努爾哈赤在統一女真各部的戰爭中，取得節節勝利。隨著勢力擴大，人口增多，他于明朝萬歷二十九年(1601)建立黃、白、紅、藍四旗，稱為正黃、正白、正紅、正藍，旗皆純色。四十三年，努爾哈赤為適應滿族社會發展的需要，在原有牛錄制的基礎上，創建了八旗制度，即在原有的四旗之外，增編鑲黃、鑲白、鑲紅、鑲藍四旗(鑲，俗寫亦作廂)。旗幟除四整色旗外，黃、白、藍均鑲以紅，紅鑲以白。把后金管轄下的所有人都編在旗內。其制規定：每300人為1牛錄，設牛錄額真1人;5牛錄為1甲喇，設甲喇額真1人;5甲喇為1固山，設固山額真1人。據史籍記載，當時編有滿洲牛錄308個，蒙古牛錄76個，漢軍牛錄16個，共400個。此時所編設的八旗，即后來的滿洲八旗。清太宗時，又建立蒙古八旗和漢軍八旗，旗制與滿洲八旗同。八旗由皇帝、諸王、貝勒控制，旗制終清未改。初建時，不但在軍事上發揮重要作用，而且具有行政和生產職能。清朝統一，太宗皇太極為加強對旗人的束縛，增強了八旗制的軍事職能，并為擴大軍事實力和籠絡人心，又建立了漢軍八旗和蒙古八旗。各旗有軍營、前鋒營、驍騎營、健銳營和步軍營等常規伍，司禁衛，云梯和布陣等職。另外，設立了相禮營、虎槍營、火器營和神機營等特殊營伍，演習摔跤、射箭、刺虎和操練檢槍等。由于清初諸帝很重視槍炮武功等實戰本領，八旗軍在平定三藩，收臺灣各抵御沙俄侵略等戰斗中都取得了輝煌戰績。八旗兵分為京營和駐防兩類。京營是守衛京師的八旗軍的總稱，由朗衛和兵衛組成。侍衛皇室的人。稱朗衛，且必須是出身鑲黃、正黃和正白上三旗的旗人，如紫禁城內午門、東西華門、神武門等由上三旗守衛。

八旗組織中蒙古旗與漢軍旗的建立比滿洲旗稍晚。清太宗皇太極天聰三年(1629)時，已有蒙古二旗的記載，稱為左右二營。八年改稱左翼兵和右翼兵。九年，后金在征服察哈爾蒙古后，對眾多的蒙古壯丁進行了一次大規模的編審，正式編為蒙古八旗，旗制與滿洲八旗同。漢軍單獨編為一旗，據考證是在天聰五年正月(一說天聰七年)。皇太極崇德二年(1637)分漢軍為二旗，旗色玄青，四年分二旗官兵為四旗，七年正式編為漢軍八旗，旗色與滿洲八旗同。從明萬歷四十三年八旗制度建立，直到清崇德七年才完成八旗組織三個部分二十四旗的組織建設，八旗每一旗下都包括滿洲、蒙古、漢軍三個部分。

八旗又有上三旗與下五旗的區別。順治七年(1650)底多爾袞死后，清世祖福臨為了加強對八旗的控制，對八旗的順序進行了調整。由皇帝控制的鑲黃、正黃、正白三旗，稱為上三旗;由諸王、貝勒統轄的正紅、鑲紅、正藍、鑲藍、鑲白五旗，稱為下五旗，此后終清未改。上三旗較下五旗為崇，是皇帝的親兵，擔任禁衛皇宮等任務，下五旗駐守京師及各地。雍正為進一步加強中央集權，削弱諸王、貝勒對各旗的控制，嚴格區分下五旗中的旗分佐領(俗稱外佐領)和府屬佐領(俗稱內佐領)的隸屬關系。下五旗中的主要部分旗分佐領，實際上也由皇帝直接控制。諸王及貝勒僅能控制其府屬佐領。又以鑲黃、正白、鑲白、正藍四旗居左，稱為左翼;正黃、正紅、鑲紅、鑲藍四旗居右，稱為右翼。

八旗制度是在“歸附日眾，牛錄激增”的條件下創立的，這時的努爾哈赤已從人丁數十的小部酋長，經過三十余年的南征北戰，“招徠各部，環滿洲而居者，皆為削平，國勢日盛”，成為轄地千余里，統兵數萬的女真國汗了，但這距離實現統一女真各部的要求還相去甚遠，為了使更多的女真乃至蒙古酋長“率部來歸”，努爾哈赤仍采取“恩威并行，順者以德服，逆者以兵臨”的方針，招撫和征討并用，鞏固現存的實力，恩養降服歸順的人員，對拒不投降的部落，努爾哈赤則遣軍征剿，脅迫其歸順。

