抗戰勝利，內戰即開始。1946年春夏之間，國共雙方在吉林軍事重鎮四平街展開一場大規模的陣地戰。雙方正在拉鋸之際，蔣介石派白崇禧于5月17日飛往東北督戰，指揮杜聿明，并其部下新六軍、新一軍、七十一軍攻下四平街，又繼續進攻長春。林彪部隊守不住，往松花江北岸哈爾濱方向撤退。

白崇禧飛回南京，向蔣介石報告戰況，主張國民黨軍隊乘勝追擊，占領哈爾濱、齊齊哈爾、佳木斯等城市，徹底拿下東北。當時孫立人率國軍部隊新一軍，已經追過松花江北岸，抵達雙城，離哈爾濱不足100公里。毛澤東下令林彪準備棄守哈爾濱。 6月6日，蔣介石下令停戰(史稱第二次停戰令)。林彪遂有機會整軍反擊，東北形勢逆轉。

很多國民黨人都對四平街的勝利和此后的戰勢逆轉耿耿于懷，認為東北情況影響了整個國共內戰的結果。白先勇(白崇禧之子)曾撰文詳細闡述東北戰事，他認為，蔣介石單方面下令停戰有兩個原因：一個是美國方面希望國共和平，組織聯合政府，馬歇爾一直從中調停，給蔣介石施壓要求停戰，甚至幾次上廣播表示，要是不聽話就斷絕美援：另一方面蔣介石本人也存在判斷錯誤，他以為林彪已經潰不成軍，沒有戰斗力，停下來再打還能打贏，沒想到解放軍很快反擊成功。

1948年4月，李宗仁當選“副總統”，5月白崇禧由國防部長改任“華中剿匪總司令”。白崇禧上任后堅持“守江必先守淮”，建議將“華中剿總”設在緊靠南京的蚌埠，在徐州、蚌埠之間的江淮山岳地帶，運用攻勢防御，堅持長期作戰：同時指出中原必須統一指揮，不能分割使用，提出山東、河南、江蘇、安徽、江西五省聯防。

任命發表時，白崇禧“五省聯防”的設想并未實現，蔣介石將華中戰區一分為二，“華中剿總”設漢口，徐州另設一“剿總”，劉峙任總司令，白崇禧的設想被全盤打亂。他更認為徐州易攻難守，不適合做指揮中心，劉峙也不是一流戰將，直接下了判斷：“中原大軍分割使用，將來必敗無疑！ ”鑒于此，白崇禧沒有接受任命，避走上海。后因蔣介石派多人到上海敦促，才勉強到漢口上任。

1948年10月，淮海戰役(國民黨方面稱 “徐蚌會戰”)尚未開始，因國民黨軍隊在東北失利，何應欽、顧祝同等在南京召開軍事會議，希望自崇禧能出面統一指揮漢口徐州兩個“剿總”。

據白先勇回憶，10月30日白崇禧由漢口飛回南京，當天看起來還頗有信心，第二天忽然拒絕接受統一指揮權。白崇禧發現徐州“剿總”早已把國軍主力的幾個兵團部署在以徐州為中心的隴海鐵路及津浦鐵路線上，各一字排開，成為一個“死十字”，徐州平原無險可據，一旦開戰極易為敵軍攻破，戰事迫在眉睫，要重新遷動幾十萬大軍已無可能。加上徐州“剿總”的部隊將領邱清泉、黃伯韜、李彌等人都是蔣介石的黃埔愛將，白崇禧此前和他們并無淵源，難以指揮。

白先勇對父親 “拒絕指揮”的評價是：“十月卅日晚父親所作的決定，拒絕指揮徐蚌會戰，可能是他一生中最艱難，但事后看來也是最明智的一次抉擇……徐蚌會戰，乃國共內戰最后決勝負的一仗，成敗責任非父親一人所能擔當。事后看來絕非僅僅是軍事，他作這項決定，需要極大的勇氣與智慧。徐蚌會戰，國軍潰敗，折損60萬大軍。如果當初一開始蔣介石便采用父親‘守江必先守淮’，設‘剿總’于蚌埠，由父親統一指揮策劃，恐怕戰爭結果不致如此。父親拒絕指揮徐蚌會戰，蔣頗不諒解。 ”

兩岸都有史書稱，國民黨軍隊在淮海戰役中失利，蔣介石嫡系部隊損失幾近殆盡，蔣數次命令白崇禧出兵救援，白“按兵不發”，“蔣憤擲電話筒、掀桌，痛罵粗話”。

白先勇認為，這一段歷史是外界對父親白崇禧最大的誤解：“兩岸各自有各自的史觀，大陸這邊的歷史會是國民黨反動派內訌;臺灣那邊，徐蚌會戰失敗，蔣介石要負最大責任，但是國民黨的歷史也不好講，要找個‘替罪羊’，說我父親按兵不動。但是父親派了黃維軍團12萬人去，援助徐州、淮海戰役，半路被攔截，黃維被俘虜，這些都是史實。別人都說他徐蚌會戰冷眼旁觀，按兵不動，讓蔣介石失敗，完全不是這回事。我父親怎么會看著國民黨敗呢？覆巢之下豈有完卵，這么簡單的道理他不知道嗎？ ”

1954年3月，臺北“第一屆國民大會第二次會議”上，湖北代表但衡今提案彈劾白崇禧，重點是指控徐蚌會戰白 “按兵不動”，不救援徐州。白崇禧書面答辯如下：“華中轄區奉命調往增援徐州部隊計：黃維兵團所屬之十八軍(胡璉)、八十五軍(吳紹周)、第十軍(熊綬春)及整編第二師(師長何竹本)，皆為華中最精銳之部隊，由信陽、確山地區向蒙城方面增援。又二十軍、二十八軍兩個軍，亦由漢口地區由長江趕運浦口馳援，另轄區僅有之一個戰車營亦隨往參戰。計兵力五個軍一個整編師，乃系華中主力，均系增援徐蚌，幾乎全部犧牲。 ”

白先勇如此描述白崇禧答辯的場面：“在‘光復大陸設計委員會’上，父親親自上陳，一一答辯，干余‘國大代表’給予熱烈掌聲，公道自在人心。 ”