康熙平三番之亂在歷史上也是赫赫有名的，剛開始的時候，三番那么強大，為什么沒有打敗康熙，而最后還讓康熙打敗了。在政治上的分化瓦解，以集中力量打擊吳三桂，在吳三桂舉起判旗之后，康熙立即在全國范圍內公布罪狀，處死在京中的兒子，并且停止撤尚可喜，耿仲明二番，對于耿仲明在京的弟弟，寬容處理。

此后，耿精忠，尚之信熠熠反清，康熙始終進行招撫，稱其變亂為“無知誘惑”，表白說自己絕不食言。在軍事上，康熙制定了一套準確與周密的作戰計劃。在一方面，他派遣將士分赴常德，四川，荊州，安慶等地攔截吳軍和割斷吳，耿聯系，在另一方面，他積極部署后方，以山東兗州。山西太原為后方軍隊的集中點。

變亂發生后，吳軍來勢兇猛，迅速攻陷岳州、衡陽等地。后耿精忠據福建反清，繼而陜西提督王輔臣亦在吳三桂的誘引之下反清，占領平涼，和進攻四川的吳將王屏藩互相呼應。數月之間，陜、甘、川、湘、黔等省均為吳軍控制。吳三桂自然被勝利沖昏頭腦。自以為用兵之術天下無雙，企圖開始壓迫康熙和談。

然而，康熙早已看穿其狡詐心理，不但不為所動，還積極備戰。首先，命清軍挺進岳州，展開直接進攻。其次，在慰勉王輔臣失敗之后，進軍平涼，迫王投降，王屏藩亦失去聲援，逃往漢中。最后，得知吳三桂“謀結青海多爾濟”之企圖，康熙立即命張勇屯甘州防御，使青海與碩特各部“歸故巢”。自此，清廷大體平定陜甘，以致吳三桂陰謀徹底破產。后于十月，耿精忠降清，福建被收復。康熙十五年五月，清軍又攻取了廣西。

康熙十六年五月，于清鎮南將軍莽依圖之進攻以及吳三桂逼迫助餉之下，尚之信走投無路，只能降清。之后，吳三桂只余四省，府庫空虛。而且，吳軍橫征暴斂，使人民怨聲載道，眾叛親離。為維系人心，康熙十七年三月，吳三桂于衡陽稱帝，國號“周”。八月，清軍壓境，吳氣絕而亡。清軍于十八年初先后攻占長沙、衡陽。十九年正月，清軍提督攻克成都。二十年十月，昆明城下，清軍大獲全勝。三桂孫世璠自殺，余黨被活捉，械送北京而處以磔刑。至此，康熙平定三藩之亂，清廷取得最后勝利。