甲午戰敗后，許多研究者將失敗的重要原因概括為軍費不足，批評慈禧太后修建頤和園工程挪用海軍經費，造成北洋海軍的裝備沒有跟上世界海軍日新月異的變化。那么，北洋海軍的經費到底夠不夠呢？撥給北洋海軍的經費到底花到哪去了？

1875年，南北洋確定分別建設海防的方案，其時已是清朝末期，清政府歷年積蓄幾乎羅致一空，所以，建設北洋海軍，經費是最棘手的問題。

不久，總理衙門和戶部奏請由關稅和厘金項下撥解南北洋海防經費。具體計劃是，每年從各地關稅中直撥約200余萬兩;從蘇、浙厘金項下，每年各提銀40萬兩，贛、閩、鄂、粵厘金項下，每年各提銀30萬兩，總計200萬兩。全部分解南北洋海防大臣沈葆楨、李鴻章兌收應用。兩項合計，海防經費每年共達400余萬兩，實在是筆不小的款項。

但現實的情況是，李鴻章發現實際資金到賬極少。比如1875年7月至1877年6月兩個財政年度里，各省關實際僅解200萬兩，僅為名義撥款的四分之一。也就說，朝廷的指令，地方并沒有統一執行好。

1885年，清政府成立海軍衙門，主管全國海防建設。原解南北洋收支的海防經費撥歸海軍衙門收放。海軍衙門的經費來源，除常年海防協撥外，還在開辦時從其他方面籌集總計300余萬兩。

總體來說，建設北洋海軍的全部開支，包括20年的海防協餉、購買軍艦以及官兵薪糧和日常費用等，共用銀3500萬兩，占同期國庫開支的2%左右，遠遠低于陸軍的軍費開支。但對于一個近于崩潰的封建國家，仍是不勝負擔。

多年以來，人們一直有個疑問：海軍衙門一直說缺乏經費，那么，他們籌集到的款項是否都用到海軍事業上去了呢？

1885年，慈禧太后考慮到光緒帝即將親政，自己歸政后若要重修圓明園，不但國家財力難以支持，同時又會遭到反對，于是在當年6月21日下懿旨重修三海。根據檔案記載，事實上工程在此之前已經開始動工。

三海工程包括北海、中南海所有的殿宇、房屋、道路、河池、假山、堤泊、電燈、鐵路等，全部工程有100多處，整個工程經費總額在白銀600萬兩左右。從1885年至1895年10年中，三海工程共計挪借海軍衙門經費437萬兩。

在“人治”社會，最高統治者會通過各種方式巧立名目，以避開制度對其的束縛。海軍衙門所墊的款項雖然后來如數歸還，慈禧太后孜孜以求的三海工程也如期竣工，但拆東墻補西墻，受損的卻是海軍。

在清末，由于海軍經費一直無法完全按照計劃撥付，李鴻章一直與各地督撫、總理衙門、海軍衙門和戶部有著打不完的口水仗。

1891年5、6月間，李鴻章校閱北洋海軍，后請于煙臺、膠州口添筑炮臺。清政府批準了他的請求。但差不多在同時，戶部決定將南北洋購買外洋槍炮、船只、械器暫停兩年，所省資金解部充餉。

又過三年，1894年5月，也就是甲午戰爭爆發前夕，李鴻章再次校閱海軍。他上奏報告，稱西洋各國船式日新月異，即日本蕞爾小邦，猶能節省經費，歲添巨艦。中國自1888年北洋海軍開辦以來，迄今未添一船，恐后難為繼。

主持停購軍艦決策的，是戶部尚書翁同龢。翁同龢是同治、光緒兩任皇帝的師傅，作為正統士大夫的魁首，他有強烈的憂國憂民責任感。但這次停購外洋槍炮的決策卻給海軍事業的發展帶來了消極影響。

戶部為停購的辯解是：部庫空虛，海疆無事，明將南北洋購買槍炮船只機器暫停兩年，借資彌補。

李鴻章和翁同龢之間的扯皮，代表了不同派系不同的利益集團，導致的軍購停頓對晚清海防建設造成了極大的影響。