明末農(nóng)民起義風(fēng)起云涌，崇禎皇帝那是求賢若渴，此時(shí)的孫傳庭意氣風(fēng)發(fā)，崇禎十分贊賞孫傳庭的才干和謀略。便授予他兵權(quán)，已令他全權(quán)負(fù)責(zé)剿滅農(nóng)民軍的任務(wù)。

崇禎九年(1636年)三月，農(nóng)民軍領(lǐng)袖高迎祥自湖廣復(fù)出，先后占領(lǐng)了四川和河南與陜西交界的地方。孫傳庭知道高迎祥必然要向陜西進(jìn)攻，他采取了誘敵深入的計(jì)策，他把高迎祥大軍從漢中一直引到了西安。后來高迎祥察覺出了端倪，知道中了孫傳庭的計(jì)策，想從子午谷口突圍，但是孫傳庭已經(jīng)在子午谷的黑水峪，埋伏了潼關(guān)大軍的主力，就等著高迎祥入甕了。高迎祥不知，結(jié)果縱軍深入，被孫傳庭大軍全殲，高迎祥本人也被孫傳庭生擒。此后，孫傳庭屢次挫敗農(nóng)民軍起義，有好幾次把闖王李自成殺的全軍覆沒。在鳳翔和澄城，差點(diǎn)就生擒李自成，李自成僅以18騎突圍逃脫。

崇禎十一年(1638年)八月，孫傳庭意外地陷入了一場(chǎng)政治糾紛之中。當(dāng)時(shí)滿清的多爾袞率領(lǐng)幾萬清軍繞過山海關(guān)，假道蒙古，分路從墻子嶺(今密云東北)、青山口(今遷西東北)入關(guān)南下，直逼北京城。京師孤立無援，崇禎急調(diào)陜西總督孫傳庭和天雄軍總督盧象升回師勤王。其中盧象升在巨鹿被清軍圍困，因兵力不足全軍覆沒，力戰(zhàn)而亡。孫傳庭抵達(dá)京郊后，清軍退去。

楊嗣昌上書崇禎皇帝，誣告孫傳庭行軍遲緩，勤王不力，以至于沒能和盧象升會(huì)師，導(dǎo)致了盧象升的戰(zhàn)死。崇禎不查明真相，聽信了楊嗣昌的誣言。結(jié)果孫傳庭被削職為民。楊嗣昌任然不肯放手，一再攻擊，結(jié)果崇禎皇帝于崇禎十二年(1639年)3月將孫傳庭下獄，把他囚禁了起來。孫傳庭下獄之后，一關(guān)就是3年。從崇禎十二年到崇禎十五年這段時(shí)間里，李自成在河南逐漸坐大，已經(jīng)發(fā)展到了幾十萬人。

崇禎十五年(1642年)6月，李自成第三次圍攻開封，開封告急。而此時(shí)楊嗣昌已經(jīng)自殺，明朝再也無人可用了。大明朝已經(jīng)危如累卵，要是再?zèng)]有人能夠力挽狂瀾，大明社稷不保。此時(shí)的崇禎帝終于想起孫傳庭，把他從獄中釋放，被起用為兵部右侍郎。崇禎帝親臨文御殿詢問孫傳庭有關(guān)鎮(zhèn)壓起義軍的方略，并設(shè)宴款待，為他壓驚，嗣后即速命孫傳庭率禁衛(wèi)軍馳援開封。

不久孫傳庭代替汪喬年為陜西總督，固守潼關(guān)，以待機(jī)會(huì)收復(fù)開封。但是崇禎疑心太重，他想讓孫傳庭收回開封，卻又不肯給他重兵，只是給了他5000老弱病殘之兵。抵抗士氣正旺的李自成大軍，無疑是以卵擊石。崇禎十六年五月，孫傳庭帶著5000老弱病殘之兵出了潼關(guān)。10月在河南郟縣遭遇李自成大軍，孫傳庭全軍覆沒，在郟縣戰(zhàn)死，時(shí)年51歲。

孫傳庭自萬歷四十七年(1619年)中進(jìn)士至崇禎十六年(1643年)兵敗身亡的25年間，他由永城知縣，逐步升至兵部尚書，統(tǒng)領(lǐng)七省軍務(wù)，先后參與并主持了數(shù)十次對(duì)明末農(nóng)民起義軍的鎮(zhèn)壓活動(dòng)，深得明廷賞識(shí)。不論是在“四正六隅”的聯(lián)合圍剿中，還是在“汛守要隘”的單獨(dú)行動(dòng)中，他都以其獨(dú)有的狡黠、多謀、果斷，使農(nóng)民起義軍多次處境艱險(xiǎn)，成為明廷手中一張不可多得的王牌。故此，《明史》有“傳庭死而明亡矣”的說法。