無論是對主動歸順的人員，還是被迫降順的敵兵，努爾哈赤都予以“編戶”，將其分別編在各個牛錄里，不貶為奴隸，原來是首領的仍授予官職，將其屬下編在其所統轄的牛錄。對于主動來歸的人，努爾哈赤更是從優獎賜。如東海湖爾哈部女真部長納喀達率屬下百余戶來歸，努爾哈赤特別派遣二百人前往迎接，設大宴，厚賜財物。每當攻取一個部落之后，即將其“屬下人分隸八旗”，允其本人或子弟統領牛錄，帶兵打仗，并可因功封授官職。努爾哈赤即使對于長期與自己為敵的部落酋長、將官也撫恤恩養，即使對與建州矛盾最深的葉赫部，努爾哈赤在天命四年(公元1619年)八月滅葉赫后，除斬殺了金臺石和布揚古兩個主要貝勒之外，對其他的貝勒、臺吉等均赦免其罪。“葉赫國中，無論善惡，皆全戶不動，不使父子兄弟拆散，不使親戚分離，俱盡數遷移而來。不淫婦女，不奪男子所執弓箭，各家財物皆由原主收取。”

對于八旗制度這一新鮮事物，最初女真人也不能自然接受。由于女真散處于吉林、遼寧、黑龍江各地，習俗各異，制度不一，各自為政，有的部落沿江而居，靠打魚撈珠為生，對源自于圍獵活動而形成的牛錄制并不熟悉，不能理解根據牛錄制改進而成的八旗制;而有的女真人則居室耕田，“飲食服用，皆如華人”，他們基本不使用牛錄這種以村寨為基礎拼編在一起的臨時性武裝組織，對八旗制度的優越性更不甚了解;即便是依山靠林而居，以狩獵捕貂維持生計的女真人，也習慣于出獵時臨時組合而成，兵獵完畢隨即解散的組織形式。對眾多普通女真人而言，要從過去不受任何組織的約束，過渡到由下至上逐級受到“牛錄額真”、“甲喇額真”和“固山額真”直至旗主貝勒的管轄，并不是一朝一夕能夠接受的，加之八旗制度還在健全和完善之中，這時的滿族民眾對八旗制度的態度處于服從階段，即主觀并沒有自覺接受八旗制度的動機，從認識和情感上對八旗制度也沒有太大興趣。女真各部固有的習慣、認識和需要與八旗制度的目標、紀律還存在矛盾與沖突。同時，被編入八旗后女真民眾擔負著比以往更為繁重的差徭，如國家修筑城堡、種植糧谷、制備舟車，都要按旗僉派牛錄人丁擔任。《滿文老檔》記載了當時對抽派人丁的規定，“因若取谷于部眾，將苦累部眾，乃令出一牛錄之十丁四牛于公，于閑地耕田，多獲谷物，充實倉庫，委任十六大臣、八巴克什掌管庫谷之官登記收支。”這都是令女真、蒙古民眾對入編八旗持消極態度的因素。因此，盡管努爾哈赤大力招撫善待來歸之眾，還會出現隱匿丁口脫漏不報，甚至離旗外逃的現象，這說明無論是自愿歸順還是戰敗降順而被編入八旗的各部落貝勒、臺吉、諸申，多少都帶有為生存所迫和懾于八旗強大軍事攻勢的色彩。族源相同的女真各部尚且如此，蒙古較早編入八旗的科爾沁部同樣是在被八旗戰敗之后，才被動接受八旗制度的，他們對八旗制度的態度也含有較多的服從成分。如后來被編入滿洲正黃旗的科爾泌左翼明安貝勒曾經參與九部聯軍攻打建州的戰爭，被八旗軍隊打敗，始與建州建立友好往來。萬歷四十年(公元1612年)“太祖聞其女頗有豐姿，遣使欲娶之，明安貝勒遂絕先許之婿，送其女來，太祖以禮親迎，大宴成婚”。萬歷四十二年(公元1614年)明安兄也將其女送與皇太極成婚。萬歷四十三年(公元1615 年)明安弟又將其女送與努爾哈赤成婚。從此，開創了女真與科爾沁部聯姻的局面。科爾沁右翼中旗首領鄂巴臺吉經歷了多次與努爾哈赤的戰爭，也逐步認識到八旗軍隊的強大，為了共同對付察哈爾蒙古林丹汗，于天命九年(公元1624年)接受努爾哈赤授予的土謝圖汗封號和大量賞賜，并娶努爾哈赤的侄孫女(努爾哈赤弟舒爾哈赤之孫女)敦哲為妻。這些蒙古王公貝勒雖被編入滿洲八旗，他們對八旗的態度仍然是想借助八旗的力量保存自己的實力，暫時與強手聯合，企圖東山再起。

服從態度不僅僅存在于八旗創建初期，就是八旗制度已經相當完備的時期，緣于對八旗制度缺乏充分的認識，新編入八旗的人員也有這個過程，其中包括皇太極執政時新編的蒙古八旗和漢軍八旗。當然，服從階段并非每個八旗成員都必然經歷的階段，也有些旗人從加入旗籍之始就特別認同八旗制度的，還有先認同后來又否定的現象。