珍妃容貌出眾，性格中有那么些傲氣，頗通文史，備受皇帝寵愛。光緒二十年，慈禧萬壽慶典前夕，光緒帝受西太后懿旨，同時晉封姐倆為妃。這使慈禧內侄女隆裕頓生忌恨，經常在慈禧面前講珍妃壞話。當時朝廷中有帝后兩黨之爭，而且頗為激烈。慈禧太后一方為“后黨”，光緒皇帝一方為“帝黨”，產生對日本戰和之爭。甲午戰爭后，光緒帝接受以康有為為首的改良派的變法主張，推行新政，因此又出現了維新與守舊之爭，兩黨水火不容。

傳說珍妃介入其中，緊緊追隨光緒帝，支持推行新政，引起了慈禧對她的極大怨恨。光緒二十四年，戊戌政變失敗，慈禧捕殺了維新派，光緒被囚禁瀛臺，珍妃被削去封號，貶入冷宮。此后，慈禧力圖廢黜光緒帝，另立新君，珍妃又挺身而出，冒死“抗辯”。光緒二十六年七月，八國聯軍進攻北京，朝廷上下一片恐慌，慈禧決定西逃，光緒帝提出愿意留下舉行和平談判，慈禧堅決反對，并挾持光緒帝，帶著宮中數人倉皇出逃，在這片混亂中，珍妃死于寧壽宮外井中，年僅二十五歲。

在北京故宮東北角的貞順門里有個珍妃井。這口井是見證珍妃之死的唯一證據。至于珍妃因何而死以及當時的實情如何，迄今尚無定論。宮中的很多事情都充滿了神秘色彩，讓人無法了解事情真相。而官修的史書也不愿對此事給出明確的答案。于是珍妃之死，也就使人產生了許多聯想。

從流傳的各種稗官野史及小說、戲劇看來，關于珍妃之死，大致存在兩種說法。一是珍妃之死是自殺。也就是說，她是自愿投井而非他殺。

但是這種說法并不被大多數人認同，因為珍妃雖然囚禁在紫禁城內，但是一直以來仍然對光緒帝充滿幻想，這也是她支撐著活下去的希望。在慈禧西行時，她也正好有機會見到光緒帝，采取自殺的方式了結自己的生命是不太可能的。

還有一種說法被大家認同，就是慈禧命人將珍妃殺害。

一九九零年七月二十日，八國聯軍即將兵臨城下。慈禧決定攜帶光緒帝等一行人出走西安。此時，大家都換上了百姓布衣聚集在壽寧宮，慈禧忽發感觸，出珍妃于牢院。強詞珍妃帶走不便，留下又恐其年輕惹出是非，即命太監將樂壽堂前的井蓋打開，要珍妃自盡，珍妃堅不肯死。眾人遂令太監將珍妃推入井中。執刑此命的是慈禧的領班太監崔玉貴。

一九零一年春，八國聯軍將退，慈禧命崔玉貴回京探聽消息，并查看宮內情況，見珍妃所投之井依然如故，便命內務府將珍妃從井中撈起，裝殮入棺，七月二十四日葬于阜成門外恩濟莊內務府太監公墓南面的宮女墓地，一九零一年十一月三十日即下懿旨：“上年京師之變，倉促之中，珍妃扈從不及，即于宮闈殉難，洵屬節烈可嘉，加恩追贈貴妃，以示褒恤。”慈禧假惺惺地以貞烈殉節掩世人耳目。

民國二年(1913)，四十五歲的隆裕皇后逝世，與光緒帝合葬景陵。珍妃的姐姐瑾妃此時已升為皇貴妃，因上面已無皇后管著，成了宣統帝必須尊敬的皇太貴妃，對宮中事物有了相當的決定權，于是趁機將妹妹從宮女墓地遷葬光緒景陵妃嬪園寢。皇家規定，皇帝皇后的墓地稱陵寢，嬪妃的墓地稱園寢。瑾妃還為珍妃立碑稱“恨恪珍貴妃之墓”，總算為妹妹爭到了她應有的名分。瑾妃還在珍妃遇害的井旁邊立了一小小靈堂，供著珍妃的牌位。靈堂上懸掛一額紙匾，上書“精衛通誠”，頌揚珍妃對光緒的一片真情。