一顆人頭的時候，母親不禁抱住那顆人頭哭泣起來：“瘦成這樣子了……苦壞了吧？你太逞強啦！”

戰后，島原、天草幾乎成了無人區，幕府只好叫很多贊岐(香川縣)的農民遷到這里。幕府認為“島原之亂”是教徒造反，決定徹底禁教。第二年的1639年，禁止葡萄牙船來航;2年后，又將荷蘭商館遷至長崎，禁止外國船員和日本人來往，從而，開始了長達260年的鎖國政策。此期間，除荷蘭、中國、朝鮮船外，和世界其他各國完全斷絕了往來。農民，利用信仰的力量有組織、大規模地反抗幕府封建政權，而且是在一個16歲少年的統帥下，這可謂農民起義史上的奇跡。